Тесты на антитела в Санта-Кларе

[shvarz]

Я стараюсь просматривать все комментарии к постам, очень много интересных вопросов и добавлений и дискуссий, но я честно говоря не успеваю следить за всеми. Если я не отвечаю на ваш вопрос, то возможно я просто его не заметил или потерял ветку, не стесняйтесь переспрашивать.

Вот давеча кто-то дал ссылку на очередной интересный препринт:
COVID-19

Comments

[75dc287ea30b451]

Да, именно так. Как тут уже было замечено, если неопределенность вокруг значения ложноположительности правильным образом учесть в вычислениях, не существует способа получить CI, который не включал бы в себя ноль: полное отсутствие антител у всех протестированных - поскольку этот ноль вполне укладывется в ими же вычисленные границы неопределенности этого значения.

Я думаю, Иоаннидис эту статью уж точно не писал, а сейчас начинаю думать, что он ее и не читал. :) Они могли выдать задание толпе студентов и постградов и толком не проконтролировать их из-за аврального режима всей этой деятельности, ну а те справились с задачей в меру своего понимания.

Что печально, конечно. Работа-то проделана большая, и теперь каждому не объяснишь, в чем прокол, и почему "40-80 тысяч" - это не совсем точная (мягко говоря) оценка числа инфицированных, даже если качество этой работы впоследствии и можно радикально улучшить, прогнав тот же тест на 4 тысячах, например, докоронавирусных проб вместо 400.

(Что, кстати, не потребует никаких новых массовых акций и наборов добровольцев, так что я сильно надеюсь, что кто-нибудь из них догадается именно это и сделать перед окончательной публикацией работы.)

[kobak]

Я думаю, Иоаннидис эту статью уж точно не писал, а сейчас начинаю думать, что он ее и не читал. :)

Не знаю, конечно, читал или не читал, но он регулярно и развернуто высказывается по поводу коронавируса. Например, в газетной заметке, датированной 9 апреля, его цитируют так:

Data from Iceland and Denmark, which have done the best random sampling, also point in the same direction, Ioannidis said. “If I were to make an informed estimate based on the limited testing data we have, I would say that covid-19 will result in fewer than 40,000 deaths this season in the USA,” he told me.

https://www.washingtonpost.com/opinions/without-mass-testing-were-flying-blind-through-this-crisis/2020/04/09/bf61e178-7a9b-11ea-a130-df573469f094_story.html

Это число превышено уже сегодня (20 апреля), т.е. спустя лишь 11 дней. What the actual fuck?

[75dc287ea30b451]

Естественно, он высказывается по поводу коронавируса. Он же эпидемиолог. По какому поводу он должен высказываться - насчет личной жизни кинозвезд?

Статья, к сожалению, не говорит, когда он об этом высказывался, но вообще-то ошибка вдвое здесь ничем удивительным не является - с чего, собственно, и начинается ее текст. Более точно сказать что-то трудно, поскольку статья написана идиотом. Цитирую:

"He pointed out that there have been three instances where we have tested an entire population - the Diamond Princess cruise ship, the Italian town of Vo Euganeo, and San Miguel County, Colo.

In all these places, the numbers of infections (many with no symptoms) - when adjusted for the U.S. population as a whole - suggest a fatality rate that is actually similar to that of the seasonal flu."

Я сильно сомневаюсь, что Иоаннидис мог сказать ему такую херню: в Во было найдено 66 инфицированных, из которых умер как минимум один, так что летальность меньше полутора процентов там не могла быть получена в принципе. В Колорадо же вообще инфицированных было найдено не то 17, не то 61 человек, так что никаких выводов о летальности по ним тоже сделать невозможно. Как человек, делавший исследование по круизному лайнеру (где, кстати, он получил летальность около одного процента), Иоаннидис просто не мог выказываться насчет летальности на примерах Во и Колорадо. Скорее всего, он их просто упомянул в разговоре как примеры полного тестирования, а этот придурок его понял каким-то извращенным образом.

Может быть (может быть! - поскольку дураку в голову не залезешь), Иоаннидис имел в виду, что изоляционные меры так хорошо сработали, что общее число жертв коронавируса по США будет не сильно отличаться от числа жертв эпидемии гриппа, а журналист это понял так, что летальность вируса примерно гриппозная. Или журналист просто не знает, что такое "case fatality rate" и упомянул "fatality rate similar to flu" чисто для солидности: умное выражение ему понравилось. Не знаю.

[kobak]

Про то, что именно сказал этому журналисту Иоаннидис, мы можем только гадать, но вот то, что Иоаннидис писал про Diamond Princess, мы можем прочесть и убедиться, что это какая-то ахинея.

