Буквы в генетическом коде. Часть 1.
О порядке, который в генетическом коде
Несколько слов о генетическом коде (Часть Ι)
Несколько слов о генетическом коде (Часть ΙΙ)
Последнее предисловие к рассказу о «Сообщении» Творца в генетическом коде
Числа в генетическом коде. Часть 1.
Числа в генетическом коде. Часть 2.
Числа в генетическом коде. Дополнение.
В этой части, с не совсем понятным названием, я начну говорить об элементах упорядоченности другого, ещё не встречавшегося в этом рассказе типа - о другой составляющей той поразительной упорядоченности генетического кода, в которой, как я хотел бы убедить читателя, разумно видеть намеренно организованное сообщение. Эта компонента была обнаружена раньше числовых соотношений и симметрий - самая ранняя публикация Владимира Щербака, посвящённая ей, которую мне удалось найти, ссылается на патент, зарегистрированный в ноябре 1986г: «SHCHERBAK, V. I. (1986). The Phenomenon of the Genetic Code Co-Operative Symmetry (in Russian). The patent application to the U.S.S.R. State Committee for Inventions and Discoveries, No 1302, 27. November 1986 (с добавлением: Priority registered 18 November, 1986)».
Как видите, у этой истории долгая предыстория, начавшаяся даже раньше 1993 года, в котором была опубликована первая работа, рассказывающая о некоторых из числовых симметрий, имеющихся в генетическом коде. 1986 год - 27 лет до публикации 2013 года и 37 лет до года, в который я пишу эти строки. Хотя это и не тема моего рассказа, сейчас, когда рассказ пересекает важную внутреннюю границу, мне волей-неволей приходит на ум мысль о сюрреалистичности рецепции открытий Владимира Щербака научным сообществом. С одной стороны, может показаться, что рецепция отсутствует: ссылок на его работы немного. Немногая критика его работ поверхностна и почти всегда избегает обращения к фактической стороне критикуемых работ. Немногие работы, ссылающиеся на Щербака и не критикующие его, зачастую довольно «странны» (здесь я не готов, впрочем, ни выносить глобальных суждений, ни входить в детальное рассмотрение «странностей», при том, что работа Щербака сама воспринимается как не очень-то «обычная»).
Тем не менее, скрытая рецепция его работ определённо имеет место. Достаточно сказать, что до защиты диссертации по результатам своих открытий Владимир Щербак три раза делал доклад о них в лаборатории Манфреда Эйгена и некоторые последующие его работы финансировались Обществом Макса Планка. Что думал нобелевский лауреат, оставивший после себя некоторые, известные в соответствующих кругах, размышления об абиогенезе, смотря на некоторые упорядоченности из тех, что мы видели в этом рассказе и тех, которые мы увидим далее? Не знаю, но он поддержал, в том числе и финансово, Щербака в его поисках. Что думал сам Владимир Щербак? Практически очевидно, что на протяжении многих лет он пытался придумать, какая причина, помимо разума, смогла бы организовать виденные нами соотношения. В его работах имеется совершенно невероятная идея молекулярных «контрольных» сумм, и какого-то молекулярного «арифмометра», который бы суммировал их, - идея которая для любого знакомого с молекулярной биологией выглядит, в лучшем случае, как жест отчаяния. Но в работе 2013 года бе́з-ра́зумные версии уступили место направленной панспермии - предположению, что кто-то разумный миллиарды лет назад всё ж таки упорядочил генетический код (возможно, уже существующий), а потом засеял его носителями то ли Землю, то ли молекулярное облако из которого Земля потом гипотетически образовалась. Этот кто-то, однако, в данной гипотезе, был не Богом, сотворившим небо и землю, а чем-то более приемлемым для «современной научной картины мира» - богом, эволюционировавшим из праха.
Что ж, человек убеждаемый непреодолимым свидетельством в том, что разум был раньше жизни, всё-таки находит возможность это свидетельство «изящно» преодолеть, добавив прилагательное «известной» к слову «жизни» и населив неизвестность тем, что кажется ему относительно приемлемым. Так что, если кто-то сожалеет, что открытие того рода, о котором идёт речь в нашем рассказе, насилует свободу воли, у того есть повод для «оптимизма»! Мне же это напоминает слова Господа, сказанные Им через пророка: «иными языками и иными устами буду говорить народу сему, но и тогда не послушают Меня».
