Одно из консульств РФ
разъяснило ситуацию следующим образом. Либо вы снимаетесь с регистрационного учёта в РФ, либо (цитирую):
Если вы въезжаете в Россию после 04.10.2014 г. возьмите с собой справку из Генконсульства России о том, что вы не были на территории России. В этом случае вы оплачиваете только административный штраф 500-1000 рублей за нарушение сроков подачи уведомления.
Видимо, так многим из нас и придётся поступать.