Стоимость китов: около 100 тысяч пробоподготовка 48 образцов, около 160 тысяч кит для генерации кластеров для одноконцевой ячейки, 250 тысяч для парноконцевой ячейки. Плюс по 100 тысяч на каждое чтение из 36 нуклеотидов. Это для ГАIIx, для других секвенаторов цены чуть другие и другие фасовки реагентов. Для каждого заказа стоимость рассчитывается отдельно, с учётом того, нужно ли готовить библиотеки, нужно ли одноконцевые или парноконцевые чтения и какой длины. 60 --- 100 тысяч на дорожку - это приблизительная цена сервиса. Но тут свои проблемы могут возникнуть. Например, со временем. Гнать машину ради двух образцов дороговато, приходится ждать, когда наберутся образцы, а если нужно чтение 150 плюс 150, то это вообще редкость. Если нужно немного, то поискать Майсек предпочтительнее. Или втиснуться к кому-нибудь на некоммерческий прогон, возмещая стоимость реагентами.
Спасибо. Для одиночных образцов мне понравилась новая машина Ion Proton. На следующий день получаем 80 миллионов ридов. Это сейчас, а через полгода удвоить обещают.
О, а можно про Протон поподробней? У меня большой скептицизм по отношению к Ионам, но я была бы рада его развеять. Какая у них длина чтения сейчас? Как ошибки в гомополимерах, не очень мешают?
Длина около 200н, если память мне не изменяет. Ошибки самые неприятные не в гомополимерах а после них, причем после весьма коротких. В последних версиях софта они сильно улучшили точность, но в какой то степени прежняя проблема осталась. Насколько это мешает сильно зависит от приложений в которых машина используется, вроде бы для диагностики уже уровень вполне нормальный. У них скорость конечно самая сильная сторона.
Да, про неё тоже сейчас много говорят. А как по личному опыту общения, можете рассказать? Сложность, надёжность, стоимость? Это в первый раз получаете?
Reply
Reply
Reply
Для каждого заказа стоимость рассчитывается отдельно, с учётом того, нужно ли готовить библиотеки, нужно ли одноконцевые или парноконцевые чтения и какой длины. 60 --- 100 тысяч на дорожку - это приблизительная цена сервиса.
Но тут свои проблемы могут возникнуть. Например, со временем. Гнать машину ради двух образцов дороговато, приходится ждать, когда наберутся образцы, а если нужно чтение 150 плюс 150, то это вообще редкость. Если нужно немного, то поискать Майсек предпочтительнее. Или втиснуться к кому-нибудь на некоммерческий прогон, возмещая стоимость реагентами.
Reply
Для одиночных образцов мне понравилась новая машина Ion Proton. На следующий день получаем 80 миллионов ридов. Это сейчас, а через полгода удвоить обещают.
Reply
Reply
Reply
Reply
Reply
http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/communities-social/blog/blogs/ion-world-2012.html
Reply
Leave a comment