Comments | prof_afv: Молекулярная диагностика SARS-CoV-2 инфекции. Только ли ПЦР?

prof_afv

Молекулярная диагностика SARS-CoV-2 инфекции. Только ли ПЦР?

Mar 28, 2020 17:19

ПЦР (полимеразная цепная реакции; PCR - polymerase chain reaction) совершила революцию в молекулярно-биологических и биомедицинских исследованиях, а также в лабораторной диагностике. Последнее особенно касается обнаружения различных патогенных микроорганизмов и вирусов в клинических материалах и окружающей среде. Нобелевская премия, присуждённая в ( Read more... )

Диагностика, Медицина, Коронавирус

Comments 26

bigdrum March 28 2020, 21:31:53 UTC

---Надеюсь, что в России тоже разрабатываются ультра-быстрые тесты» на коронавирус и другие патогенные микроорганизмы. Интересно, основаны ли они на изотермической амплификации?

Любопытство губит кота... :)

costbor March 28 2020, 21:33:15 UTC

А скажите пожалуйста, есть ли разработанные серологические тесты?

prof_afv March 28 2020, 22:34:14 UTC

В Китае, да. Первая публикация, в которой описан такой тест, была в конце февраля.
Сейчас там этих тестов, наверняка, несколько.
Думаю в Европе тоже что-то есть. Такие тесты несложно сделать (при наличии качественного антигена), особенно, если есть платформа (картридж) на другой возбудитель. Надо просто поменять антиген (это может быть рекомбинантный белок или пептиды).

Но эти тесты имеют совершенно другую область применения, по сравнения с тестами на РНК.
В идеале, они должны тестировать, есть ли иммунитет или нет. Но, пока не известно, наличие каких именно антител является индикатором иммунитета (по крайней мере, в опубликованных научных работах, убедительных данных на этот счет пока нет).

Относительно России у меня информация только из СМИ. Большие начальницы говорят, что такие тесты разрабатываются. Одна даже назвала дату - будут готовы к 2 апреля.

ext_2520278 March 28 2020, 23:43:06 UTC

Сми пищут что тесты на антитела прям тоже уже почти готовы:
https://ria.ru/20200327/1569231230.html

prof_afv March 29 2020, 00:53:24 UTC

Это я слышал. Посмотрим. Пока общие слова.
Если я правильно читаю между строк, готовится тест для определения IgM и IgG антител (в интервью антитела острой фазы и памяти, соответственно). Вопрос в том, какой белок вируса (или пептиды, модулирующие эпитопы этого белка) использован в качестве антигена. Наиболее вероятно, что S. Может NP. Для IgM теста в качестве "золотого стандарта" можно использовать ПЦР. У китайцев в таком сравнении лучше всего сработало комбинация IgG+IgM анти-S (но хуже ПЦР). А вот как верифицировать антитела маркеры иммунитета (аналог анти-HBs при гепатите В)? Собственного материала чтобы разобраться с диагностической информативностью таких антител в РФ пока нет.
А в научных публикациях этой информации тоже почти нет.

Thread 6

ext_2520278 March 28 2020, 22:27:18 UTC

В новостях от 2 марта мелькало:
https://www.kommersant.ru/doc/4275282

prof_afv March 28 2020, 22:38:36 UTC

Спасибо! Я этого не знал. Интересно какая схема изотермической амплификации взята за основу.
В любом случае, желаю ребятам успеха.

ext_2520278 March 28 2020, 23:45:06 UTC

Вам спасибо за просветительскую работу, только поэтому глаз цепляется за нюансы новостей и что-то в памяти оседает/вспоминается .

ellestarrus March 29 2020, 09:11:05 UTC

По слухам, через месяц обещают этот тест.

Так-то Минздрав даже не семь месяцев, а по два года регистрирует, но сейчас всё, что нужно срочно, сильно ускорено.

Производство маскок и санитайзеров каким-то фирмам, которые давно на рынке, разрешили запускать вообще без регистрации. Фирме моей матери сказали, давайте быстро-быстро, и что производство "Зонд-тампона в пробирке" на уже имеющемся оборудовании зарегистрируют за сутки, ну правда за сутки, конечно, не зарегистрировали.

