Священномученик Евгений Алексеевич Попов родился 10 января 1879 в селе Хлевное Воронежской губернии (ныне Задонский район Липецкой области). Отец будущего священномученика был псаломщиком (после революции священником, скончался в 1920 году), мать - домохозяйкой, братья Евгения Попова Леонид и Иван - в годы революции стали священниками. Получив начальное образование в церконо-приходской школе, будущий исповедник Христовой веры поступил в Задонское Духовное Училище, которое успешно окончил в 1899 году. Некоторое время Евгений Алексеевич был псаломщиком в одном из храмов епархии. Затем он вступил в брак с девицей Евдокией, вскоре в их семье родился сын Михаил.
В годы революционных лихолетий священноначалие Воронежской епархии, как и вся Русская Церковь в целом, крайне нуждалось в искренних, трудолюбивых, готовых до последнего вздоха свидетельствовать о истинах Евангелия Христова, священнослужителях. Именно в этот сложный для нашего Отечества, и в особенности для православного духовенства, период, несмотря на очевидные трудности и тяготы предстоящего пути, Евгений Алексеевич Попов осознано вступает на поприще священнического служения. Основным местом его пастырских трудов стал приход Преображенского храма небольшой слободы на юге Воронежской губернии - Ольховатка.
В 1922 году архиепископ Воронежский и Задонский Тихон (Василевский) поддержал деятельность обновленческого Высшего Церковного Управления. Его примеру последовало большинство духовенства епархии, что напрямую было связано с заключением под стражу Патриарха Всероссийского Тихона (Белавина) с которым фактически прекратилась всякая связь. В отсутствие связи с каноническим центром в лице Святейшего Патриарха, находясь под постоянным давлением со стороны советских властей, епархиальные архиереи и духовенство, желая сохранить единство и возможность легального функционирования, в основной своей части признало самочинный и по сути неканоничный орган - обновленческое Высшее Церковное Управление. Не исключением было духовенство, служившее в Ольховатке и близлежащих селах.
Менее чем через год из-под стражи был освобожден святитель Тихон (Белавин) Патриарх Всероссийский, который сразу же недвусмысленно обличил всю неправду обновленческого движения и призвал к покаянию и возвращению под его Первосвятительский омофор всех поддержавших неканоничное Высшее Церковное Управление. После этого заявления Патриарха, начался массовый процесс возвращения епископата и прочего духовенства под управление Святейшего Патриарха Тихона и верных ему иерархов.
Священник Евгений Попов, в числе немногих, практически сразу вернулся под начало Патриаршего управления, под омофор святителя Владимира (Шимковича) архиепископа Воронежского и Задонского. Сохраняя верность каноническому священноначалию, иерей Евгений Попов стойко противостоял обновленческому духовенству, призывая их к покаянию, прихожан же, в свою очередь, убеждал сохранять верность Святейшему Патриарху Тихону, как зримому символу церковного единства и стойкости перед лицом многочисленных испытаний. В конце 20-х годов, самого исповедник Христовой веры священника Евгения Попова постигло серьезное испытание - будущий священномученник овдовел.
В 1930 году, на волне новых гонений со стороны советской власти по отношению к Церкви в период сплошной коллективизации, священник Евгений Попов был арестован по обвинению «в антисоветской агитации и хранении серебряной монеты». По приговору Тройки ОГПУ по Центрально-Черноземной области священник Ев гений Алексеевич Попов был сослан на 3 года в Уральскую область. Не в последнюю очередь причиной преследований отца Евгения стала его непреклонная позиция в отношении к обновленчеству и верность каноничному священноначалию.
В 1932 году, вернувшись из ссылки, иерей Евгений Попов непродолжительное время проживал в городе Краснодар, затем переехал в село Поповка Россошанского района Центрально-Черноземной области, где жил не более двух месяцев. В октябре - ноябре 1933 года священник Евгений Попов проживал в селе Гороховка Калитвянского района, где призывал верующих не допустить засыпку зерна в здание так называемого «косогорского» Преображенского храма. В конце 1933 года будущий священномученик переехал в село Ольховатка (ныне районный центр), время от времени совершая богослужения в храме села Гороховка.