[Это замечание здесь имеет черновой характер и может быть перемещено во введение для планируемого окончательного варианта, если будет на то воля Божья]
Но пора вернуться к рассказу о Сообщении.
Итак, ранее мы говорили о «числах» - мы рассматривали числовые симметрии нуклонных сумм «просто» определяемых наборов структурных частей аминокислот. Теперь речь пойдёт о «буквах» - о символьных симметриях строк нуклеотидов кодонов, выбранных и упорядоченных ... некоторым «простым» образом.
Эту упорядоченность, замеченную первой, быть может, действительно легче заметить, чем числовую, но по ряду причин я решил начать не с неё:
- Во-первых, узнавание этой упорядоченности очень напоминает сборку головоломки, «пазла», а для того, чтобы «сборка пазла» воспринималась лучше, мне хотелось, чтобы у читателя созрело серьёзное отношение к намеренно-разумному характеру упорядоченностей, видимым в генетическом коде. Ведь наблюдение за собиранием головоломки, существование которой наблюдатель не готов принять, - не слишком увлекательное занятие.
- Во-вторых, эта составляющая упорядоченности, о которой пойдёт речь, существеннее числовой - она объединяет все «обобщённые» кодоны генетического кода в единую цельную структуру, связанную рядом симметрий, и она действительно похожа на сообщение - линейную последовательность упорядоченных символов.
- В-третьих, получившаяся «буквенная» структура поддаётся интерпретации, и притом специфически христианской, а эту интерпретацию я захотел оставить напоследок, для тех, кто захочет слушать, чтобы у остальных был бы, по крайней мере, шанс признать, что в генетическом коде есть, если и не сообщение, которое можно прочитать, хотя бы «пазл» Творца, который можно опознать. А потом, кто знает, за признанием «Пазла» может прийти и согласие понять «Сообщение» таким образом, который я предложу в заключительной части рассказа, если будет на то воля Божья.
Начнём с того, как вообще можно выбрать и упорядочить кодоны, не принимая во внимание их нуклеотидный состав (так чтобы «буквенные» симметрии получались при упорядочении, независимом от самих «букв»). Понятно, что упорядочение должно исходить из кодируемых значений. Некоторое упорядочение, основанное на значениях кодонов мы уже видели - речь идёт о разбиении на «простые» и «сложные» семейства, и об «обобщённых» кодонах. Это разбиение однако никак не упорядочивает кодоны внутри частей разбиения, так что говорить о каких-либо «буквенных» симметриях в том, что мы уже видели, пока не приходится. Но можно догадаться, что любой порядок, который можно распознать как элемент Сообщения, и который при этом заключался бы в особой упорядоченности нуклеотидов кодонов, должен предполагать упорядочение кодируемых ими аминокислот. А приняв эту мысль, как мне кажется, в контексте уже увиденных нами упорядоченностей, даже гипотетически, вряд ли можно предложить какой-то иной разумный способ упорядочить набор аминокислот, кроме сортировки по массе (нуклонному числу). Именно такая сортировка приводит к выявлению буквенных симметрий, о которых пойдёт речь далее.
Как мы уже видели, сортировка по массе, даже на поверхностный взгляд выявляет определённую упорядоченность кодирующих их кодонов (раздел «Вторая упорядоченность» в « Последнем предисловии»). Рассмотрим эту упорядоченность ещё раз на рисунке ниже.
Рис. 1. Взаимосвязь числа кодонов и числа нуклонов (здесь и далее - в боковых цепях) для набора кодируемых аминокислот. Обратите внимание, что аминокислоты, кодируемые 6ю кодонами, на графике вынесены в отдельную серию (точки чёрного цвета), но в таблице кода составляющие каждой шестёрки - из 2х и 4х кодонов - закрашены, соответственно, красным и синим цветом.
Напомню, как видно даже при поверхностном взгляде, чем больше кодонов кодируют аминокислоту, тем, в среднем, меньше её масса.
Более пристальный взгляд позволяет увидеть, что аминокислоты, кодируемые шестью кодонами, в зависимости не участвуют, и что эта чисто формально-арифметическая зависимость является строгой лишь отчасти - аминокислоты, кодируемые 4я кодонами строго легче, чем кодируемые 3я, 2я и 1й кодонами, и ещё аминокислоты, кодируемые 1й аминокислотой строго тяжелее, аминокислот, кодируемых 3я кодонами. В остальном, впрочем, эта зависимость выполняется «в среднем».
