Интерьер церкви от первоначального замысла сохранил только план, все внутреннее маньеристично-барочное убранство целиком создано в XVI-XVII веках. Широко расставленные столбы создают ощущение единого пространства.
Пресвитерий отделён от главного нефа резной деревянной алтарной преградой. Над ней расположено распятие XIV века.
Деревянные интарсии на библейские темы в алтарной части созданы рядом мастеров, в числе которых Лоренцо Лотто. Особенностью этих интарсий является их широкая полихромность, достигнутая использованием большого числа сортов дерева и его особой обработке.