Тесты на антитела в Санта-Кларе

[shvarz]

Я стараюсь просматривать все комментарии к постам, очень много интересных вопросов и добавлений и дискуссий, но я честно говоря не успеваю следить за всеми. Если я не отвечаю на ваш вопрос, то возможно я просто его не заметил или потерял ветку, не стесняйтесь переспрашивать.

Вот давеча кто-то дал ссылку на очередной интересный препринт:
COVID-19

Comments

[i_v_s]

>>Также спрашивают про какую-то женщину, которая ведет диагностическую лабораторию в Чехии<<
вот эта история
https://www.svoboda.org/a/30525376.html

"В минувшее воскресенье корреспондент Радио Свобода взял у Сони Пековой интервью. В понедельник, когда текст беседы ещё находился в редактуре, на некоторых интернет-сайтах, которые связывают с российским пропагандистским влиянием, появилась информация о том, что Пекова в разговоре со словацким телеканалом TA3 якобы заявила, что SARS-CоV-2 изобретён в лаборатории в США и американское правительство пытается это скрыть, заставляя американских учёных лгать о вирусе. В самом разговоре, на который ссылаются эти сайты, Пекова ничего подобного не говорит."

[shvarz]

Спасибо. Она там говорит пару очень странных вещей. Во-первых, что вирус очень быстро меняется и даже сравнивает его с гриппом. Как в этом журнале уже обсуждалось - это не так, вирус вполне стабильный. И второе - что сразу увидела что в регуляторной области он выглядит как-то необычно, непохоже на природный. Вот этому и надо бы подтверждения, но она сразу оговаривается "это просто мое мнение". Так мнение или действительно что-то видно?

[urease]

Вирус "продвинулся" только на 20-30 мутаций (то есть мутаций конечно больше, но они все происходят независимо, и в целом, не больше 20-30 зараз относительно LCA (latest common ancestor). Для сравнения, дерево гриппа простирается радиусом до сотен мутаций.

С другой стороны грипп собирают много лет, а эту дрянь - только несколько месяцев. В принципе можно конечно померить скорость и кто-то уже давно померял, наверняка.

[shvarz]

На https://nextstrain.org/ есть и для гриппа такие же деревья. Я сейчас на коленке прикинул - раз в 5 примерно быстрее у гриппа скорость, но это на весь геном, правильно конечно смотреть на индивидуальные гены.

[yenissey]

без перевешивания у них всего 1.5% и это вполне может быть ложно-положительный рейт самого теста, а двойной тест они кажется не делали

[shvarz]

Это естественный вопрос, но они оценивают аккуратность теста в 99.5% и вроде как даже делают поправку на это в своих оценках.

[yenissey]

теперь вижу, да
они это добавляют в оценку ширины интервала, но точечная оценка у них только с демографическими весами (говорили вроде что вирус не расист, так что неясно зачем было вообще перевешивать, ну да ладно)
вполне стыкуется с другими небольшими репортами, типа бостонского, что инфекций не просто намного больше, а как минимум на порядок больше зарегистрированного
среди прочего, это может означать что НЙ таки получил свой популяционный иммунитет (хотя конечно надо тестить именно там, чтоб точно узнать, и мне неясно почему это до сих пор не сделано, если всего лишь стэнфорд единолично справился с относительно большим сэмплом

[yaceya]

Они слишком полагаются на то что это именно 99.5%. Потому что их же CI для specificity 98.3-99.9%/
А если specificity, скажем, не 99.5, а 98.5, то из 3330 протестированных получить 50 положительных тестов - это ожидаемый результат для вообще не болевшей популяции.
Там ещё указывают что это не совсем случайная выборка, но по-моему, здесь проблема уже на уровне specificity.

[shvarz]

Да, они сами упоминают это в статье и говорят что трудно оценить эффект подобного перекоса.

[resooth]

А что лично вы приняли бы за доказательство лабораторного происхождения данного вируса и искусственного (преднамеренного или просто из-за нарушения каких-то правил техники безопасности) начала эпидемии?
Можете дать какой-то вариант, при котором, если он вдруг подтвердится в будущем, вы признаете, что ошибались?

[pharmazevt]

Уважаемый Shwarz, конечно, ответит Вам, но я хочу обратить Ваше внимание на то, что Вы задали два самостоятельных вопроса:
1) об убедительных доказательствах того, что вирус был создан искусственно;
2) об убедительных доказательствах того, что вирус попал в городскую среду из лаборатории, по небрежности персонала.
Второе могло случиться и с полностью природным вирусом.

[sergey_cheban]

Ну если в байт-коде вируса найдётся "Здесь был Вася", то, наверное, таки искусственный. По крайней мере, частично: горизонтальный перенос генов никто не отменял. :-)

[shvarz]

Конечно могу

[southwest]

У меня опять вопрос об инфекционной дозе. Я увидел высказывание Mayo Clinic immunologist Jessica Lancaster, who asserts that if a person gets exposed to and infected with a higher amount of virus initially, there tends to be a worse outcome.   [ link ]   Означает ли это, что действительно, чем выше доза заражения, тем более тяжело будет протекать болезнь, или это всего лишь означает бинарное да/нет в смысле вероятности подхватить? Спасибо заранее.

[_sudar]

Ввиду неполных исходных данных - нет точной статистики по продолжительности экспозиции заразившихся с переносчиками - любое высказывание может оказаться как правдивым так и ложным.

Косвенное доказательство того, что это не так, это то, что не наблюдается поголовное тяжелое течение болезни в семьях. Как раз наоборот, в семьях, где все друг-друга заражают круглосуточно, наблюдается "стандартное" течение болезни. Более тяжелое у пожилых, более легкое у взрослых и часто вообще бессимптомное у детей.

[trubochis]

Мне кажется, что разнообразное течение в семьях, не противоречит if a person gets exposed to and infected with a higher amount of virus initially, there tends to be a worse outcome. Люди в семьях могут регулярно получать небольшие дозы и иммунная система привыкнет.

[_sudar]

А чем initially в семье отличается от initially в любом другом месте? Члены семьи как-то по-другому чихают друг на друга?