Ещё более пристальный взгляд, требующий определённого исследования, позволяет заметить, что эта формальная зависимость наложена, на отчасти конфликтующую с ней, зависимость числа кодонов, кодирующих аминокислоту от распространённости аминокислоты в белках, как бы вопреки возможным биологическим нуждам (подробно об этом тут говорить неуместно, но об этом немного сказано в соответствующем «Предисловии»).
Как мне кажется, после рассмотрения числовых симметрий, указанные наблюдения уже провоцируют поискать ещё какой-нибудь порядок в кодонах, упорядоченных по массе аминокислот.
Но что побудило искать порядок Владимира Щербака не очевидно. Возможно это был чистый интерес. Любопытный читатель может даже попробовать провести поиск самостоятельно - того, что изображено на рисунке 1 для этого вполне достаточно. Требуется, однако, приложить некоторые мыслительные усилия, т.к. простое упорядочение всех кодонов сразу, во-первых не вполне «просто», а во вторых, решения не даст. Далее можно было бы показать результат, т.е. то как надо упорядочить кодоны и какие симметрии нуклеотидов при этом становятся заметны, но мне хочется произвести сборку этого «пазла», отметив ключевые моменты, чтобы сборка не выглядела актом произвола.
Поехали
Важный вопрос, который, возникает при попытке упорядочить кодоны согласно массе кодируемой аминокислоты - это что делать с несколькими кодонами, кодирующими одну аминокислоту. Хотя, в общем-то этот вопрос уже решён, как на предыдущей картинке, так и в «числовой» части рассказа, надо сказать, что Щербак решил его именно так, т.е., «обобщив» кодоны, кодирующие одну и ту же аминокислоту внутри каждого из «простых» и «сложных» семейств кодонов. Он сделал это, именно распознавая упорядоченность в нуклеотидах кодонов, упорядоченных по массе кодируемых аминокислот.
При таком поиске практически (или даже абсолютно) неизбежно приходится произвести разделение кода на семейства и «обобщить» кодоны. Легче всего заметить уже известный нам характер распределения кодонов с совпадающим кодируемым значением - то что такие кодоны чаще всего различаются только в третьем нуклеотиде, и как следствие то, что при выстраивании кодонов по массе аминокислоты, нуклеотиды в 3й позиции кодонов одной и той же аминокислоты, как их не переставляй (если кодоны не «обобщать»), никак не изменяют порядок нуклеотидов в 1й и 2й позициях - в общем-то это уже и есть идея «обобщённых» кодонов. Так же легко заметить, что варьирование нуклеотидов в 1й и 2й позиции имеет значение только для аминокислот, кодируемых 6ю кодонами и приводит к получению «случайных», произвольных строк нуклеотидов - это наблюдение неизбежно приводит к раздельному рассмотрению «простых» и «сложных» семейств. Подчеркну, эти действия неизбежны, но, другое дело, что неизбежны они только при наличии надежды, что потенциально может быть найден какой бы то ни было порядок в нуклеотидах кодонах, упорядоченных в соответствии с кодируемыми ими аминокислотами.
Но если эти действия совершить, то окажется, что некий порядок нуклеотидов внутри упорядоченных «обобщённых» кодонов «простых» семейств, виден уже без каких-либо дополнительных усилий. Для начала рассмотрим логику упорядочения на примере этой группы кодонов без «подсвечивания» найденных симметрий. См. рисунок ниже.
Рис.2. Логика упорядочения нуклеотидов на примере "обобщённых" кодонов простых семейств.
Итак, упорядочение по нуклонному числу кодируемой аминокислоты добавляет одну независимую ось: координата на ней - номер кодона в упорядоченной последовательности. Две координаты - номер кодона в последовательности и номер нуклеотида в кодоне задают двумерный порядок. Симметрии нуклеотидов, упорядоченных таким образом, показаны на следующем рисунке, хотя для интереса их можно попробовать выделить самостоятельно.
Рис. 3. Симметрии нуклеотидов "обобщённых" кодонов "простых" семейств. Пуриновые нуклеотиды закрашены красным, а пиримидиновые - синим цветом. Оранжево-голубые дуги соединяют комплементарные нуклеотиды.
Самая «выраженная» симметрия - зеркально-комплементарная симметрия строки первых нуклеотидов: эта строка состоит из двух комплементарных половинок. Можно отметить также, что в центре строки находится четвёрка из 4х разных нуклеотидов, обрамленная двумя дуплетами: GG-TCGA-CC. Если Вы серьёзно относитесь к намеренно-разумному характеру расстановки аминокислот по кодонам, то Вы, возможно, подумаете, а не задаёт ли этот «фрагмент картины» порядок нуклеотидов, важный для прочтения Сообщения. Но этот вопрос мы пока отложим в сторону.
