Принц Аффонсу во главе большого войска отправился в свои новые земли. Началась война с правителем Сойо. Решающее сражение произошло 29 апреля 1645 г. и было проиграно принцем, а сам он и вся его свита попали в плен. В следующем году король снова собрал армию во главе с правителем провинции Мбамба.
Армию сопровождал значительный отряд мулатов, вооруженных огнестрельным оружием. И вновь неожиданно атакованная войсками Сойо 25 июля 1646 г. армия короля потерпела позорное поражение. Главнокомандующий был убит. Король вынужден был уступить противнику новые земли. После этой победы правитель Сойо принял титул «великий князь Сойо».
Не надеясь на собственные силы, Гарсиа II со своей стороны отправил послов с просьбой о помощи в Бразилию, к голландскому губернатору. Посольство увозило богатые подарки: 200 рабов и золотую цепь губернатору, много рабов его советникам и др. Не желая портить отношения ни с королем Конго, ни с его сильным соперником, голландцы ответили уклончиво. Столь же неудачным было и второе посольство, которое каждый из соперников отправил в Голландию.
Попытка голландцев примирить враждующие стороны (с этой целью они прислали корабль в порт Мпинда) не увенчалась успехом. Правитель Сойо демонстративно устроил смотр и парад своим войскам перед послом заморской державы. Военные действия в Конго продолжались в течение всего 1646 г., изматывая силы враждующих сторон, разрушая страну, погружая народ Конго все больше и больше в бездну нищеты и разорения. Эти беды усугубил налет саранчи, опустошившей земли Конго. В конце 1646 г. Гарсиа II Аффонсу воспользовался посредничеством капуцинов, посланных им в Рим с большим списком просьб к папе. Остановившись в провинции Сойо, они от имени короля заключили наконец мир с правителем Сойо. По условиям мира принц Аффонсу вернулся из плена.
Государство было вконец расшатано войнами, которые обезлюдили страну. Франческо Романо пишет в 1648 г.: «Старцы из этого народа, вспоминая о счастливых временах, имеют привычку говорить обычно: Конго больше уже не Конго!»
Официальные цели посольства капуцинов к папе - просить его об отпущении грехов королю Конго. Неофициальные, но гораздо более существенные и весомые: во-первых, убедить папу принять Конго под свое непосредственное покровительство и тем самым покончить с правом патронажа, дарованным Португалии (напомним, что и предыдущие короли Конго безуспешно пытались это осуществить); во-вторых, просить папу о создании трех диоцезов в районе Конго, один из которых - непосредственно в самом государстве Конго.
Создание такого диоцеза могло сделать страну совершенно независимой от Португалии с точки зрения церковной юрисдикции. Третья просьба касалась законов престолонаследия. Во изменение существовавших норм материнского права наследования власти король просил папу издать буллу, которая закрепила бы трон Конго за прямыми потомками Гарсиа П. Посольство прибыло в Рим (через Бельгию и Голландию) в мае 1648 г. Папа согласился лишь отчасти удовлетворить просьбы Гарсиа П. Так, было принято решение выделить государство Конго в качестве особого диоцеза. Однако это решение, вызвавшее упорное сопротивление со стороны португальских властей, так и не было осуществлено.
Дабы подчеркнуть свое благоволение к правителям Конго, папа сам освятил корону Конго и отослал ее в конце 1648 г. Единственным практическим результатом деятельности посольства было решение папы ускорить отправку миссионеров-капуцинов в Конго и увеличить их число. В середине XVII в. в Конго было отправлено более 80 человек миссионеров-капуцинов (среди них авторы наиболее известных «Сообщений» о Конго - Кавацци, Меролла, Д. Карли и др.) Нет сомнения, что на уклончивое поведение папских чиновников большое влияние оказал тот факт, что в 1648 г. португальцы вновь утвердились в Луанде.
Одним из первых актов нового губернатора Анголы Салвадор ди Ca была попытка наказать короля Конго за его содействие голландцам и союз с ними. Гарсиа II поспешил восстановить добрососедские отношения с властями Анголы. В феврале 1649 г. в Луанду было направлено посольство, состоявшее из придворных баконго и европейского духовенства. Португальцы, считая Конго «воюющей стороной», выдвинули тяжелые условия мирного договора. Они потребовали «в качестве репарации» 900 рабов, возвращения всех тех, кто бежал из Анголы, а кроме того - больших территориальных уступок. Все земли к югу от р. Данде, в том числе остров Луанда, где добывали раковины нзимбу, служившие в качестве денежных единиц в бассейне Конго, должны были быть окончательно переданы португальской короне. Португальцы требовали также и все территории, где когда-либо будет найдено серебро или золото. Однако предварительные и неофициальные переговоры были внезапно прерваны Салвадором ди Ca, который отослал обратно в Сан-Салвадор послов, прибывших в феврале 1649 г.
Португальские войска были посланы к границам Конго. В обстановке постоянной угрозы со стороны португальских войск переговоры были возобновлены, однако Гарсиа II всемерно затягивал их, чем едва не вызвал новую войну. Окончательные условия мирного договора были выработаны в 1651 г. Помимо тех пунктов, которые были намечены во время предварительных переговоров, мирный договор включал следующие условия: во-первых, запрещение испанцам, голландцам и подданным королевы Нзинга находиться на территории Конго; во-вторых, любые отношения между Конго и Римом могли осуществляться только через Лисабон (в соответствии с условиями патронажа); в-третьих, король Конго и португальские власти в Анголе должны были оказывать друг другу «взаимную помощь в войне»; в-четвертых, король Конго был обязан послать заложников в Луанду и выплатить большую пеню рабами, слоновой костью и дорогими тканями (из волокна пальмы-рафии). Кроме того, португальцы получали право постоянно держать флот в устье Конго, чтобы вражеские корабли не могли войти в реку.
Король Жоау IV Португальский при подписании договора несколько смягчил его условия. Тем не менее все наиболее важные (и тяжелые для Конго) пункты договора остались в силе.