В этом же треде по методологии: https://shvarz.livejournal.com/451660.html?thread=12829772#t12829772

Вот, что писал Иоаннидис: https://www.statnews.com/2020/03/17/a-fiasco-in-the-making-as-the-coronavirus-pandemic-takes-hold-we-are-making-decisions-without-reliable-data/

"there were just seven deaths among the 700 infected passengers and crew"

На самом деле уже 13 подтвержденных смертей: https://translate.google.com/translate?sl=ja&tl=en&u=https%3A%2F%2Fwww.mhlw.go.jp%2Fstf%2Fnewpage_10870.html. То, что их будет больше, чем 7, могло быть понятно уже тогда, когда Иоаннидис это писал.

И дальше: "A population-wide case fatality rate of 0.05% is lower than seasonal influenza". Откуда он это взял? И что вообще он имеет в виду под CFR для гриппа, учитывая что на грипп тестируют очень редко? См. https://shvarz.livejournal.com/451100.html?thread=12665628#t12665628.

Учитывая все это, я не вижу причин сильно сомневаться, что "Иоаннидис мог сказать ему такую херню".

[75dc287ea30b451]

Под CFR для гриппа он, скорее всего, имел в виду более или менее общепринятое значение 0,1% плюс-минус два километра. Как оно получено - это дело десятое, и он его там использовал просто для сравнения. За деталями - все вопросы к грипповикам, а не к нему; он вообще писал не об этом. Так и так общее число заражений гриппом оценивается, как правило, весьма приближенно, поэтому и летальность тоже определяется с большой погрешностью.

По жертвам на круизном судне - ну да, можно было догадаться, что эти семь не последние. Ну и как он должен был оценивать их будущее число? У него что было, то он и использовал. Грязно, неаккуратно, да - зато вовремя. При этом, замечу, он учитывал тот факт, что будут еще умершие, и именно за счет этого поднял свою исходную оценку
(от 0,025% до 0,625%) до "от 0,05% до 1%", заложившись на еще четверых умерших дополнительно.

Ну ок, их оказалось не четверо, а шестеро, так что оценку надо поднять еще в 1,16 раза, получив в итоге "от 0,06% до 1,15%" или что-то вроде того. В любом случае его примерная цифра в 1% остается прикидочно вполне валидной и используемой сейчас повсеместно. Напомню, что этот 1% пошел именно от него: он опубликовал свое исследование в тот момент, когда ВОЗ и журналисты соревновались в идиотизме, публикуя оценки CFR, варьировавшиеся от 3% до 12%, в зависимости от того, статистика какой национальной системы здравоохранения попадалась им на глаза в этот момент, и только Иоаннидис привнес некоторое подобие рациональности в этот бардак.

При этом неточность своей нижней цифры 0,05% он прекрасно понимал, отчего и оговаривался насчет "if that is the true rate..." По моему ощущению, он мужчина, конечно, азартный и рисковый - но не фрик ну ни разу.

ЗЫ: кстати, его публикация была 17 марта, а уже 26 марта прявились данные по Нембро, из которых и так следовало, что летальность сильно ниже одного процента бвть не может, так что роль Иоаннидиса была не в том, что у него нижняя оценка была 0,05% - она-то была откинута практически сразу - а в том, что у него верхняя оценка была 1%, а не 3%, не 4% и не 10%.

[kobak]

ОК, так подробно я это уже не помню. Мне казалось, что то, что infection fatality rate (не case, a infection) где-то порядка 1%, а возможно и ниже, вплоть до 0.5%, вполне общепринято было уже тогда и без Иоаннидиса, но точно я этого не помню, а проверять сейчас не стану.

На данный момент вроде бы все согласны, что infection fatality rate где-то 0.5-1.0%, что где-то в 100 раз опаснее гриппа (в сто!). А Иоаннидис при этом выступает в том духе, что это что-то вроде гриппа. Я не понимаю, почему Вы это защищаете. Вот в той же заметке, которую мы обсуждаем:

A population-wide case fatality rate of 0.05% is lower than seasonal influenza. If that is the true rate, locking down the world with potentially tremendous social and financial consequences may be totally irrational. It’s like an elephant being attacked by a house cat. [...] If we assume that case fatality rate among individuals infected by SARS-CoV-2 is 0.3% in the general population - a mid-range guess from my Diamond Princess analysis - and that 1% of the U.S. population gets infected (about 3.3 million people), this would translate to about 10,000 deaths. This sounds like a huge number, but it is buried within the noise of the estimate of deaths from “influenza-like illness.”