В Ольховатке священник Евгений Попов, не имея своего жилья, некоторое время жил в доме председателя церковного совета Анастасии Кошман, затем переехал на квартиру Дарьи Сергеевны Бурлуцкой, где жил до самого ареста. К моменту приезда в Ольховатку священника Евгения Попова Преображенский храм по настоянию местных властей «с согласия и разрешения верующих села» был «временно занят под хлеб», поэтому иерей Евгений совершал богослужения в основном в домах верующих, которые поддерживали своего пастыря материальными средствами и продуктами.
Священнику с судимостью довольно сложно было получит регистрацию, без которой власти запрещали совершать богослужения священнослужителям в храме. Несмотря на это отец Евгений побуждал верующих ходатайствовать перед местными властями об освобождении храма от зерна и возобновлении в нем регулярных богослужений. Летом 1934 года верующие села Ольховатка просили власти освободить церковное здание от зерна и разрешить регулярные богослужения в Преображенском храме, на что разрешения получено не было.
12 ноября 1935 года в преддверии «сплошной массовой ликвидации религиозных объединений всех ориентаций» священник Евгений Алексеевич Попов был арестован по обвинению в «антисоветской агитации», и уже 14 мая 1936 года сессией Специальной судебной коллегии Воронежского областного суда в городе Россошь приговорен к 5 годам исправительно-трудовых лагерей. Виновным себя священномученник не признал. Сначала иерей Евгений Попов находился в тюрьме города Россошь, затем перевезен в Мичуринск. 30 октября 1936 года отец Евгений доставлен этапом на Нерехтский (9-й) участок Волжского исправительно-трудового лагеря, что в Ярославской области. В лагере он непродолжительное время работал сторожем на электростанции.
В августе 1937 года на волне «большого террора» на священника Евгения Попова было заведено новое уголовное дело на основании доноса о том, что он «систематически проводит среди заключенных антисоветскую агитацию…; распространяет клеветнические слухи о режиме и порядках на строительстве; является отказчиком от работ и призывает заключенных к организованным отказам». К тому же священномученник Евгений проходил, как обвиняемый, по групповому делу «священника Глеба Апухтина, Петра Григорьева и др.» обвиняемых в создании подпольной группы антисоветской направленности. Виновным себя иерей Евгений Попов не признал.
22 сентября 1937 года священник Евгений Алексеевич Попов приговорен, Особой тройкой при УНКВД по Ярославской области, к расстрелу. В приговоре значилась следующая формулировка: «вел контрреволюционную агитацию, злостный отказчик от работы, выражал соболезнование по поводу расстрела врагов народа, работая сторожем в лагере, способствовал расхищению материалов». Приговор был приведен в исполнение 23 сентября 1937 года. Похоронен священномученник Евгений Попов в братской могиле на Нерехтском (9-ом) участке Волжского исправительно-трудового лагеря.
11 июля 1989 года иерей Евгений Алексеевич Попов по представлению прокуратуры был реабилитирован Ярославским областным судом по уголовному делу от 1937 года. 23 июня 1992 года прокуратурой Воронежской области священник Евгений Алексеевич Попов был реабилитирован по уголовному делу от 1935 года.
Священник Евгений Попов был прославлен в лике Новомученников и Исповедников Российских Юбилейным Архиерейским Собором Русской Православной Церкви 20 августа 2000 года.
Память священномученика Евгения Попова пресвитера Ольховатского совершается в день его блаженной кончины 10 (23) сентября, а так же во дни соборных памятей: Новомученников и Исповедников Российских - в ближайшее воскресение к 25 января (7 февраля); Ростово-Ярославских святых - 23 мая (6 июня) и Воронежских святых - 4 (17) сентября.