Как коронавирус борется с иммунной системой

[shvarz]

Где-то в комментах дали ссылку на вот эту довольно интересную статью:
Structural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2По меркам РНК вирусов, геномы коронавирусов довольно большие - 30К нуклеотидов, что позволяет им кодировать довольно большое количество белков. Один из этих белков NSP1 значительно

Comments

[vishniakov]

А это из-за этого получается от COVD-а эффективны противовирусные от гепатита С и ВИЧа? Они ж индукторы интерферона.

[antoschka_smtrt]

Таким образом они эффективны против любых вирусов, если вызывают ответ.

[magpie73]

А почему тогда сам чистый интереферон "из аптеки"не работает? об этом много говорили в начале пандемии, что-де "это не просто грипп-ОРВИ, интерферончиком не спасешься, он не действует". Искусственное, рукотворное повышение концентрации интерферона разве не будет равнозначно его ингибиции?

[vishniakov]

Ну насколько я понимаю, "чистого из аптеки" получается меньше, чем силами организма... Если из аптеки вообще интерферон, а не фуфломицин.

[kaa001]

Интересно, это особенность свойственна исключительно SARS-CoV-2 или всему семейству. ИМХО, более тщательное изучение SARS-CoV-2 принесет еще не мало "открытий чудных". Причем касающихся не только этого конкретного вида.

[shvarz]

Всему семейству.

[ext_2645785]

А зачем разглядывать этот Nsp1, разве нельзя вычислить как он сворачивается? Код же есть.

[shvarz]

Только очень приблизительно, если есть другие похожие белки. И уж точно нельзя предсказать как он будет связываться с другим белком, опять же - если нет очень похожих примеров которые можно использовать как модель. Если есть и нужно лишь поменять несколько аминокислот, то это более-менее можно сделать, но все равно надо проверять на практике.

[hoegni]

Это довольно крутой метод, разработанный в последние лет 10, который позволяет собирая информацию с тысяч фотографий (с довольно низким разрешением) получать детали молекулярной структуры с разрешением до атома.
Нету там разрешения до атома. По разрешению он сильно уступает рентген-структурному анализу, но гораздо легче и быстрее.
И получается такая фигня. Кто-то побыстрому кропает статью с криоэлектронкой и публикуется в Nature. Ну как же, структуру белка разрешил. Правда, из-за низкого разрешения использовать такую структуру, к примеру, в молекулярной динамике - это как на кофейной гуще гадать.
А рентгенструктурный анализ после этого делать уже никому не интересно, потому что это в разы более трудоемко, а будет только подтверждение и уточнение, и нрикакого Nature. В итоге метод с худшим разрешением убил метод с лучшим. А биофизикам с физиологами остается лапу сосать.

Таково оно, мурло современной грантовой системы.

[shvarz]

Ну, может не до атома, но очень близко. Может это особенность нашей области, но HIV Env и связывающиеся с ним антитела постоянно так анализируют. Рентген тоже кстати довольно много используют, не вытеснили его полностью.

[hoegni]

У нас с ионными каналами почти исчез. А крио нужного разрешения не дает. Может быть, действительно из-за того, чт у нас молекулы большие, да еще с несколькими состояниями, да еще мембрана.

[shvarz]

Да, возможно. Когда я говорю про анализ Env, то это как правило белки для вакцин, у которых трансмембранная часть отрезана, поэтому их получается дофига и свободно плавающих. На прикрепленные к вирусным частицам тоже смотрят, но там возможно разрешение меньше, я не следил.

[bigdrum]

Мон шер, позвольте высказать идиотское предположение, порожденное исключительно безграмотностью вашего покорного слуги, и неизбывным желанием оказать посильное содействие... (Черт, умею же говорить красиво!).

Я могу предположить, что вирусная РНК опознается свободно болтающейся частью белка, а вовсе не хвостиком. А потом пускается вдоль хвостика, как по веревочке. И доходя до пробочки, выталкивает хвостик из дырдочки, сама в нее заходя. То есть интересно проверить концевые группы нуклеотидов и их реакцию с большим телом белка-затычки. :)

[shvarz]

Все конечно может быть, надо эксперименты делать. Основная проблема там не в том, кто именно узнает вирусную РНК, а в том, как она отличается от не-вирусной. Они должны быть практически неотличимы.

[bigdrum]

Вот потому я и говорю, что различение производит белок, и производит в большом блоке. А там либо он пускает РНК по хвостику (если такое вообще возможно), либо он втягивает хвостик, закупоривая дырку своим большим телом и выдергивая маленькую пробку, а затем пускает вирусную РНК сквозь себя прямо в рибосому, а затем отпускает хвостик и возвращается в норму.

Возможно, в вирусной РНК присутствует код какого-то маленького ключика, который приводит в действие Nsp-1. Возможно даже в инактивной части РНК. Поскольку рабочие ДНК опознаются по концевым фрагментам (и РНК подозреваю тоже как-то так), наличие ключа в середине последовательности может быть ноу-хау.