По следам наших публикаций (открытая запись)

[shvarz]

Что-то времени совсем нет на серьезное чтение каких-либо статей, поэтому пробегусь по разным темам из прошлых записей. В комментах спрашивайте о чем хотите, можно даже вообще не про коронавирус.

Про ремдесивир: Данные от NIH до сих пор не выложены, а на TWiV обсуждали статью испытания ремдесивира в Китае и звучит так, что испытание в целом вполне

Comments

[yigal_s]

Почему уже затухают эпидемии в ряде стран Европы, в Израиле итд?

Если основная причина - уменьшение трансмиссивности в результате карантина, то согласуется ли это с тем, что карантин во многих странах длился несколько недель, пока количество зараженных в день не стало уменьшатся? Иными словами, если карантин эффективен, почему его эффективность не проявляется значительно быстрее, скажем, дней за десять?

То, что я могу наблюдать - после ввода карантина эпидемия выходит на линейный рост, когда каждый день добавляется приблизительно одинаковое количество заболевших. Это происходит длительное время - 2-3-4 недели, и лишь после этого количество заражений в день вдруг начинает падать. Откуда берётся такое явление?

[shvarz]

Мне кажется очевидно. Народ несмотря на карантин не сидит безвылазно дома. Кто-то ходит на работу, кто-то в магазины, кто-то просто погулять. Опять же когда кто-то приносит инфекцию домой, то инфекции постепенно происходят дома. Если бы мы абсолютно могли всех посадить в одиночки на 2-3 недели, то вирус бы исчез.

[yigal_s]

Не нужно же падение трансмиссивности в ноль. Достаточным результатом карантинных мер может быть падение базового передаточного числа ниже единицы, или отсутствие такого факта. В первом случае эпидемия должна начать уменьшаться немедленно(?) с поправкой на задержку в обнаружении заболевших, т.е. время, нужное для того, чтобы почувствовать симптомы, добраться до врача, получить результаты теста (те самые 10-15 дней), во втором случае эпидемия уменьшаться не будет, пока существенно не возрастёт количество людей с приобретенным иммунитетом. Но, если в НЙ всего 12% человек с антителами, и ясно, что в других местах как правило ещё сильно меньше, то вряд ли это может быть фактором во всех успешных странах?

Либо же, ваша версия, что срабатывает не карантин, а его устрожение? Т.е. народ не сидит дома, но постепенно постепенно все закрываются, и репродукционное число наконец становится меньше единицы? И... неужели именно этой-то дельты и хватает? ИМХО - всё это довольно странно.

[shvarz]

Я не эпидемиолог, и подозреваю что даже эпидемиологу на ваш вопрос без данных по конкретной местности ответить будет трудно. В качестве просто предположения: я думаю что первую неделю-две срабатывает именно задержка симптомов, когда до больниц доходят заразившиеся до введения карантина, а также заразившиеся в близком контакте с заразившимися. При этом народ активно гуляющий по работам-магазинам-улицам продолжает заражаться довольно активно, чего хватает вирусу для поддержания себя в популяции. Поверх этого ложится то, что в карантин вводят не везде одинаково строго, т.е. в одном месте задавливают, вирус в другом распространяется. Ну и поверх этого еще и то, что количество новых случаев во многом определяется тем, сколько тестируют, а не тем, сколько реально заболевают - если бы тестирования было больше, то возможно мы бы видели более продолжающийся подъем и потом падение.

[ichthuss]

Любопытная гипотеза Александра Маркова: https://macroevolution.livejournal.com/282946.html

Вкратце - если существенная часть заражений передается супер-спредерами, то коллективный иммунитет может возникнуть не тогда, когда переболеют десятки процентов населения, а когда переболеют большинство супер-спредеров (что может произойти и раньше).

