Тесты на антитела в Санта-Кларе

[shvarz]

Я стараюсь просматривать все комментарии к постам, очень много интересных вопросов и добавлений и дискуссий, но я честно говоря не успеваю следить за всеми. Если я не отвечаю на ваш вопрос, то возможно я просто его не заметил или потерял ветку, не стесняйтесь переспрашивать.

Вот давеча кто-то дал ссылку на очередной интересный препринт:
COVID-19

Comments

[mopexod]

Немцы тоже тестировали на антитела и получили похожую статитстику:
https://www.thenational.ae/world/germany-s-wuhan-has-15-per-cent-infection-rate-and-low-death-toll-1.1004050

[_sudar]

У немцев слишком маленькая выборка. 500 человек вообще ни о чем.

У американцев получше - 3330, но там они сами же пишут, что чувствительность теста высокая, но не очень. A combination of both data sources provides us with a combined sensitivity of 80.3%.

То есть по факту 666 человек из этой выборки (апокалиптичненько!) не получат никакого результата, ни положительного, ни отрицательного). Вернее, результат будет ложным.

[mopexod]

Точного результата из 500, конечно, не получить. Но оценка того, что подавляющее большинство переболевших прошли мимо диагнозов - мне кажется вполне надёжной.

[_sudar]

А в какой момент 15% - стало подавляющим большинством? "showed that 15 per cent of the population was believed to have been infected."

Не говоря уж о 2.5-5%? "the population prevalence of COVID-19 in Santa Clara ranged from 2.49% (95CI 1.80-3.17%) to 4.16% (2.58-5.70%)". В абсолютных цифрах: "a range between 48,000 and 81,000 people infected in Santa Clara County" - при населении в 1.928 миллиона человек.

АПД. Перечитал про "мимо диагнозов", стирать не буду, ошибся. Но тут такое дело - 100% тестирования ни в одной стране не было и быть не могло, так что и без исследований можно утверждать, что большинство прошло мимо. Я к тому, что вирулентность оказалась выше, а летальность - ниже. Но не так чтоб прям очень сильно.

АПД2. Тут еще имеет место распространенная ошибка в оценке статистики - ошибка малых чисел. Когда у вас был 1 заболевший, а потом тест показал, что их было на самом деле 10, то можно сказать, что это 0.0005% от населения региона. А можно сказать, что заболеваемость оказалась на 1000% выше, чем предполагалось.

Чистые

[yaceya]

Это да, если это не выброс, то ситуация куда более оптимистичная что по смертности что по тому как быстро это закончится.
Но именно что "в 50-85 раз" - очень смелое утверждение на довольно нетвердом наблюдении. Более качественная случайная выборка (с более точным specificity, а не "98.3-99.9") была бы очень полезна.

[vasja_iz_aa]

Иоаннидис, он именно что тот самый(в плохом смысле этого слова)
именно Иоаннидис в этот раз запустил утку, будто бы на Брилиантовой Принцессе протестировали всех

[katyat]

А это не так?

[vasja_iz_aa]

нет. и близко не так

[katyat]

Но, по крайней мере, 11 (кажется) умерших - это верно?

Откуда оценка ложно-положительных?

[katyat]

Казалось бы, единственный способ оценить ложно-положительные - взять 100% негативную (но при этом имевшую контакт с другими ОРВИ) группу. Сделал ли это кто-нибудь?
Если нет, какие есть еще способы оценки?

RE: Откуда оценка ложно-положительных?

[yaceya]

В этой статье:
The first scenario uses the manufacturer’s validation data (S1).
The second scenario uses sensitivity and specificity from a sample of 37 known positive (RT-PCR-positive and IgG or IgM positive on a locally-developed ELISA) and 30 known pre-COVID negatives tested on the kit at Stanford (S2).
The third scenario combines the two collections of samples (manufacturer and local sample) as a single pooled sample (S3).

RE: Откуда оценка ложно-положительных?

[katyat]

>30 known pre-COVID negatives
Ой. Когда речь идет о процентах, контрольная группа < 100 человек.
Не говоря уже о том, что негативность этой группы надо еще доказать.

И так все.

RE: Откуда оценка ложно-положительных?

[yaceya]

Ну, в сценарии S3, на который они полагаются особо - они объединили первые два, и там у них 401 негативных образца. Из которых 2 дали позитивный тест (откуда 99.5% specificity).
С точки зрения основного результата, если среди группы предположительно негативных кто-то реально был болен - это меньшая проблема. Если реально из тех 401 есть реально больные, то те двое позитивных возможно были не ошибкой измерения, а реально больные - это только повысит specificity. В таком случае их оценка пропорции переболевших будет даже выше. Т.е. их нынешняя оценка про то что число реально болевших было "в 50-85" раз выше зарегистрированого - консервативна, а на самом деле ещё выше.

[motek]

Было какое-то время назад исследование показавшее что смертность, включая бессимптомные случаи - 0.66%. Исходя из этого и того что в среднем от диагноза до смерти проходит 17 дней, я пыталась пару недель назад подсчитать сколько реальных больных было в Сан Диего и в США. В Сан Диего у меня получилось что в 22 раза больше официальных цифр а в США - кажется раз в 50... Но конечно и 0.66% может быть завышенной цифрой.

А как это исследование согласуется с количеством смертей в Санта Кларе? В любом случае от 3% до коллективного иммунитета ещё пахать и пахать, тем более при общем локдауне.

[e2pii1]

https://edition.cnn.com/2020/03/30/health/coronavirus-lower-death-rate/index.html

according to a study released Monday [i.e. 2020/03/30, or 2020/03/23?]
The research, published in the medical journal The Lancet Infectious Diseases, estimated that about 0.66% of those infected with the virus will die.

[motek]

Да, я это исследование имела ввиду.

Сейчас слышала в новостях что протестировали на антитела ок 800 человек в Лос Анжелесе и исходя из результатов реальное число в 28-55 раз больше чем диагностировано. Что соответствует моему подсчёту.