Резня коммунистов стала водоразделом в новейшей истории Индонезии.
Одновременно с уничтожением коммунистов армия устанавливала свою власть. В марте 1966 года под давлением окруживших президентский дворец парашютистов президент Сукарно передаёт свои полномочия генералу Сухарто, который окончательно становится новым президентом в марте 1968 года.
В следующие несколько лет формируется система, названная "Новым порядком" (Орде Бару).
Это была классическая азиатская "диктатура развития" с жёсткой вертикалью власти во главе с несменяемым президентом Сухарто. Периодически избирался послушный парламент, в котором подавляющее большинство мест неизменно получал прорежимный Голкар (формально не политическая партия, а объединение профессиональных групп), а остальные делили две официальные оппозиционные партии - исламская Партия единства и развития и либеральная Демократическая партия.
Хребтом системы являлись вооружённые силы, офицеры занимали посты в центральной и местной администрации, руководили промышленными предприятиями и сельскохозяйственными плантациями (в индонезийский язык даже вошло слово "генерал-директор").
Идеологией режима был светский индонезийский национализм в форме переосмысленных пяти принципов (панчасила) Сукарно, были предприняты широкомасштабные практические меры по секуляризации общества.
Отношение власти к исламу хорошо характеризует один случай, имевший место быть в 1971 году в городке Пурвокерто в центре Явы, где местный мусульманский авторитет имел неосторожность опоздать на встречу с местным армейским командиром. Лейтенант наказал имама по-армейски - заставил наматывать круги бегом по стадиону.
Экономическую политику "Нового порядка" формировала группа получивших образование в США экономистов во главе с профессором Виджойо Нитисастро, прозванных индонезийцами "мафией Беркли". Первым делом они стабилизировали финансовое положение и мерами жёсткой экономии обуздали инфляцию. А также урегулировали отношения с бывшими владельцами национализированной собственности, что обеспечило приток иностранного капитала, прежде всего австралийского и японского.
Экономика перешла на рыночные рельсы, как локомотивы экономического роста формировались конгломераты компаний. С помощью иностранных инвесторов и специалистов создавались новые отрасли - металлургия, нефтехимия, машиностроение, электротехника, фармацевтика, изначально ориентированные на экспорт. Была даже предпринята попытка создания собственного авиастроения. Активно развивалась инфраструктура.
В сельском хозяйстве активно внедрялись современные агротехнические методы, позволившие в конце 80-х даже достичь (правда, на короткое время) самообеспеченности страны рисом.
Темпы экономического роста составляли в среднем 6,5 % в год, существенно вырос уровень жизни населения, но Индонезии всё же не удался качественный рывок в экономике, подобный совершённому Малайзией или Таиландом, экономика сохраняла преимущественно аграрный характер.
Ещё одним направлением внутренней политики "Нового порядка" было переселение жителей перенаселённых Явы, Бали и Мадуры на восток страны.
Во внешней политике Сухарто первым делом свернул конфронтацию с Малайзией, установил нормальные отношения с соседями, восстановил членство страны в ООН и других международных организациях, стал одним из организаторов АСЕАН. На почве антикоммунизма резко ухудшились отношения с СССР и соцлагерем, зато улучшились с США и Западом в целом.
Правда при этом Индонезия всегда ставила на первое место собственные интересы. Так во время Вьетнамской войны антикоммунистическая Индонезия была союзником Ханоя и приветствовала взятие Сайгона.
В 1975 году, после крушения Португальской колониальной империи, Индонезия захватила Восточный Тимор.
Главными противниками режима на внутренней арене являлись исламисты, в 70-80-е годы совершено ряд терактов, самым громким из которых стал угон индонезийского авиалайнера в 1982 году.
Сепаратисты наиболее активно действовали в Аче, Восточном Тиморе и Западном Ириане.
К середине 90-х годов консолидируется демократическая оппозиция режиму во главе с дочерью первого президента Мегавати Сукарнопутри, её ударным отрядом становится индонезийское студенчество.
В 90-е годы режим Сухарто постепенно сползает в кризис. Нарастающие коррупция, кумовство, непотизм тормозят экономическое развитие, к середине 90-х Индонезия уже считалась самой коррумпированной страной в Юго-Восточной Азии. С окончанием Холодной войны Запад перестал закрывать глаза на нарушения прав человека и оккупацию Восточного Тимора.
В мае 1997 года разразился азиатский финансовый кризис, Индонезии пришлось обращаться за помощью к МВФ, у которой есть один рецепт на все случаи жизни. Отмена под диктовку МВФ субсидий на горючее спровоцировала социальный взрыв.
Страну захлестнули широкомасштабные антиправительственные демонстрации, достигшие пика 13-14 мая 1998 года. Они сопровождаются массовыми беспорядками, антикитайскими погромами, гибелью тысяч людей.
Армия во главе с генералами Виранто и Прабово отказалась встать на защиту режима и 21 мая 1998 года президент Сухарто передал власть вице-президенту Хабиби.
"Новый порядок" закончился.