про воспроизводимость
Вчера ездила еще раз в свою старую лабу, поговорить про мой проект. Как ученый, я очень счастлива. Все мои данные, которые я получила, были повторены моим сенсеем без малейших отклонений (он готовит все это к печати и хотел снять картинки покруче - ну и доработать проект). Более того, там получилось так красиво, что мне хотелось заплакать от умиления. И показать это всем тем, кто утверждает, что "в науке ничо не воспроизводится, ничо не воспроизводится, никому верить нельзя". Я щас расскажу.
Тока там будет много деталей, наверно неинтересно никому, кроме биологов и химиков.
Детали. Можно пропустить и прочитать полный эмоций вывод в конце.
У меня был эксперимент с изучением ДНК-последовательностей, прицепленных к GFP (зеленый флуоресцентный протеин). То есть я брала этот зеленый протеин и цепляла к нему спереди разные мелкие последовательности. От этого этот протеин шел в какую-нибудь часть клетки. Например, в норме зеленый протеин находится в ядре и цитоплазме, вот так:
А если к нему добавить какую-нибудь последовательность, то он идет в какое-нибудь другое место в клетке, скажем в зеленые пузыри, например вот так (синее - это ядро):
(картинки из интернета)
А у меня получалось постоянно, что у меня этот протеин и в новом месте, и в старом. То есть он и в пузырях, и в ядре одновременно. Это было неприятно и не совпадало с тем, как оно все должно быть по идее. По идее если протеин в новом месте, то он и должен быть в новом. Полностью. А не так, что и там, и там. И когда я была в старой лабе, я так и не нашла точный и четкий ответ на вопрос, в чем дело. Мы обсуждали много раз, что может быть есть какие-то добавочные модификации, которые прицепляются к моим отрезкам, которые я вставляю, и может быть этот процесс не полностью эффективен, и тогда сколько-то процентов протеина окажется в ядре, а сколько-то в другом, новом месте...
Так вот, ответ на задачку оказался настолько прост и элегантен, что это было обалденно.
Я не убрала старт-кодон с зеленого протеина, когда прицепляла свои отрезки.
Ну все протеины начинаются со старта - ATG. Вообще это метионин (аминокислота), и она может быть в любом месте. Но в начале протеина она вообще всегда есть. Ну и когда я делала свои протеины, я рассуждала так: вот цепочка ДНК, которую я делаю, скажем
ATGcagtgagctacgatgctgATGtgacacgacta...
В начале - старт-кодон. С него начинается мой короткий отрезок (тут я его написала маленькими буквами). А следующий ATG - это начальный ATG зеленого флуоресцентного протеина. Ну и я рассуждала так. Дофига протеинов построены таким же образом. Они начинаются с метионина, продолжаются какими-нибудь другими кислотами и потом в середине у них бывает еще раз метионин, просто так. Как обычная аминокислота. И она не считывается машиной как "начало", потому что она не в начале.
Ну и я точно так же сделаю свой протеин. В начале у меня будет правильный стартовый ATG, потом будут какие-то другие кислоты, а потом этот ATG из-под зеленого протеина - это будет просто метионин, который там просто есть в качестве обычного метионина. И он не будет распознаваться как начало. Он же в середине.
Так вот, оказывается нифига. Оказывается все это время в моих клетках производилось два разных протеина! Один из них был длинный, с цепочкой в начале, и шел в пузыри. А второй был обычный зеленый флуоресцентный протеин, который машиной почему-то считывался со второго по счету ATG и вел себя как обычный зеленый флуоресцентный протеин! Сенсей четко показал, что если поменять хотя бы одну букву в этом втором ATG, то эффект исчезает. То есть второй ATG распознается как начало(sic!!).
(И вот тут-то блин, в процессе написания вот этого поста, прям щас, до меня доперло, до какой степени это все-таки странно)
(Собственно, а какого хрена? Вот если меня кто-нибудь из биологов читает, вот вы мне можете внятно объяснить, какого хрена ATG в середине считывается клеткой как начало протеина? Это что еще за выкрутасы, неизвестные науке? Собственно, где была ошибка в моих изначальных рассуждениях, что если ATG в середине, то он нихрена не должен быть распознаваем как начало? Вы разве не так же делаете свои конструкты? Вы когда-нибудь беспокоились, что у вас в плазмиде ATG где-нибудь в середине?
Вы понимаете, какие выводы из этого надо сделать? Это ведь означает, что либо это происходит ВЕЗДЕ, в смысле любые серединные ATG производят дефектные протеины, т.е. любой ATG распознается клеткой как старт, и потом надо исправлять всю эту нагенеренную косячную белиберду; либо клетка откуда-то знает, какие ATG правильные, а какие нет (а мне никаких подобных механизмов неизвестно - поправьте меня, если вы их знаете)).
----
Конец деталей.
Собственно, в качестве вывода, мне очень, очень хочется знать, из какого места растут руки у тех научных работников, которые приходили ко мне в жж и яростно доказывали, что вот даже у них в лабе ничего не воспроизводится. Что ой-ой-ой 80% того, что делается в науке, - этому нельзя верить, потому что бла-бла-бла ничего не работает.
Не знаю как у них - у меня все работает. Это притом, что я была криворукий начинающий недоучка. Все результаты, которые я сгенерила - все они были четко воспроизведены сенсеем. И на основе их даже найдена новая, вписывающаяся в идею информация. И я могу их повторить. И любой с нормальными руками и головой может их повторить. И работает это четко. Как в физике. По законам науки. Которые можно понять, сформулировать и использовать.