[shvarz]

rsokolov вот тут совершенно верно говорит, что вводимые сейчас странами меры - это не обычный карантин, их невозможно "прорвать". В классическом смысле карантина (или изоляции), мы отделяем некоторых людей от всей остальной популяции. Если мы не всех отделили - то карантин прорвало и вирус пошел гулять на раздолье. Но если все большие скопления людей закрыты, то прорывать тут нечего.
И мне кажется для подобной теории было бы правильнее графики откладывать не от десятой смерти, а например от 20 дней до введения социального дистанцирования. И потом выделившиеся страны посмотреть на предмет того, как у них меры дистанцирования отличаются от остальных.

[ichthuss]

Я думаю, что касательно "прорвало" он имеет ввиду ситуации, когда карантин фактически отсутствует (даже если формально введен). Наверняка есть много стран, где правительство неспособно энфорснуть достаточные меры ограничений.

[shvarz]

Я так понимаю что он говорит про те страны, что на графике отложены, а они все на "карантинах".

[agasfer]

"“The respiratory epithelial cell has a half-life of up to three months, and RNA virus in the cell can be detected with PCR testing one to two months after the elimination of the cell,” Oh said."

Вот что-то не верится мне. "Голая" РНК, вроде вырезанных интронов, в клетке разваливается очень быстро. И даже в каком-нибудь физиорастворе, иммитирующем внутриклеточный буфер, т е без РНКаз и ионов магния, оставьте РНК при 37 С, и вы через 1-2 месяца ее следов не найдете. Скорость фосфоролиза фосфодиэфирной связи в РНК порядка (1-50)*10^-7 sec^-1, значит, даже в отсутствие ферментов половина фософодиэфирных связей в РНК порвется примерно за 50-100 дней. Вероятность сохранить 100-нуклеотидный фрагмент исчезающе мала.

[shvarz]

Вообще не совсем понятно что он имел в виду этой фразой (RNA in the cell... after elimination of the cell), может проблемы перевода. Я думаю зараженные клетки столько живут или инфекция продолжается какое-то время несмотря на иммунный ответ.

[agasfer]

Скорее 2-е.

[strannik1]

Можно конспирологию? :))
Кто-то разносит в пробирках злобный штамм по миру? ;)

[alexanderr]

в НЙ 12% это если усреднять по всему штату.
очень большому и малозаселенному.
в городе НЙ это было сначала 21%, потом стало 25%,
потом упало опять до 20%. но это если делить
на все население в городе, включая детей,
которых на антитела даже и не тестируют.
т.е. если взять все-таки город НЙ, и взять
активное население, тех, кого случайно
протестировали в магазинах, то это будет вовсе
не 12%. не правда ли?

[shvarz]

Не понял что вы хотели сказать. Ну да, 12% это по штату, а по городу около 20%. Этого и следовало ожидать, в городе же больше всего инфекций.

[kizdec]

20% по городу переболело за полтора месяца интенсивной эпидемии -> за полгода будет иммунитет у всех почти.
Это не уже переболели, но осязаемое будущее, нет?

[shvarz]

Ну если все ограничения на дистанцирование снять и заставить людей вести себя как прежде, то да.

[yucca]

Пишут, что нашли новые моноклональные антитела, которые должны хорошо работать против этого вируса, можете что-нибудь сказать про перспективы?

[magpie73]

Вот именно это я и имела в виду, приводя сообщени Gardian and Newsru.com

[shvarz]

Их надо вводить внутривенно, что не очень удобно, но если человек в госпитале, то без проблем.
По-идее они должы работать, но будучи пессимистом я легко могу предположить сценарий в котором они не работают: На поздних стадиях болезни, когда людей уже госпитализируют, вирус уже все повреждения нанес и иммунная система уже с ним сама справляется, от антител на этой стадии может быть уже очень мало толку. На более ранних стадиях вирус размножается в эпителии дыхательных путей, а туда антитела типа IgG очень плохо проникают, там в основном IgA работают (а эти моноклональные - они все IgG). Ну и побочка от них тоже может быть. В общем, хорошо что разрабатывают, но закладываться на то, что это будет панацея не надо.

[yucca]

Спасибо. А какие-то многообещающие разработки лекарств для ранних стадий есть? Колхицин? Или это все подчиняется правилу, что 90% испытываемых лекарств не работает?