Как можно было предполагать 1% зараженных без карантина (а смысл заметки в том, что карантин не нужен), хотя все модели предсказывают 60%+ в таком случае? Как можно было предсказывать 10.000 смертей, когда их уже сейчас 40.000? Я не знаю, фрик он или нет, но согласитесь, что тут он явно несет пургу.

[75dc287ea30b451]

Я его ни разу не понял в том смысле, что "это что-то вроде гриппа". У него там каждое второе слово 'if', а основную мысль статьи я на тот момент понял так, что

"...мы ни хрена не знаем о будущей статистике, так что, может, прежде чем принимать всякие высокоимпактные решения, сядем и разберемся, а уже потом будем решать, останавливать нам экономику или нет? Вот, например, если CFR 0,3%, а заразится 1% населения, то..."

- ну и далее по тексту. Я напомню, что в тот момент каждый второй в сети размахивал ссылками на сайты ВОЗ, где было написано 3%, 4%, 12%... а в Китае эпидемия закончилась на 80 тысячах зараженных, что много меньше даже не 1%, а 0,1% населения - причем закончилась, судя по всему, без остановки жизни по всей стране, а только с суровым карантином в затронутых регионах.

Корея - та вообще остановилась на 10 тысячах инфицированных на 50 миллионов населения: это 0,02%, причем опять же обошлись без остановки экономики. По-моему, тезис "ребята, давайте не будем махать шашкой, а сперва спокойно разберемся, что делать", с подразумевающимся "чтобы не заразить 60% и при этом не прихлопнуть всю экономику целиком" - выглядит вполне разумно даже постфактум, уж не говоря о ситуации по сострянию на конец марта.

PS: 1%, кстати, в 10 раз опаснее гриппа, а не в 100.

[kobak]

> PS: 1%, кстати, в 10 раз опаснее гриппа, а не в 100.

По-моему, нет. Речь про infection fatality rate. У гриппа это, по оценкам, меньше 0.01%. См. тут https://shvarz.livejournal.com/451100.html?thread=12665628#t12665628.

[75dc287ea30b451]

Какое-то вы там уж больно хитровывернутое исследование нашли: одна и та же эпидемия, а разброс оценок раз в сто. Это уж проще авгура спросить.

Вот, гляньте сюда, например:

https://image.cnbcfm.com/api/v1/image/106362398-1580727197721coronavirusvsallflustrains.png?v=1580727218&w=900&h=506

- ясно видно, что тысяч умерших стабильно примерно столько же, сколько и миллионов сиптоматичных случаев. А что такое бессимптомный грипп, я вообще не очень понимаю.

[kobak]

Это мета-анализ. Разброс какой есть, такой есть. Никаких раз в сто, впрочем, не вижу. По-моему, Figure 3 как раз показывает неплохое согласие между разными исследованиями (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3809029/).

Чем объясняется расхождение на порядок с этими широко распространенными цифрами от CDC, я так и пока и не понял.

А в чем у Вас трудность с понятием бессимптомного гриппа?

[75dc287ea30b451]

Ну, с его ненужностью по Оккаму, в основном. Его частота, как я понимаю, по порядку величины находится на одном уровне с разбросом гриппозной летальности, так что добавление этого лишнего фактора мало что меняет в результатах, вводя при этом усложняющий понимание термин "IFR" вдобавок к "CFR", с которым и одним-то напутано столько, что за год не распутаешь.

Обратите внимание, что в отличие от Расселла, Иоаннидис понятие "IFR" для коронавируса на круизном лайнере не вводил вообще, обходясь одним "CFR" и имея при этом в виду полную инфицированность, включая бессимптомные случаи. На мой взгляд, правильно делал. Там и так-то черт ногу сломит.

[kobak]

Насчет 0.1% или 0.01%: специалисты говорят, что все-таки скорее 0.1%, а расхождение объясняется тем, что "H1N1pdm was a significantly more mild virus compared to more typical H3N2 seasonal flu." https://twitter.com/trvrb/status/1253441138473615360

[vasja_iz_aa]

дело не в точном количестве смертей, и вообще не великая разница 11 их или 13. а в том что он наврал "про всех учли". и вообще там ничего не никак не закончилось и/или в равновесие не пришло, на тот день когда этот ужас разогнали

[75dc287ea30b451]

Это где он наврал про "всех учли"? По-моему, человек пишет довольно ясно: будут еще смертные случаи, хз сколько, поэтому на всякий случай скорректируем с 0,625% на 1% ровно.

люди читают жопой

[vasja_iz_aa]

"The one situation where an entire, closed population was tested was the Diamond Princess cruise ship.... "

RE: люди читают жопой

[75dc287ea30b451]

И что? Там кого-то не протестировали?