Thread 6

barmaleijin March 29 2020, 05:21:46 UTC

Интересно, а почему такая разобщённость? Каждая страна разрабатывает свои тесты. Точнее хорошо, что свои тесты разрабатывают, просто потому что подходы могут быть разные и большим числом многих лабораторий, рано или поздно, должен быть достигнут хороший результат. Но, вот в США очень быстрые (на мой, обывательский, взгляд - заявленное время просто фантастически короткое) тесты создали. А будет ли технология этих тестов выдана всему остальному миру?

prof_afv March 29 2020, 14:20:54 UTC

Создание "единого" самого хорошего теста это утопия, причем, ничего хорошего не сулящая. Тесты постоянно совершенствуются, появляются новые возможности. Делается это не на уровне страны, а на уровне фирм, специализирующихся на производстве диагностического оборудования и расходных материалов к нему. Дело государства, обеспечить адекватный контроль качества. Здесь есть проблема - государство в этой области может функционировать только посредством бюрократических процедур. А любая бюрократическая система, с некоторого момента, живет своей жизнью и своими интересами. В качестве иллюстрации почитайте о недавней истории с диагностикой коронавируса в США ( https://prof-afv.livejournal.com/1684.html ). Но после этого они резко исправили положение и сейчас в США множество тест-систем, причем для разных ситуаций (массовые исследования или одиночные амбулаторные ( ... )

barmaleijin March 29 2020, 14:57:18 UTC

Спасибо за очень подробный ответ. Ваш пост (на который ссылка), оказывается, читал в перепечатке другого блогера, но перечитал т.к. информация у вас оказалась не только про США.

prof_afv March 29 2020, 15:22:18 UTC

Не за что.

Я в блогосфере новичок. Вы упомянули перепечатку моего текста другим блогером. Когда подобная перепечатка производится (как я понимаю был перепечатан именно этот фрагмент) даётся ли ссылка на оригинал?

Я всегда даю ссылку на источник (если использую источник). Мне бы хотелось, чтобы так поступали и с моими блогами. Не посоветуете, что делать, чтобы минимизировать цитирование без ссылки?

Thread 8

koleso13 March 29 2020, 09:22:43 UTC

Скорее всего разрабатывается, дело нехитрое, и в Векторе, ив Оболенске есть люди, которые этим так или иначе занимались. Проблема не в тесте, а в руки.сис. Почему так распространился дорогой прибор Цефеида для быстрой детекции туберкулёза (GeneXpert)? Да потому что это полный автомат, мокроту загружаешь в картридж, а картиридж в прибор и всё, процесс пошёл. А на коленке, так как это делают в РФ, ошибок будет много.

prof_afv March 29 2020, 14:35:51 UTC

Вы правы. Сделать ПЦР, имея геномные данные вируса, дело не хитрое. Кроме Вектора и (Оболенск это Обнинск?) в России есть сотни мест, где это возможно. Но через "регуляторное горлышко" проще всего пройти Вектору ( ... )

koleso13 March 29 2020, 17:12:09 UTC

Оболенск это ГНЦ ПМБ (оболенск.орг) То же самое, что Вектор, но по микробиологии. Проблема иммунологических тестов состоит в том, что в России некому даже сделать стабилизированный трёхсубъединичный спайк в промышленных количествах. Проблема PCR-тестов даже не в оборудовании, а в том, что отсутствуют компании с современными биотехнологическими заводами, которые можно БЫСТРО переориентировать начто угодно. То есть, CRO (contract research organizations). Фармстандарт и Биокад не предлагать. В результате читаю неофициальный пресс-релиз Еврогена, мол вот, теперь нам нужно произвести дофига ревертазы и термостабильной полимеразы. Евроген вроде бы и CRO, да не совсем: это они гены и олиги синтезировать умеют (дурное дело нехитрое), а вот с белками не всё так весело. Почему? Нет, руки достаточно прямые, нет опыта, нет постоянных заказов. (Из совсем древнего, но удержатиься не могу) За что же тогда у нас Лев Львович получил Госпремию? "Проект "Ревертаза", бла, бла, бла, бла, всё умерло, не родившись никогда, утонуло вместе с Омутнинском ( ... )

prof_afv March 29 2020, 18:53:51 UTC

По российской конкретике Вы в теме значительно лучше меня. Я уже активно не работаю, но внимательно и широко слежу за литературой. В ведущих научных журналах публикаций из России очень мало. Сведения о том, что происходит в российской науке, я черпаю, главным образом, из СМИ. Как Вы понимаете это не самый информативный источник.
То, о чём Вы пишите, для меня не новость. Я понимаю Ваше разочарование и скепсис.
По этому поводу ничего лучше восточной мудрости (не знаю почему у нас высшая мудрость называется восточной) не придумано:
1. Имейте силы бороться с тем, что можно изменить
2. Смиритесь с тем, что нельзя изменить
и, главное
3. Имейте мудрость, чтобы отличить 1) от 2)

У меня сложилось впечатление, что у Вас интерес к ингибиторам протеаз. Недавно была статья, в которой, кроме всего прочего, описан перспективный класс таких ингибиторов. На всякий случай даю ссылку ( L. Zhang et al., Science 10.1126/science.abb3405 (2020). )

Не отчаивайтесь! Прогресс есть. Он значительно более медленный, чем хотелось бы. Но он есть.

Thread 5