Тесты на антитела в Санта-Кларе

[shvarz]

Я стараюсь просматривать все комментарии к постам, очень много интересных вопросов и добавлений и дискуссий, но я честно говоря не успеваю следить за всеми. Если я не отвечаю на ваш вопрос, то возможно я просто его не заметил или потерял ветку, не стесняйтесь переспрашивать.

Вот давеча кто-то дал ссылку на очередной интересный препринт:
COVID-19

Comments

[yenissey]

без перевешивания у них всего 1.5% и это вполне может быть ложно-положительный рейт самого теста, а двойной тест они кажется не делали

[shvarz]

Это естественный вопрос, но они оценивают аккуратность теста в 99.5% и вроде как даже делают поправку на это в своих оценках.

[yenissey]

теперь вижу, да
они это добавляют в оценку ширины интервала, но точечная оценка у них только с демографическими весами (говорили вроде что вирус не расист, так что неясно зачем было вообще перевешивать, ну да ладно)
вполне стыкуется с другими небольшими репортами, типа бостонского, что инфекций не просто намного больше, а как минимум на порядок больше зарегистрированного
среди прочего, это может означать что НЙ таки получил свой популяционный иммунитет (хотя конечно надо тестить именно там, чтоб точно узнать, и мне неясно почему это до сих пор не сделано, если всего лишь стэнфорд единолично справился с относительно большим сэмплом

[yaceya]

Они слишком полагаются на то что это именно 99.5%. Потому что их же CI для specificity 98.3-99.9%/
А если specificity, скажем, не 99.5, а 98.5, то из 3330 протестированных получить 50 положительных тестов - это ожидаемый результат для вообще не болевшей популяции.
Там ещё указывают что это не совсем случайная выборка, но по-моему, здесь проблема уже на уровне specificity.

[shvarz]

Я согласен. Меня смущает то, что это довольно очевидное рассуждение, а там в авторах люди которым статистика мать родная, может они что-то знают, чего мы не знаем?

[yaceya]

Вот, а я точно так же слегка смущаюсь тому что может я чего-то не понимаю поскольку я как раз биостатистик, а не вирусолог. С точки зрения статистики, конечно, likelihood крайних частей CI ниже чем point estimate, но значения в рамках этого интервала так просто игнорировать все-таки нельзя - на то он и CI.

[yenissey]

вот и я биостатистик, но приоединюсь к смущающимся
я очень хочу чтоб это было правдой, но мне это не нравится:( хотя я в мирное время была фанатом иоаннидиса, когда он стандартные практики одну за другой разносил в пух и прах

[75dc287ea30b451]

Вирусологи, как правило, в математике вообще ни бум-бум (да не обидится на меня автор журнала - он, естественно, является приятным исключением :). Они загоняют данные в статпакет и над физическим смыслом того, что он им выдает, не заморачиваются ни разу. Они не по этой части

[yaceya]

>Поэтому я взял честное сырое биномиальное распределение и задался вопросом: а какова вероятность получить 2 или менее ложноположительных результата из 400 тестов, если реальная специфичность теста будет 98,5% - в точности то, что они получили? Результат оказался - 6

[75dc287ea30b451]

"Другое дело что они затем про этот интервал напрочь забыли и пользуются 99.5% как будто интервал до этого не считали."

Совершенно верно. Я именно об этом и пишу, просто несколько другими словами.

Если 6% - это вероятность того, что они не нашли вообще ничего, их слова про 95-процентные доверительные интервалы - это просто обман трудящихся, скрывающий за наукоообразной терминологией слабую доказательную базу всего эксперимента. Нет там никаких 95% даже близко.

[shvarz]

Спасибо вам и yacea, я не все понял, но в целом очень содержательное объяснение. Для нас, биологов, можно это суммировать так: У них есть существенная неопределенность в том, какой процент их тестов ложноположительный. В своих оценках они дают CI, но этот CI основан на самом значении ложноположительных тестов, но не принимает в рассчет неопределенность вокруг этого значения?

Вообще тот же Иоаннидис вроде никакой не вирусолог, а как раз то ли математик, то ли статистик по профессии. Удивительно видеть такие ошибки от таких людей.

[75dc287ea30b451]

Да, именно так. Как тут уже было замечено, если неопределенность вокруг значения ложноположительности правильным образом учесть в вычислениях, не существует способа получить CI, который не включал бы в себя ноль: полное отсутствие антител у всех протестированных - поскольку этот ноль вполне укладывется в ими же вычисленные границы неопределенности этого значения

[kobak]

Я думаю, Иоаннидис эту статью уж точно не писал, а сейчас начинаю думать, что он ее и не читал. :)

Не знаю, конечно, читал или не читал, но он регулярно и развернуто высказывается по поводу коронавируса. Например, в газетной заметке, датированной 9 апреля, его цитируют так:

Data from Iceland and Denmark, which have done the best random sampling, also point in the same direction, Ioannidis said. “If I were to make an informed estimate based on the limited testing data we have, I would say that covid-19 will result in fewer than 40,000 deaths this season in the USA,” he told me.

https://www.washingtonpost.com/opinions/without-mass-testing-were-flying-blind-through-this-crisis/2020/04/09/bf61e178-7a9b-11ea-a130-df573469f094_story.html

Это число превышено уже сегодня (20 апреля), т.е. спустя лишь 11 дней. What the actual fuck?

[75dc287ea30b451]

Естественно, он высказывается по поводу коронавируса. Он же эпидемиолог. По какому поводу он должен высказываться - насчет личной жизни кинозвезд

[kobak]

Про то, что именно сказал этому журналисту Иоаннидис, мы можем только гадать, но вот то, что Иоаннидис писал про Diamond Princess, мы можем прочесть и убедиться, что это какая-то ахинея

[75dc287ea30b451]

Под CFR для гриппа он, скорее всего, имел в виду более или менее общепринятое значение 0,1% плюс-минус два километра. Как оно получено - это дело десятое, и он его там использовал просто для сравнения. За деталями - все вопросы к грипповикам, а не к нему; он вообще писал не об этом. Так и так общее число заражений гриппом оценивается, как правило, весьма приближенно, поэтому и летальность тоже определяется с большой погрешностью