Как найти феноптоз-машину у мыши, или анализ ген-сетей для поиска генов, регулирующих старение

[quantumpete]

После сегодняшних событий и перед завтрашними все, о чем я хочу написать, кажется материалом с другой планеты. Будем надеяться, что жизнь продолжается и подумаем вот о чем. Молекулярная биология и комьютерное моделирование взаимодействий, с одной стороны, генетическая терапия с другой дают все больше возможностей вмешаться и отрегулировать уровни

Comments

[crocodile2010]

Пробовал обсчитывать подобные взаимодействия (см.в моем журнале 4 поста про моделирование метаболизма). Там, правда, не только гены, там все в кучу было собрано. У меня не было полной базы взаимодействий, да и сейчас нет, но даже на том, что есть, получался такой результат: что ни тронь, одно лечим, другое калечим. Получаем как положительное, так и отрицательное влияние на организм, и вопрос в том, какое из них перевесит. Поэтому возможность удлинения жизни на 20% мне не кажется чем-то невероятным, да и 50% наверно тоже можно достичь (это я о людях), но чтобы в разы - это под вопросом. Сбособов найти точки воздействия путем моделирования пока не нашел

толковый источник по восстановлению генетических сет

[quantumpete]

спасибо, пробежался по блогу, думаю хочу немного другого: восстановление (самой вероятной модели) генной сети по нескольким транскриптомам. Знаете хороший источник для обзора?

Re: толковый источник по восстановлению генетических с

[crocodile2010]

Пока, увы, не знаю

[chupvl]

могу немного попутать терминологию, но есть так называемые "хабы" - белки, которые участвуют во многих процессах, найти их не составит большого труда. Любой влияние на них крайне опасно, хотя ряд раковых заболеваний лечатся действуя именно на них. Исходя из этого мне теория "важных" для старения белков кажется очень-очень шаткой.

Мне кажется главный акцент надо сделать на изучение эпигенетической составляющей старения, чем собственно на геномной/

И не совсем понял, а что вы хотите получить на основе транскриптомных данных- геномную связанную сеть?

Запросить trial на genego.com они должны работать с транскриптомными данными.

также
http://bioconductor.org/packages/2.9/bioc/vignettes/DTA/inst/doc/DTA.pdf

эпигенетическая составляющая старения

[quantumpete]

Транскриптомы как раз содержат информацию об уровнях экспресии генов, а значит являются функцией от эпигенома. По мере накопления транскриптомов разнодолгожителей внутри одного вида, или по-разному стареющих но родственных видов появляется шанс найти хабы, влияние на которые поможет контролировать возраст-зависимые заболевания. В этом году появилось много таких транскриптомов, ждем анализа.

Вторая (и более прикладная) причина интереса: доказательство МоА наших порошков при помощи транскриптомного анализа.

Ссылки посмотрю, спс

Re: эпигенетическая составляющая старения

[chupvl]

нет, транскриптомные данные не будут содержать эпигенетическую информацию, если РНК уже является процессированной.