А завтра-то запуск

[vigna]

внезапно, Майсека. Больше иллюмин, хороших и разных!

Comments

[datchery]

Забавно смотрится Personal в названии. Что имеется в виду?

[vigna]

А примерно то же, что и в "personal computer". Это такая противоположность большим высокопроизводительным машинам, которыми (обычно) пользуются в формате ЦКП - прибор с существенно меньшими возможностями, но зато (как бы) доступный каждой, даже небольшой лаборатории. То есть, это общая концепция такая. На самом деле всё несколько сложнее, конечно.

[_hellmaus_]

Кто пойдет в первый запуск?

[anima_atra]

Прикольно. Ну, поделитесь впечатлениями.

[vigna]

Впечатления смешанные. С одной стороны, он очень простой, я бы даже сказала, оскорбительно простой :) С другой, это достигается ценой меньшей гибкости - например, там один кит на генерацию кластеров и на собственно секвенирование - и если у тебя провалилась одна из этих стадий, то ты можешь только выкинуть все реагенты и купить новый набор. Кроме того, такая простота создает впечатление, что квалификация операторов вообще не важна - а это, мягко говоря, не так.

[anima_atra]

Квалификация нужна, когда задачи все время меняются. Если же дело поставлено на поток, то и впрямь можно снизить требования к персоналу (я так думаю). Но при этом придется все время помнить, что ежели что пойдет не так, то все, швах.

А какая макс. длина чтения?

[vigna]

150+150, после апгрейда 250+250.

[nobiol]

а вот интересно, сколько стоит 1 запуск иллюмины? и есть ли в Мск места, ктр. берут со стороны образцы?

[vtosha]

500-800 тысяч рублей в зависимости от длины чтения. Одна дорожка 60 -100 тысяч, если на своём. Есть.

[vasja_iz_aa]

Это только киты столько в Москве стоят или полная цена сервиса, отдал пробу/получил данные?

[vtosha]

Стоимость китов: около 100 тысяч пробоподготовка 48 образцов, около 160 тысяч кит для генерации кластеров для одноконцевой ячейки, 250 тысяч для парноконцевой ячейки. Плюс по 100 тысяч на каждое чтение из 36 нуклеотидов. Это для ГАIIx, для других секвенаторов цены чуть другие и другие фасовки реагентов.
Для каждого заказа стоимость рассчитывается отдельно, с учётом того, нужно ли готовить библиотеки, нужно ли одноконцевые или парноконцевые чтения и какой длины. 60 --- 100 тысяч на дорожку - это приблизительная цена сервиса.
Но тут свои проблемы могут возникнуть. Например, со временем. Гнать машину ради двух образцов дороговато, приходится ждать, когда наберутся образцы, а если нужно чтение 150 плюс 150, то это вообще редкость. Если нужно немного, то поискать Майсек предпочтительнее. Или втиснуться к кому-нибудь на некоммерческий прогон, возмещая стоимость реагентами.

[hejjhog]

Посмотрите на качество Ридов и на то, сколько Ридов перекрываются. Я пару месяцев назад анализировала с него данные и больше половины перекрывалось, после чего ребята адаптировали вместе с иллюминой протокол...

И что у вас в итоге - хайсек и майсек?

[vigna]

Если короткие библиотеки - конечно, будут перекрываться. Просто за счёт того, что длина чтения больше. И некстера даёт более короткие библиотеки (это моё сугубо предварительное мнение! детально пока с некстерой не разбиралась). Но для некоторых задач это даже лучше. Например, 250+250, перекрывающиеся на 50 нуклеотидов - это одиночный фрагмент 450. А это уже почти как 454, только точность больше.
А у тебя что за задачи?

У нас пока только Хайсек, а к майсеку присматриваемся. На запуск я ходила в одну дружественную лабораторию.

[hejjhog]

Ты знаешь, у меня получилось 150+150 и перекрывается 150 из них :) Это как раз с некстерой...

У меня задачи для Хайсека - глубокое секвенирование РНК для анализа дифференциальной экспрессии, альтернативного сплайсинга и выявления новых транскриптов. А данные с майсека меня просто попросили быстро проанализировать, т.к. у меня готовая "QC pipeline"  для РНК-сек...

[hejjhog]

А сколько сейчас в Москве секвенаторов?