Как коронавирус борется с иммунной системой

[shvarz]

Где-то в комментах дали ссылку на вот эту довольно интересную статью:
Structural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2По меркам РНК вирусов, геномы коронавирусов довольно большие - 30К нуклеотидов, что позволяет им кодировать довольно большое количество белков. Один из этих белков NSP1 значительно

Comments

[hoegni]

Это довольно крутой метод, разработанный в последние лет 10, который позволяет собирая информацию с тысяч фотографий (с довольно низким разрешением) получать детали молекулярной структуры с разрешением до атома.
Нету там разрешения до атома. По разрешению он сильно уступает рентген-структурному анализу, но гораздо легче и быстрее.
И получается такая фигня. Кто-то побыстрому кропает статью с криоэлектронкой и публикуется в Nature. Ну как же, структуру белка разрешил. Правда, из-за низкого разрешения использовать такую структуру, к примеру, в молекулярной динамике - это как на кофейной гуще гадать.
А рентгенструктурный анализ после этого делать уже никому не интересно, потому что это в разы более трудоемко, а будет только подтверждение и уточнение, и нрикакого Nature. В итоге метод с худшим разрешением убил метод с лучшим. А биофизикам с физиологами остается лапу сосать.

Таково оно, мурло современной грантовой системы.

[shvarz]

Ну, может не до атома, но очень близко. Может это особенность нашей области, но HIV Env и связывающиеся с ним антитела постоянно так анализируют. Рентген тоже кстати довольно много используют, не вытеснили его полностью.

[hoegni]

У нас с ионными каналами почти исчез. А крио нужного разрешения не дает. Может быть, действительно из-за того, чт у нас молекулы большие, да еще с несколькими состояниями, да еще мембрана.

[shvarz]

Да, возможно. Когда я говорю про анализ Env, то это как правило белки для вакцин, у которых трансмембранная часть отрезана, поэтому их получается дофига и свободно плавающих. На прикрепленные к вирусным частицам тоже смотрят, но там возможно разрешение меньше, я не следил.

[shelishell]

Ну попробуйте сделать РСА целикового спайка...Справедливости ради когда дошло до дела - 80% публикаций по структурам SARS-CoV-2 это рентген. И в Science много статей, в Nature тоже видела, соотношение не скажу. Понятие разрешение разное для РСА и криоэлектронной микроскопии(которая к слову давно существует,просто технический прогресс и рывок произошел где-то 7 лет назад), часто здесь путаница.

[kubischkin]

Это устаревший взгляд. В 2014-м году появились фальконовские детекторы, которые позволяют рутинно делать крио снимки с субатомным разрешением (см. link). Это ничем не отличается от качества рентгеновской кристаллографии на такого же размера объектах, при значительно более простой пробоподготовке. Рибосома, это 3 MDa если что. Рентген на рибосоме атомного разрешения тоже не даёт.

[hoegni]

У меня, разумеется, ограниченная картина. Но вот то, что я вижу - с ионными каналами резко возросло количество крио-ЭМ и резко уменьшилось количество рентгена. При этом, увы, зацепиться для модели оказывается не за что ибо разрешения не хватает.

Тут можно, конечно, возразить, что для моего любимого ENaC раньше вообще ничего не было, хотя наверняка рентген сделать пытались, да вот не получалось. А крио все-таки сделали, хоть и недостаточного разрешения. Но я боюсь именно того, что теперь делать более детальные структуры станет неинтересно, и останемся мы при имеющейся мутной картинке.