Диагностика SARS-CoV-2 инфекции. Конкурент ПЦР?

[prof_afv]

В этом году слово ПЦР прочно вошло в повседневный лексикон. С помощью ПЦР и, реже, других методов амплификации нуклеиновых кислот диагностируют SARS-CoV-2 инфекцию (об этом подробнее здесь: https://prof-afv.livejournal.com/6425.html; https://prof-afv.livejournal.com/5607.html). Однако, этот пост не о ПЦР. Я понимаю, что то, как работают методы

Comments

[alexey_zharikov]

Все эти методы определяют только наличие вируса в образце - а не то, болен ли этим вирусом человек. С таким же успехом можно тестировать на вирусы воздушный фильтр, что покажет только наличие вируса в воздухе.

[woj_lj]

Смотря, что вы понимаете под термином "найти". Если ищется вирус, то средства его обнаружения должны быть верифицируемы, т.е. использование теста в разных лабораториях разными людьми должны давтаь репродуцируемый эффект: определять вирус в образцах где он есть и показвать где его нет. Если ваша собака действительно безошибочно находит заболевших людей, и это можно проверить передавая ее между лабораториями, то да - такой тест годится. Другое дело, что массово применять такой способ не получится, и скорее всего люди выберут ПЦР.

[aleks_visero]

ПЦР НЕ верифицирован. А при количестве репликаций 40, он даёт 97% процентов ЛОЖНОПОЖИТЕЛЬНЫХ.

[woj_lj]

> ПЦР НЕ верифицирован

В смысле? Берёте ПЦР-тест, применяете его на тестовых образцах и в любой лаборатории получите одинаковый уровень ложноположительных и ложноотрицательных случаев. Если тест в одной лаборатории показывает одни результаты, а в другой другие, то тест надо выбрасывать как негодный.

> А при количестве репликаций 40, он даёт 97% процентов ЛОЖНОПОЖИТЕЛЬНЫХ.

Репликаций надо делать не 40 и не 20, а столько сколько достаточно для уверенного результата. Это зависит от теста.

[aleks_visero]

Надо. Но

1) Существует проблема с тестовыми образцами. В чистом виде вирус, вызывающий ковид, как я понимаю по многочисленным публикациям-не выделен. Выделено нечто из нарезки нуклеотидов, после сепарации понимаемое как фрагменты вируса, на основе этого и сделан тест.

2) В настоящее время применяется стандарт 35-40 циклов репликации. Это стандарт ВОЗ, обеспечивающий наибольшую чувствительность. По крайней мере так утверждается.

[woj_lj]

Хорошо, что тогда означает 97% ложноположительных результатов? Если я проверю 100 образцов, то что покажет такой тест?

[aleks_visero]

То же что и у Илона Маска-из четырёх тестов в один день, два положительных и два отрицательных.

[woj_lj]

И как же тогда так вышло, что, протестировав более 9 млн. человек в Ухане в недавнем масштабном тестировании, китайцы нашли всего 300 положительных случаев? По вашей версии должно было бы быть сильно больше.

[aleks_visero]

А это вопрос к китайцам. Их статистика и их методы исследования достаточно закрыты. И да-вы верите китайцам?

[woj_lj]

В вопросе их подхода к этой инфекции - верю. Как не крути, а они были первые кто обнаружил вирус. Одини из лучших научных работ по этой тематики тоже из Китая.

Раз вы не верите китайцам, тогда прокомментируйте результаты немцев? На 29 миллионов тестов у них всего лишь 1.2млн заболевших. Даже если они каждому больному делали по 10 тестов, все равно не сходится с вашей моделью. Или немцам тоже верить нельзя? Как насчет других? Выберете страну которой верить можно.

[aleks_visero]

Вы не поняли. Совсем. Я утверждаю, что тесты "срабатывают" на некий нуклеотид, который а) не факт что относиться к вирусу вообще и не является фрагментом нормально генома человека или иных "коронавирусов" б) это срабатывание не говорит что человек заражён именно новой коронавирусной инфекцией. А по поводу симптомов, я вам процитирую

Для этого заболевания характерен инкубационный период 2-10 дней. Для короткого продромального периода характерна повышенная утомляемость, анорексия, умеренная головная боль. Больных может беспокоить преходящая диарея

[woj_lj]

> Вы не поняли. Совсем