Кроме того, строка первых нуклеотидов регулярна по типу азотистого основания в нуклеотиде: RR-YY-RR-YY (комплементарность вносит ограничения на распределение типов азотистых оснований, но не каждая строка, состоящая из двух комплементарных половинок так регулярна - это отдельная симметрия).
В строке вторых нуклеотидов симметрии менее «выраженны», эта строка зеркально-симметрична по типу азотистого основания: R-YYY-YYY-R и содержит два палиндрома: CCC и TCT. Так что и строка первых и строка вторых нуклеотидов имеют одну ось симметрии - между центральными кодонами.
Под «выраженностью» я имею в виду следующее: более точные отношения (комплементарность в сравнении с равенством типа азотистого основания) - «выраженнее». Больший охват строки (все нуклеотиды в строке в сравнении с частью) одним и тем же отношением - «выраженнее». Это связано с вопросом случайного узнавания, хотя я его в данном рассказе и не рассматриваю.
Итак, мы увидели нечто действительно новое, можно сказать «дуальное» к числовым симметриям, виденным нами ранее - теперь мы «просто» упорядочиваем код с помощью аминокислот, а «красивые» симметрии ищем в получившихся упорядоченных последовательностях «обобщённых» кодонов. Как я писал, эта упорядоченность была найдена раньше числовой и в процессе её выявления, Щербак пришёл к «обобщению» кодонов, к делению кода на «семейства», к делению «семейств» на «простые» и «сложные» и к симметрии между этими двумя наборами. Надо сказать, что о работе Румера (раздел «Первая упорядоченность» в « Последнем предисловии»), которую он фактически повторил, Щербак не знал.
Кодоны «сложных» семейств
Кодоны «сложных» семейств и собрать оказывается сложнее, чем кодоны «простых». Так, если просто взять все «обобщённые» кодоны «сложных семейств» и упорядочить их по массе кодируемых аминокислот, то получившиеся строки нуклеотидов окажутся не полностью упорядоченными - имеющими лишь некие симметричные участки, в отличие от строк нуклеотидов «простых» семейств кодонов, которые сразу оказываются полностью упорядоченными рядом симметрий. Кроме того, обнаруживается, что при упорядочении возникают две неоднозначности: одна - аминокислоты лейцин «L» и изолейцин «I» имеют одинаковую нуклонную сумму - 57, и вторая - аминокислоты глутамин «Q» и лизин «K» имеют одинаковую нуклонную сумму - 72. Эти две неоднозначности позволяют выстроить аминокислоты по нуклонной сумме 4я равноправными способами. Итак, самый простой вариант упорядочения - упорядочение всех аминокислот из набора сразу - не проходит. См. анимированную иллюстрацию ниже.
Рис. 4. Четыре равноценных возможных способа упорядочить все аминокислоты, кодируемые "сложными" семействами кодонов.
Тем не менее, это ещё не тупик. Не все «обобщённые» кодоны в этом наборе равноценны - они отличаются по количеству реальных кодонов, которые они обобщают. Соответственно, не все «сложные» семейства кодонов, составляющие этот набор, равноценны - большинство семейств делятся на две равные части (назовём их «равночастными»), но два семейства («AT» и «TG») выбиваются из общего ряда. Это позволяет выбрать из всего набора «простые» части и посмотреть, появляется ли в них точная «буквенная» симметрия. Вариантов выбора тут совсем немного. Собственно, есть всего два осмысленных варианта для проверки: 1 - «обобщённые» кодоны, обобщающие по 2 реальных кодона и 2 - «обобщённые» кодоны «равночастных» семейств кодонов. Каждый из наборов включает в себя почти все «обобщённые» кодоны «сложных» семейств, и если существует какой-то «простой» способ упорядочивания этой группы кодонов, в котором имеются точные буквенные симметрии, то этот способ должен включать одну из двух указанных выборок. И это так: 2й способ выбрать группу кодонов действительно порождает выраженно симметричные строки нуклеотидов. См. рисунок ниже.
Рис. 5. «Обобщённые» кодоны «равночастных» «сложных» семейств кодонов. Два альтернативных порядка.
Об отмеченных на рисунке симметриях (внимательный читатель может заметить и кое-что пока не отмеченное) мы ещё поговорим после окончания «сборки пазла», но и сейчас есть вещи, которые стоит сказать.
