Leptotrombidium of the World
http://www.mapress.com/zootaxa/list/2013/3728(1).html
Это литературный обзор, дополненный описаниями 6 новых видов и применением кое-какой математики:
Когда Бочков впервые увидел эту картинку, он закричал, обращаясь к доктору Миронову: "Сергей Валентинович! Сергей Валентинович! Смотрите: Стекольников Христа продал!" - имея в виду, что я наконец-таки построил кладограмму :) На самом деле, это кластерный анализ, т.е. нечто по своей идее глубоко враждебное кладизму. Цифры возле кластеров показывают бутстреп-поддержку (в %), статистически достоверные кластеры затенены.
Недостаток стандартного бутстрепа заключается в том, что при большом числе мало отличающихся объектов (в данном случае их было около 350) многократное повторение анализа (в данном случае - 1000 раз) все время дает пусть немного, но иной состав кластеров. В результате частота любого данного кластера (и показатели его поддержки) стремится к нулю. В 2002 г. Shimodaira разработал способ борьбы с этим недостатком (Shimodaira H. 2002. An approximately unbiased test of phylogenetic tree selection. Systematic Biology, 51, 492-508). Как известно, при стандартном бутстрепе объем случайно генерируемой выборки один и тот же в каждой повторности. Автор предложил варьировать объем и, сравнивая результаты, оценить воздействие объема на показатели достоверности. После чего вносится соответствующая поправка и вычисляются "approximately unbiased" p-значения. На самом деле, не спасает даже это: в процессе моей работы было четко видно, что и у вполне хороших кластеров могут получаться значения поддержки, ниже порогового. Тем не менее, кое-какую оценку провести удалось. Метод реализован в специальном пакете pvclust, работающем в R.
На всякий случай отмечу, что признаки были морфометрические, в количестве 19.
Это литературный обзор, дополненный описаниями 6 новых видов и применением кое-какой математики:
Когда Бочков впервые увидел эту картинку, он закричал, обращаясь к доктору Миронову: "Сергей Валентинович! Сергей Валентинович! Смотрите: Стекольников Христа продал!" - имея в виду, что я наконец-таки построил кладограмму :) На самом деле, это кластерный анализ, т.е. нечто по своей идее глубоко враждебное кладизму. Цифры возле кластеров показывают бутстреп-поддержку (в %), статистически достоверные кластеры затенены.
Недостаток стандартного бутстрепа заключается в том, что при большом числе мало отличающихся объектов (в данном случае их было около 350) многократное повторение анализа (в данном случае - 1000 раз) все время дает пусть немного, но иной состав кластеров. В результате частота любого данного кластера (и показатели его поддержки) стремится к нулю. В 2002 г. Shimodaira разработал способ борьбы с этим недостатком (Shimodaira H. 2002. An approximately unbiased test of phylogenetic tree selection. Systematic Biology, 51, 492-508). Как известно, при стандартном бутстрепе объем случайно генерируемой выборки один и тот же в каждой повторности. Автор предложил варьировать объем и, сравнивая результаты, оценить воздействие объема на показатели достоверности. После чего вносится соответствующая поправка и вычисляются "approximately unbiased" p-значения. На самом деле, не спасает даже это: в процессе моей работы было четко видно, что и у вполне хороших кластеров могут получаться значения поддержки, ниже порогового. Тем не менее, кое-какую оценку провести удалось. Метод реализован в специальном пакете pvclust, работающем в R.
На всякий случай отмечу, что признаки были морфометрические, в количестве 19.