О порядке, который в генетическом коде

Jul 22, 2023 01:37


В связи с интересом к одной записи в моем ЖЖ, хочу сделать небольшую заметку с «игрушечным» примером (или задачкой).

Пример:


Read more... )

вера, наука, естественная апологетика, Сообщение в генетическом коде

Leave a comment

Comments 43

lj_frank_bot July 21 2023, 22:38:11 UTC
Hello!
LiveJournal categorization system detected that your entry belongs to the category: Наука.
If you think that this choice was wrong please reply this comment. Your feedback will help us improve system.
Frank,
LJ Team

Reply


evgeniirudnyi July 22 2023, 06:52:56 UTC

Имеется в виду лес с орешником?

Reply

uri_ben_cephas July 22 2023, 08:12:33 UTC

Для игрушечного примера это всё "за кадром", можно домысливать как угодно, главное, что набор кучек существует объективно, в том смысле, что он не выбран наблюдателем. Можно представить, что это домашняя белка, можно представить, что она живёт у одинокого человека и тот случайно заметил порядок, а можно, что он зашёл к кому-то в гости и тот утверждает, что орешки разложила белочка. Тут есть простор для диалога. Можно даже додумать реалистических деталей до какого-нибудь научно-фантастического сюжета, типа исследователь изучает беличьи заначки в лесу (можно исходить из посылки, что заначки индивидуальны, насколько это сейчас известно) и обнаруживает, что одна белочка стабильно выкладывает начало натурального ряда. Правда, она и питаться ими должна, так что тут, видимо, придётся как-то поступиться идеальным порядком.

Можно, в принципе, представить, что это не орешки, а кучки ледяных камней на ровном и пустом участке поверхности Энцелада.

Reply

evgeniirudnyi July 22 2023, 08:20:31 UTC

Я понимаю, но для определенность лучше всего ограничиться одним сценарием, например, лес с орешником, в котором живут разные звери и дует ветер. В этом случае придется сказать, что в лесу живет белка-математик, или сказать, что таким странным образом устроены воздушные потоки. Правда, непонятно, кто их так организовал.

Reply

uri_ben_cephas July 22 2023, 08:37:32 UTC

Насколько я понимаю, при выборе сценария существенно то, что либо можно добавить материала для гипотез о причине порядка (белочка-математик, звери-математики или ветер-матеметик), либо можно увеличить вероятность случайного возникновения порядка (много белочек - много реализации серии кучек). Так сказать, всё новые и новые теории абиогенеза и, соответственно мультивселенные.

Я ограничился рафинированным простым случаем, но этот сценарий можно расширять.

Reply


wampus_999 July 22 2023, 08:12:18 UTC

Вопрос в том, что вы пытаетесь этим доказать? То, что Творец специально усложнил себе работу и применил некие упорядоченности в генетическом коде только ради того, чтобы послать сигнал о своем существовании неким существам, которые появятся из этого нуклеиново-белкового бульона через миллиарды лет? Зачем? Сама невероятная сложность и нетривиальность решений в построении жизни разве не свидетельствует о том, что в ее начале (и далее) стоял некто разумный?

С другой стороны, сами найденные закономерности вполне могут свидетельствовать о неких глубинных математических законах природы, которые были использованы при проектировании жизни, о которых мы пока даже не подозреваем. Но следующий, неизбежно возникающий в таких случаях вопрос, а по Сеньке ли шапка, и стоит ли нам совать свой нос в лабораторию Творца при нынешнем позорно убогом уровне нашего духовно-нравственного развития?

К сожалению, в конце своей работы вы уходите с твердой почвы математики на зыбкий песок произвольных интерпретаций и намеков. Оказывается, при проектировании жизни ( ... )

Reply

uri_ben_cephas July 22 2023, 08:20:09 UTC

В данной теме я прошу ответа на один вопрос и делаю одно утверждение.

Мне хотелось бы добиться более математического отношения людей к теме в тех рамках, в каких это возможно. Знаете, когда линии теряют толщину и цвет, а Некту не надо (предположим) отдавать свои яблоки. Может быть, это не возможно, или возможно только в каких-то строго очерченных границах. Что ж, это тоже стоит понять.

:)

Reply

wampus_999 July 22 2023, 08:35:46 UTC

Вот сразу это заметил при чтении вашей работы - как-то у вас всё намеками. Тогда уж конкретно сформулируйте вопрос и утверждение, иначе сложно будет разговаривать. В начале любого обсуждения следует убедиться, что собеседники правильно понимают друг друга, а также одинаково понимают используемую терминологию.