Во-первых, характер симметрий похож на характер симметрий в строках кодонов «простых» семейств: особенно заметно, что строка из первых нуклеотидов также состоит из 2х комплементарных половинок, хотя центр симметрии находится не между кодонов, а в одном из кодонов. Кстати, строка первых нуклеотидов кодонов «равночастных» семейств имеет два центра симметрии - это очень регулярная строка.
Во-вторых, как Вы видите, одна из неоднозначностей (глутамин «Q» и лизин «K» имеют одинаковую нуклонную сумму - 72) сохраняется и в этом наборе. Об этом мы также ещё поговорим, хотя уже сейчас должно быть понятно, что эта неоднозначность неустранима, и можно только попытаться понять, имеет ли это какой-то смысл или же «так получилось». С одной стороны, разговор о смысле это уже интерпретация, до которой пока мы ещё не дошли. С другой стороны, в данном случае, есть что сказать, если и не о смысле, то о намеренности включения этой неоднозначности в Сообшение, исходя из самой получающейся структуры из нуклеотидов. Для начала, есть кое-что, что роднит две альтернативы: повтор AGC-AGC в центре первой строки при одном варианте выбора, очевидно, если интерпретировать эти триплеты как кодоны, кодирует одинаковые аминокислоты (Серин, «S»), но и при альтернативном выборе, получающиеся два триплета-палиндрома в центре: AGA-CGC тоже кодируют две одинаковые аминокислоты (Аргинин, «R»).
Можете посмотреть на генетический код и оценить насколько непросто исполнить подобный трюк - пара «S» и «R» уникальна в этом отношении. И в самой нуклеотидной структуре, которую мы сейчас рассматриваем серин и аргинин расположены симметрично - посмотрите на рисунке выше.
Если угодно, это можно воспринимать как подсказку: «равенство не случайно», особенно учитывая десятичную запись нуклонной суммы боковой цепи аргинина - 100, и тот факт, что под двумя триплетами первой строки во второй строки стоят два однородных триплета: ΑΑΑ-ΑΑΑ, кодирующих, как раз таки лизин «K» - одну аминокислоту из «неоднозначной» пары. Как видите, хотя, как я уже говорил, пока что нет места для разговоров об интерпретации, тем не менее, даже поверхностный взгляд на симметрии получающихся строк приводит к «естественной интерпретации» триплетов как кодонов, и выявляет некоторые «семантические» переклички между триплетами, которые даже можно воспринимать как подсказку (пока что только как подсказку, что наличие альтернативы предусмотрено специально, далее об этом будет сказано подробнее).
В-третьих, при упорядочении этой группы кодонов возникает вопрос (вероятно, он возник и у читателя): «а что делать со стоп-кодонами»? Действительно, генетический код включает в себя и не кодирующие аминокислот стоп-кодоны, а набор «обобщённых» кодонов «равночастных» «сложных» семейств, включает в себя «обобщенный» стоп-кодон TAR, который пока что оказался «забытым». Тем не менее, для большинства читателей, вероятно, очевидно, что добавить стоп-кодон к уже упорядоченному множеству кодонов несложно: достаточно присвоить ему нуклонную массу «0» и поместить его на первое место в ряду. Такое добавление, действительно, дополняет все неполные симметрии, имеющиеся в соответствующих строках нуклеотидов. См. рисунок ниже.
Рис. 6. «Обобщённые» кодоны «равночастных» «сложных» семейств кодонов.
Итак, упорядоченный набор «обобщённых» кодонов «равночастных» «сложных» семейств, включая «обобщенный» стоп-кодон TAR являет нам очень симметричную, без дефектов, систему из строк нуклеотидов, обладающую двумя осями симметрии: между центральными кодонами и в правом центральном кодоне, при этом строка первых нуклеотидов симметрична относительно обеих осей симметрии.
Подсказка внутри «пазла»
Перед тем как продолжить «сборку пазла» мне хочется сказать ещё пару слов о «семантических» перекличках между триплетами, которые, как я уже писал можно воспринимать как подсказку. Теперь, после добавления стоп-кодона, есть что добавить и к словам о подсказке.
