Мутации SARS-CoV-2 повышают «заразность» вируса? Страхи пока не обоснованы

[prof_afv]

Существенных новостей по волнующей всех теме вакцин нет, но уверен, скоро появятся. Решил «заполнить паузу» постом об изменчивости SARS-CoV-2. Слова «мутация», «мутант», не без помощи СМИ, действуют на широкую публику устрашающе. И «сенсации» в этой области появляются регулярно... Предупреждаю, этот пост сложный для понимания, не считая самого

Comments

[soshenkov]

Вопрос как ответвление темы поста, мучающий меня с самого начала:

насколько обосновано включение коронавируса-19 SARS-CoV-2 во вторую группу патогенности к таким милым болезням как бешенство (rabis), сибирская язва, конго-крымская геморрагическая лихорадка, СПИД, etc? Даже туберкулёз и грипп (по старой памяти Испанки) - всего лишь третья.

Вопрос, конечно, скорее к эпидемиологу, врачу-инфекционисту, политику, чем к генетику.

[svetasta]

вот вот
интересно узнать,а кто первый человек в воз и в других странах,которые вдруг решили это сделать .а кто им это приказал. его фио. и так далее. и чем он руководствовался...

[mentalaggressor]

Я не врач-инфекционист и не эпидемиолог. Но ответ-то из здравого смысла получается.
Насколько понимаю, имеется в виду российская классификация.

1. > во вторую группу патогенности к таким милым болезням как бешенство (rabis), сибирская язва, конго-крымская геморрагическая лихорадка, СПИД, etc
бешенство, сибирка, и ККГЛ не передаются от человека к человеку. Почему ВИЧ во второй группе, а не в первой - не знаю.

2. Во второй группе уже давно находится ближайший родственник: вирус SARS, атипичная пневмония, убившая на несколько порядков меньше людей, чем SARS-Cov2. И никаких вопросов это не вызывало и не вызывает.

3. А куда его включать? В третью группу к вирусу гриппа, у которого летальность на порядок (или на порядки) меньше и вакцина имеется, и к вирусам герпеса?

[soshenkov]

1. Все лентивирусные инфекции во второй. В первой из местных только лёгочная чума и оспа.

3. В третью или четвёртую. Летальность гриппа (некоторых штаммов и видов - до 4%) намного превосходит установившуюся летальность КВ-19 около 1.9% плюс-минус. Не надо смешивать смертность от гриппа (0,01-0,05%)/год с летальностью КВ. У смертности и летальности даже разные размерности и разные методы подсчёта.

В третьей группе сидит и туберкулёз. Вполне достойный сосед.

Напомню, что если сейчас вдруг случится нечто вроде Испанки и от этого гриппа умрёт в 100 раз больше людей, чем от КВ, то это всё равно лишь будет третья группа патогенности.

[soshenkov]

И вопрос ближе к теме:

у всех мутантных вариаций длина генома одинакова? Или может быть изменение длины генома?

Наверное может. Но этого не обнаружено?

[prof_afv]

Нет не у всех. Есть варианты с делециями (выпадения нуклеотидов) и инсерциями (вставки нуклеотидов) различной длины.

[lazy_glutton]

Насколько я помню, когда один из первых пациентов в Бурятии умер от коронавируса еще в апреле, проводили какие-то исследования, которые показали, что в его организме обнаружено сразу 2 варианта вируса: китайский и европейский. Ссылку попробую поискать

[prof_afv]

Поясните, пожалуйста, что Вы зотите этим сказать, в контексте поста.

[lazy_glutton]

Я пытаюсь понять, будет ли вакцина работать одинаково на разные штаммы или нет

[prof_afv]

Пока нет оснований предполагать, что вакцины которые "на выходе" будут по-разному работать относительно различных генетических вариантов SARS-CoV-2. Пока единственный настораживающий факт (если это действительно факт) - вариант "cluster 5", возникший у норок в Дании. Но, во-первых, что стоит за утверждением в СМИ о его "пониженной чувствительности к нейтрализующим антителам" неясно; во-вторых, судя по тому, что заражений людей после сентября не было, этот вариант слабозаразен и среди людей не распространяется.

[miguel_kud]

1. Почему народ всё время успокаивают присказкой о медленной эволюции вируса, умалчивая, что скорость эволюции напрямую зависит от количества заражённых им организмов, а значит, попустительство его распространению (в том числе успокоительными присказками о "пока ещё" медленной эволюции) - прямая дорога к тому, чтобы намного более смертоносная разновидность коронавируса появилась?

2. Как так вышло, что публичная экспертиза и власти поставили задачу превращения коронавируса в постоянно присутствующий в человеческой популяции, а не его искоренение? Ведь это же прямая дорога к убийству ещё большего количества людей!

[mentalaggressor]

1а. Пост уважаемого автора блога посвящен вообще-то научной статье. Которая в свою очередь предназначена не для народа и его "успокоения

[malevic14]

2) Наверное, толсто намекается, что искоренение возможно, способ-то существует
Карантин в одиночках, как в Китае, с завариванием дверей, остановкой всего сущего и не знаю, расстрелом из дронов за выход из дома

Только неизвестно, насколько такой вариант вообще реален (сдаётся, что не очень-то), и какие будут последствия такого же варианта на практике, а не больше ли в принципе жертв выйдет (чёрт с ним, с фондовыми рынками, техникой и промтоварами, еду-то кто производить будет?)

[ditour]

Интересный анализ, но на первый взгляд (я не специалист в этой области) систематика такая, что отрицательный результат почти не несёт информации. Самая очевидная проблема - они пытались обнаружить повышенную заразность только у отдельных гомоплазий, и только у тех, что удовлетворяют нескольким произвольно выбранным ради удобства анализа дополнительным критериям. То есть пытаясь отстроиться от одного набора источников ошибок (региональность и т.п.), они ввели другой, и при этом радикально снизили чувствительность метода.

P.S. 12706, видимо, нужно вычитать из 29903 (с точностью до масок), а не из 46723.

[prof_afv]

Конечно, 29903-12706. Не знаю, как я мог вычесть из 46723... Спасибо, что заметили. Исправил.

[prof_afv]

Среди гомоплазий, трансмиссивность которых была оценена в этой работе, была «знаменитая» D614G. Это главный кандидат на повышенную трансмиссивность. В рамках подхода для оценки трансмиссивности, использоованного в этой работе, повышения трансмиссивности у D614G обнаружено не было.

[ditour]

Для D614G, насколько я понял, у них статистически мало-значимый результат из-за того, что мало независимых появлений в дереве, а они только их включают в анализ. Связанный вопрос - а считается, что повышенная трансмиссивность не может проявляться лишь в случае одновременного присутствия нескольких мутаций?