Как уже раньше сказал, я профан в математике, поэтому имейте в виду, что в данном случае речь может идти только о смысле всех этих математических концепций и выводов, а не о их сути.

Reply

uri_ben_cephas July 22 2023, 09:16:16 UTC

Ну, там написано прямым текстом: "Вопрос:"
Вопрос: можно ли сказать что-либо определённое о причине такого расположения орешков? Например, может ли такой причиной быть белочка (допустим, для определённости, Sciurus vulgaris).

Какие уж тут намёки. Да, вопрос предполагает небольшое исследование, доступное мотивированному школьнику младших классов (ИМХО). Математику знать не надо, напротив, можно почувствовать себя человеком у истоков математики.

Reply


evgeniirudnyi July 26 2023, 17:50:54 UTC
Кстати, сегодня услышал про алгеабрическую биологию. У автора есть такая книга:

2008 - представил в книге “Матричная генетика, алгебры генетического кода, помехоустойчивость”, М., РХД, 2008, 316 с. основы матричного анализа молекулярно-генетической системы, а также генетические Фибоначчи-ступенные строи для создания генетической музыки (видео первого концерта генетической музыки в этих строях от Московской консерватории им. П.И. Чайковского дано на сайте)

В книге говорится про кронекеровские семейства матриц, которые каким-то образом можно использовать при работе с ДНК. Не знаю, какое отношение это имеет к вашим работам, но может быть будет интересно:

http://petoukhov.com/?page_id=92&lang=ru

Reply

uri_ben_cephas July 27 2023, 22:08:23 UTC

Что-то я встречал от этого автора, т.к. он ссылался на Щербака. Но там было что-то мудрёное и я не стал пытаться вникать, но, может быть, попробую.

Reply

uri_ben_cephas July 27 2023, 23:30:36 UTC

Сейчас глянул. Про кронекеровские семейства понятно. Можно таблицу генетического кода записать на манер кронекеровского произведения, только вместо умножения, конкатенация. Вопрос, конечно, зачем. Но можно ведь, триплеты и циклом, на манер кода Грея расположить.

Но, вообще, чудовищно)))

Совершенно неожиданным оказалось, что в этих данных о стохастике геномной ДНК между процентами n-плетов водородных связей из семейств c разными значениями n имеется высокоточная дихотомическая связь (при изученных значениях n = 1, 2, 3, 4, 5): процент любого n-плета практически равен сумме процентов таких двух (n+1)-плетов, которые отличаются от него наличием суффиксов 2 и 3.

Т.е. удивительно, почему в хромосоме %W = %WW + %WS, а %S = %SW + %SS (W= A|T, S = C|G) и т.д., для более длинных кортежей.

Reply

evgeniirudnyi July 28 2023, 06:30:58 UTC

Спасибо. Я еще далек от этого. Ваши ссылочки на Щербака пока пылятся в специальном файле.

У него на этой базе также заложены основы генетической музыки - гармония кода ДНК:

Reply


evgeniirudnyi September 17 2023, 09:09:20 UTC

Прочитал еще раз задачу. Было бы хорошо расширить ее на большее количество кучек, скажем N >> 10. Предполагается, что все кучки будут иметь от 1 до 10 орешком и что между всеми кучами будет равномерное распределение? Или какое распределение предполагается?

Reply

uri_ben_cephas September 18 2023, 21:51:30 UTC

Естественное расширение задачи - N кучек от одного до N. Ну, по крайней мере, на мой взгляд :)
Есть ещё пути "расширения", связанные с непростым вопросом о "случайности" конечных объектов (для бесконечных см. Успенского - "4 алгоритмических лица случайности"). Но вот это уже далеко от задачи которую я пытался решить этой задачей - создать ощущение "это распределение составлено кем-то умеющим считать (с большой вероятностью)".

На остальное, надеюсь, отвечу до конца среды по Московскому времени. Я думаю, судя по вопросам, надо в жжном формате и ту часть изложить более подробно.

Reply

evgeniirudnyi September 19 2023, 07:16:00 UTC

N кучек от 1 до N, конечно, выходит за все допустимые рамки. Правда, я пока не вижу связи с кодом синтеза белков.

Я немного почитал про код синтеза белков. Главное, пожалуй, что этот код не может эволюционировать, никогда не задумывался над этим обстоятельством. Действительно, все выглядит интересно. Почему-то никогда не думал в этом направлении, возможно, потому что в эволюционной биологии этот вопрос обычно замалчивается. Спасибо.

Reply

mns2012 January 23 2024, 17:45:46 UTC

==Главное, пожалуй, что этот код не может эволюционировать.==

Возможны иные коды. Например, hachimoji DNA.

Reply


Leave a comment

Up