После добавления «обобщенного» стоп-кодона TAR в начало последовательности, триплетная структура 12и-нуклеотидных строк 1х и 2х нуклеотидов стала совершеннее - теперь в начале 2й строки стоит триплет AGT, кодирующий серин «S», который пересекает крест-накрест соответствующий «обобщенный кодон» AGΥ - получается симметричный крест из двух идентичных (с точностью до «обобщения» третьего нуклеотида) триплетов (это и следующие описания см. на рисунке ниже). Симметрично, как уже было сказано ранее, в конце второй строки стоит стоп-кодон (что само по себе обращает на себя внимание и побуждает подумать о «кодовой» интерпретации), который пересекает крест-накрест «обобщенный» кодон аргинина «R» - AGR.
В сумме, получается следующее:
- Две альтернативы приводят к двум разным парам отмеченных симметрией триплетов в центе первой строки:
«S»: AGC-AGC - повтор.
«R»: AGA-CGC - два триплета-палиндрома.
Это единственная пара аминокислот в генетическом коде, для пары триплетов которых, записанных друг за другом, возможно такое чередование при «обмене» соседними нуклеотидами. - «Обобщённые» (т.е. вертикальные в структуре из нуклеотидов, о которой мы ведём речь) кодоны серина «S» и аргинина «R», оказываются расположены в структуре симметрично: на втором и на предпоследнем месте, соответственно.
- При этом, оказывается, что во второй строке (строке вторых нуклеотидов «обобщённых» кодонов) в начале стоит триплет, кодирующий серин «S», который пересекает вертикальный «обобщенный» кодон опять же серина. А в конце второй строки стоит стоп-кодон, который пересекает «обобщенный» кодон аргинина «R».
- В центре второй строки под парой кодонов с одним значением стоят два кодона лизина «K»: AAA-AAA, одной из аминокислот с одинаковым нуклонным числом, вызывающим неоднозначность упорядочения.
На анимированной иллюстрации ниже, всё описанное выше я постарался изобразить наглядно.
Рис. 7. Альтернатива при выборе порядка Q и K и связанные с ней "смысловые" переклички. Шутка ли, предполагать появление чего-то подобного без участия разума? Когда "что-то" собирается как пазл, по вполне конкретной недвусмысленной логике, это уже подозрительно, а уж когда в этом "чём-то" опознаётся подсказка для сборки, выраженная средствами той же самой логики...
На мой взгляд, это удивительно самоочевидная подсказка. А самое удивительное в ней то, что, она самоочевидна - оказывается, возможно закодировать такой порядок нуклеотидов, который в контексте «сборки пазла» воспринимается как указание: «упорядочи две аминокислоты с одинаковым нуклонным числом так, чтобы появилось два триплета, кодирующих серин». Как мне кажется, опознание этой «подсказки» не требует приведения себя в какое-то особое состояние - достаточно воспринимать получающуюся структуру как настоящий пазл, имеющий настоящего Автора, который делал «пазл» так, чтобы можно было однозначно понять как его складывать.
(замечу, что последовательность триплетов во второй строке настолько заметно «маркирована» - это ведь совершенный палиндром со стоп-кодоном в конце и двумерной симметрией - крестом из двух кодонов серина - в начале, что у кого-то, быть может, возникло желание посчитать нуклонные суммы соответствующих аминокислот, но, хотя сумма нуклонов в остовах и примечательна - 222, что, впрочем, не маловероятно, сумма нуклонов боковых цепях не представляет интереса - 175 ... впрочем, у этой истории будет продолжение)
Далее везде будет использован порядок «QK». Надо, однако, заметить, что и без «подсказки» такой выбор становится неизбежным - он приводит к образованию нескольких симметрий, некоторые из которых мы уже видели, в отличие от альтернативного «KQ», который участвует только в симметрии двух кодонов-палиндромов, кодирующих аргинин. Владимир Щербак выбрал порядок «QK» исключительно на основании получающихся симметрий, а сам я заметил «подсказку» буквально в процессе написания этой части рассказа. Это связано, отчасти, с тем, что я имел дело с готовым ответом и не собирал всю конструкцию на самом деле как пазл от начала до конца.
Остаётся ещё одна симметрия в рассматриваемой конструкции из нуклеотидов, которую мы не рассмотрели - можно заметить, что симметрии комплементарных участков 1й строки и зеркальная симметрия в 3й строке (по типу азотистого основания) связаны друг с другом, но эту симметрию я решил рассмотреть после полной сборки конструкции, чтобы не удлинять и без того не короткий рассказ.
А пока что, остаётся добавить в структуру ещё несколько «обобщённых» кодонов.
Продолжение: Буквы в генетическом коде. Часть 2.