Две статьи
Хотел совсем про другую статью написать (еще напишу), но народ спрашивает про эти, поэтому их вперед. И да, спрашивайте дальше, это не проблема. Будем писать о чем народу интересней.
On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2
Эта статья вроде как говорит о том, что появился новый вариант вируса (тип L), который якобы более злобный или лучше распространяется. Я не специалист по тем методам, которые они там используют, но из того что я понял, мне кажется что подобный вывод делать очень преждевременно.
Все вирусы мутируют постоянно. Это случайный процесс - полимераза синтезирует геном и делает ошибку в случайном месте, это и есть мутация. Подавляющее большинство этих мутаций либо вредны для вируса (тогда они исчезают, потому что вирус не распространяется дальше), либо никак на него не влияют (тогда они в силу случайных факторов постепенно накапливаются в геноме). Новые варианты распространяются наравне со старыми и кто из них лучше распространится - зачастую дело случая. Одним вирусом заболевший человек может накашлял на десятерых, но они все оказались ответственными людьми и сели на карантин и этот вариант вымер. А другим вирусом человек накашлял на троих, но они разлетелесь в разные страны и посетили интернациональные конференции. Мутации с положительным эффектом для вируса - очень редки, но вполне возможны и ведут к распространению нового варианта и вытеснения старого.
Авторы показывают, что распространившийся коронавирус генетически разделяется на две основные родственные группы. Одна (тип S) появилась раньше, от нее произошел тип L, который доминировал в ранней эпидемии в Ухане, но потом пошла там на спад, но при этом распространилась шире по миру. (Upd: предыдущее предложение отредактировано, чтобы поправить ошибку). Собственно это и есть их основной аргумент о том, что тип L лучше распространяется и "более агрессивен". Что они подразумевают под агрессивен я не понял, потому что они сами пишут в обсуждении, что из их данных не следует что он более вирулентен.
Мне кажется эти результаты вполне годятся для того, чтобы предположить как гипотезу что тип L приобрел какие-то полезные для себя свойства, но они недостаточны чтобы опровергнуть "нулевую гипотезу", что этому типу просто повезло распространиться. Надо проверять дальше, например посмотрев в клеточных культурах меняют ли характеристичные для него мутации какие-нибудь важные свойства вируса. Или сделав более серьезный эпидемиологический анализ распространения этих двух типов или протекания инфекции с ними.
Upd: В комментах дали ссылку на переписку авторов с критикующими их экспертами. У тех такие же претензии как у меня - распространение этого нового варианта вполне может быть делом случая и в данной статье не доказано, что тип L лучше распространяется. Более того, они там ставят под сомнения то, что вообще два этих штамма существуют, авторы оспаривают эти выводы. Дело темное, у меня не хватает квалификации судить кто там прав. Но авторы соглашаются с критиками в том, что термин "агрессивный вирус" ничего не говорит о патогенности вируса и просто означает в их статье "шире распространившийся".
A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence
Эту статью совершенно безответственно распиарил Леонид Каганов, утверждая что новый вирус был создан искуственно в лаборатории и потом либо случайно либо намеренно был выпущен к людям.
Я не буду углубляться в то, что именно и для чего делали в этой статье. Важно лишь то, что авторы взяли геном вируса SARS либо человеческого варианта, либо адаптированного к мышам и заменили в нем белок S на белок из одного из коронавирусов летучих мышей. Этот-то вирус вроде как и вырвался на свободу. Леонид пишет, что последовательность этого вируса неизвестна и деталей создания действительно в статье нет и в базах данных я их не нашел. Но исходные-то вирусы вполне известны: SARS-CoV-Urbani, MA15, SHC014 Если бы новый вирус был создан из них, то анализ его генома сразу бы показал высокое родство с этими вирусами, а это не так.
Upd: Вот тут авва очень хорошо объясняет, что собственно было показано в этой статье: https://avva.livejournal.com/3270121.html?thread=147457257
On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2
Эта статья вроде как говорит о том, что появился новый вариант вируса (тип L), который якобы более злобный или лучше распространяется. Я не специалист по тем методам, которые они там используют, но из того что я понял, мне кажется что подобный вывод делать очень преждевременно.
Все вирусы мутируют постоянно. Это случайный процесс - полимераза синтезирует геном и делает ошибку в случайном месте, это и есть мутация. Подавляющее большинство этих мутаций либо вредны для вируса (тогда они исчезают, потому что вирус не распространяется дальше), либо никак на него не влияют (тогда они в силу случайных факторов постепенно накапливаются в геноме). Новые варианты распространяются наравне со старыми и кто из них лучше распространится - зачастую дело случая. Одним вирусом заболевший человек может накашлял на десятерых, но они все оказались ответственными людьми и сели на карантин и этот вариант вымер. А другим вирусом человек накашлял на троих, но они разлетелесь в разные страны и посетили интернациональные конференции. Мутации с положительным эффектом для вируса - очень редки, но вполне возможны и ведут к распространению нового варианта и вытеснения старого.
Авторы показывают, что распространившийся коронавирус генетически разделяется на две основные родственные группы. Одна (тип S) появилась раньше, от нее произошел тип L, который доминировал в ранней эпидемии в Ухане, но потом пошла там на спад, но при этом распространилась шире по миру. (Upd: предыдущее предложение отредактировано, чтобы поправить ошибку). Собственно это и есть их основной аргумент о том, что тип L лучше распространяется и "более агрессивен". Что они подразумевают под агрессивен я не понял, потому что они сами пишут в обсуждении, что из их данных не следует что он более вирулентен.
Мне кажется эти результаты вполне годятся для того, чтобы предположить как гипотезу что тип L приобрел какие-то полезные для себя свойства, но они недостаточны чтобы опровергнуть "нулевую гипотезу", что этому типу просто повезло распространиться. Надо проверять дальше, например посмотрев в клеточных культурах меняют ли характеристичные для него мутации какие-нибудь важные свойства вируса. Или сделав более серьезный эпидемиологический анализ распространения этих двух типов или протекания инфекции с ними.
Upd: В комментах дали ссылку на переписку авторов с критикующими их экспертами. У тех такие же претензии как у меня - распространение этого нового варианта вполне может быть делом случая и в данной статье не доказано, что тип L лучше распространяется. Более того, они там ставят под сомнения то, что вообще два этих штамма существуют, авторы оспаривают эти выводы. Дело темное, у меня не хватает квалификации судить кто там прав. Но авторы соглашаются с критиками в том, что термин "агрессивный вирус" ничего не говорит о патогенности вируса и просто означает в их статье "шире распространившийся".
A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence
Эту статью совершенно безответственно распиарил Леонид Каганов, утверждая что новый вирус был создан искуственно в лаборатории и потом либо случайно либо намеренно был выпущен к людям.
Я не буду углубляться в то, что именно и для чего делали в этой статье. Важно лишь то, что авторы взяли геном вируса SARS либо человеческого варианта, либо адаптированного к мышам и заменили в нем белок S на белок из одного из коронавирусов летучих мышей. Этот-то вирус вроде как и вырвался на свободу. Леонид пишет, что последовательность этого вируса неизвестна и деталей создания действительно в статье нет и в базах данных я их не нашел. Но исходные-то вирусы вполне известны: SARS-CoV-Urbani, MA15, SHC014 Если бы новый вирус был создан из них, то анализ его генома сразу бы показал высокое родство с этими вирусами, а это не так.
Upd: Вот тут авва очень хорошо объясняет, что собственно было показано в этой статье: https://avva.livejournal.com/3270121.html?thread=147457257