А если у кого-то там что-то не воспроизводится, то пусть он идет и учит матчасть.
Тока там будет много деталей, наверно неинтересно никому, кроме биологов и химиков.
Детали. Можно пропустить и прочитать полный эмоций вывод в конце.
У меня был эксперимент с изучением ДНК-последовательностей, прицепленных к GFP (зеленый флуоресцентный протеин). То есть я брала этот зеленый протеин и цепляла к нему спереди разные мелкие последовательности. От этого этот протеин шел в какую-нибудь часть клетки. Например, в норме зеленый протеин находится в ядре и цитоплазме, вот так:
А если к нему добавить какую-нибудь последовательность, то он идет в какое-нибудь другое место в клетке, скажем в зеленые пузыри, например вот так (синее - это ядро):
(картинки из интернета)
А у меня получалось постоянно, что у меня этот протеин и в новом месте, и в старом. То есть он и в пузырях, и в ядре одновременно. Это было неприятно и не совпадало с тем, как оно все должно быть по идее. По идее если протеин в новом месте, то он и должен быть в новом. Полностью. А не так, что и там, и там. И когда я была в старой лабе, я так и не нашла точный и четкий ответ на вопрос, в чем дело. Мы обсуждали много раз, что может быть есть какие-то добавочные модификации, которые прицепляются к моим отрезкам, которые я вставляю, и может быть этот процесс не полностью эффективен, и тогда сколько-то процентов протеина окажется в ядре, а сколько-то в другом, новом месте...
Так вот, ответ на задачку оказался настолько прост и элегантен, что это было обалденно.
Я не убрала старт-кодон с зеленого протеина, когда прицепляла свои отрезки.
Ну все протеины начинаются со старта - ATG. Вообще это метионин (аминокислота), и она может быть в любом месте. Но в начале протеина она вообще всегда есть. Ну и когда я делала свои протеины, я рассуждала так: вот цепочка ДНК, которую я делаю, скажем
ATGcagtgagctacgatgctgATGtgacacgacta...
В начале - старт-кодон. С него начинается мой короткий отрезок (тут я его написала маленькими буквами). А следующий ATG - это начальный ATG зеленого флуоресцентного протеина. Ну и я рассуждала так. Дофига протеинов построены таким же образом. Они начинаются с метионина, продолжаются какими-нибудь другими кислотами и потом в середине у них бывает еще раз метионин, просто так. Как обычная аминокислота. И она не считывается машиной как "начало", потому что она не в начале.
Ну и я точно так же сделаю свой протеин. В начале у меня будет правильный стартовый ATG, потом будут какие-то другие кислоты, а потом этот ATG из-под зеленого протеина - это будет просто метионин, который там просто есть в качестве обычного метионина. И он не будет распознаваться как начало. Он же в середине.
Так вот, оказывается нифига. Оказывается все это время в моих клетках производилось два разных протеина! Один из них был длинный, с цепочкой в начале, и шел в пузыри. А второй был обычный зеленый флуоресцентный протеин, который машиной почему-то считывался со второго по счету ATG и вел себя как обычный зеленый флуоресцентный протеин! Сенсей четко показал, что если поменять хотя бы одну букву в этом втором ATG, то эффект исчезает. То есть второй ATG распознается как начало(sic!!).
(И вот тут-то блин, в процессе написания вот этого поста, прям щас, до меня доперло, до какой степени это все-таки странно)
(Собственно, а какого хрена? Вот если меня кто-нибудь из биологов читает, вот вы мне можете внятно объяснить, какого хрена ATG в середине считывается клеткой как начало протеина? Это что еще за выкрутасы, неизвестные науке? Собственно, где была ошибка в моих изначальных рассуждениях, что если ATG в середине, то он нихрена не должен быть распознаваем как начало? Вы разве не так же делаете свои конструкты? Вы когда-нибудь беспокоились, что у вас в плазмиде ATG где-нибудь в середине?
Вы понимаете, какие выводы из этого надо сделать? Это ведь означает, что либо это происходит ВЕЗДЕ, в смысле любые серединные ATG производят дефектные протеины, т.е. любой ATG распознается клеткой как старт, и потом надо исправлять всю эту нагенеренную косячную белиберду; либо клетка откуда-то знает, какие ATG правильные, а какие нет (а мне никаких подобных механизмов неизвестно - поправьте меня, если вы их знаете)).
----
Конец деталей.
Собственно, в качестве вывода, мне очень, очень хочется знать, из какого места растут руки у тех научных работников, которые приходили ко мне в жж и яростно доказывали, что вот даже у них в лабе ничего не воспроизводится. Что ой-ой-ой 80% того, что делается в науке, - этому нельзя верить, потому что бла-бла-бла ничего не работает.
Не знаю как у них - у меня все работает. Это притом, что я была криворукий начинающий недоучка. Все результаты, которые я сгенерила - все они были четко воспроизведены сенсеем. И на основе их даже найдена новая, вписывающаяся в идею информация. И я могу их повторить. И любой с нормальными руками и головой может их повторить. И работает это четко. Как в физике. По законам науки. Которые можно понять, сформулировать и использовать.
А если у кого-то там что-то не воспроизводится, то пусть он идет и учит матчасть.