Диагностика SARS-CoV-2 инфекции. Конкурент ПЦР?

[prof_afv]

В этом году слово ПЦР прочно вошло в повседневный лексикон. С помощью ПЦР и, реже, других методов амплификации нуклеиновых кислот диагностируют SARS-CoV-2 инфекцию (об этом подробнее здесь: https://prof-afv.livejournal.com/6425.html; https://prof-afv.livejournal.com/5607.html). Однако, этот пост не о ПЦР. Я понимаю, что то, как работают методы

Comments

[prof_afv]

вообще то наличие любого самого оригинального способа измерений ещё не повод для отказа от старой проверенной и понятной методики
Если Вы в контексте поста, то где Вы нашли призыв отказаться от ПЦР?
новый метод измерения требует кроме всего прочего ещё и конвенциального и адекватного способа/методики интерпретации результатов
Если убрать из этой фразы "умные слова" и добавить конкретные знания методик, то выяснится, что и ПЦР и метод, описанный в посте, определяют ОДНО И ТО ЖЕ - количество вирусной РНК в образце (выражаемое в к-ве копий на ту или иную единицу объема).
Интерпретация результатов обоих методов ОДИНАКОВА.

[prof_afv]

Я неоднократно просил не употреблять слова типа "ковидла".
Продолжите - заблокирую полностью.

я полагаю что и описаный метод и ПЦР не могут использоваться для принятия решений в отношении ковидлы
на 99% истерия с ковидлой обусловлена именно применением ПЦР тестов при том что мы не умеем правильно интерпретировать результаты и не знаем толком что именно он показывает
Вы абсолютизируете свою некомпетентность в этом вопросе. Что означают результаты ПЦР и других методов определения вирусной РНК прекрасно известно.

[magpie73]

Спасибо. Очень интересно, тем более, что ПРЦ довольно громоздкий для пациента, да и точность у ПРЦ очень приблизительная. Поскорее бы его доработали!

[prof_afv]

"Быстро сказка сказывается, да не быстро дело делается"... Не думаю, что этот метод станет реальным конкурентом диагностическим ПЦР в обозримом будущем (год-два). Хотя мне он очень нравится и кажется перспективным.

[ext_4360449]

У ПЦР для ковида проблемы точности не в самом методе, а в технике забора материала, из-за чего высок процент ложноотрицательных результатов. И у нового CRISPR метода эта проблема не решена. Но по предварительной оценке скорость может быть выше, а громоздкость (и, возможно, цена) ниже.

[prof_afv]

"проблемы точности не в самом методе, а в технике забора материала"
Вы правы, но отчасти. Некачественно взятый мазок, проблемы при хранении образцов с момента взятия до экстракции, потери при экстракции, всё это причины ложноотрицательных результатов, которые не зависят от метода определения вирусной РНК.
Но не менее, а может более важной причиной ложноотрицательных, является то, что вируса может не быть именно в том месте, откуда берётся мазок и в то время когда он берётся. Поэтому важно исследование разных образцов (особенно интересна в этом плане слюна - есть работы, что это лучше, чем обычные мазки) и исследование в динамике. Кстати, это тоже не зависит от метода определения вирусной РНК.
И Вы правы в том, что метод определения сам по себе не решает все вопросы. Оптимизироваться должна вся цепочка.

[siegfried55]

Очень интересно. И сложность изложения нисколько не отпугивает, наоборот, это только добавляет достоверности и расширяет кругозор, образовывает.
Не стал бы обращать внимание на опечатки, некоторые из которых больше похожи на грамматические ошибки, но одна требует исправления, т.к. меняет смысл: у Вас напечатано "комплИментарна", хотя по смыслу должно бы быть "комплЕментарна".

[prof_afv]

Спасибо! Исправил

[arhimed2019]

Скажите подалуйста, а почему для диагностики не применяется метод электронной микроскопии применяемый успешно для диагностики других вирусных заболеваний?

[prof_afv]

Электронную микроскопию в практической диагностике вирусных инфекция уже не применяют.

[arhimed2019]

В Германии электронная микроскопия в ветеренарии применяется успешно до сих пор

[prof_afv]

Электронная микроскопия имеет низкую чувствительность и не позволяет различить вирусы, относящиеся к одному семейству. К тому же это дорого и не приспособлено для массовых исследований. В практической медицинской диагностике никакого смысла не имеет. Не знаю, как это применяется в ветеринарной диагностике. Смысла я в этом не вижу. Тесты на антиген/антитела и/или ДНК/РНК вирусов намного лучше.