История Англии - это история войн за земли, войн за власть, войн за религию и войн за права. А Плимут - один из важнейших портовых городов столь неспокойного королевства. Осознав в ходе конфликта с Республикой Соединённых провинций значение Плимута как торгового порта и военно-морской базы на Ла-Манше, Чарльз II повелел вдобавок к фортам и батареям возвести крепость. В марте 1665-го года началось сооружение Королевской цитадели на месте старого форта, на холме напротив укреплений Маунт Баттона. Крепость строилась по проекту королевского инженера сэра Бернарда де Гомма и капитана Филиппа Ланйона. Она должна была иметь 5 бастионов, однако желание использовать части старого форта привело к изменению проекта: крепость вышла неправильной формы.
В начале Гражданской войны город встал на сторону Парламента, был осаждаем роялистами 4 года, отбил несколько приступов, но выстоял. Парламент победил, однако возраждённая монархия не забыла гражданской позиции горожан, и крепость строилась чтобы в равной мере защищать королевский гарнизон и от неприятеля, и от собственных граждан. Пушки на её бастионах смотрели во все стороны. Плимут, будучи морским городом, вообще содержал в пределах стен себе массу народа неопределённых профессий, находившихся в конфликте с законом.
Королевская цитадель Плимута была самой мощной крепостью Англии столетие после постройки. В середине XVIII века её вооружение насчитывало 113 орудий. Гражданская война ничему не научила Стюартов. Поэтому, когда осенью 1688-го года на английский берег высадился Вильгельм Оранский, Королевская цитадель стала первой крепостью в государстве, поддержавшей претендента на трон.