Массовый скрининг на SARS-CoV-2 после локдауна в Ухане, Китай. Впечатляет!

[prof_afv]

Эпидемия COVID-19 началась в Ухане, столице китайской провинции Хубэй. Первые случаи пневмонии неясного происхождения были диагностированы в декабре 2019г (данные о первых 27 случаях были обнародованы 12-12-2019). К 10-1-2020 китайские учёные идентифицировали возбудитель, определили его полную геномную последовательность и сделали её общедоступной

Comments

[g_bukin]

Как им это удалось? Такие объёмы..

[prof_afv]

Да, поначалу кажется невероятным. Но в методах описано, в целом, как это было организовано. Было почти 3 тысячи точек забора образцов. Только в лабораториях работало около 1500 человек. Если пересчитать на одного сотрудника лаборатории получается около 350 образцов в день. Много, но выполнимо. По-видимому, по крайней мере частично, тестирование было автоматизировано + круглосуточная работа. Но вся логистика - сбор, доставка, хранение, тестирование, ввод результатов (дважды независимо!) и т.д. Поражает!
В эту программу было вложено 900 миллионов юаней ( если я правильно прикинул это около 135 миллионов долларов).

[g_bukin]

А кто финансировал?

[prof_afv]

"Горсовет! (сity government).
Читайте оригинал. Там довольно детально описано как была организована работа и сколько людей было задействовано.

[dobryiadmin]

"хранились заворожёнными" - действительно, похоже на магию.

[prof_afv]

Это ОРФО меня заворожило... Спасибо! Исправил

[vasja_iz_aa]

четыреста из десяти миллионов -- это наверное большинство ложноположительные? т.е. в Ухани вируса не осталось совсем, если бродячих кошек не учитывать

[prof_afv]

Ложноположительные при таком ПЦР (две мишени амплификации, перепроверка образцов с результатом в "серой зоне") и при отличной организации работы маловероятны. Теоретически значительно более вероятны ложноотрицательные (они в большей степени зависят от образца, чем собственно от ПЦР). Но, похоже, что циркуляция вируса в Ухане, по крайней мере, в этот период была на нуле. Кстати, "лёгкие" противоэпидемические меры в Китае не отменялись и продолжают действовать. И признаков «второй волны» у них не видно. Было несколько небольших вспышек, которые они успешно локализовали и погасили.

[soshenkov]

Проводились ли численные оценки допускаемых методом ПЦР ошибок и определялись ли уровни значимости этих оценок? Или предлагается просто верить в то, что ошибки первого рода этого метода практически равны нулю?

Метод, не верифицированный численно, не может использоваться для (другого) численного анализа.

[prof_afv]

У меня около 20 лет личного опыт работы с ПЦР. При хорошем ПЦР, "чистой работе" и инфекции с досрочно высоким уровнем копий мишени в тестируемом образце, нулевая частота ложноположительных вполне реальна. На объёмах в сотни-тысячи образцов обеспечить это относительно не сложно. А вот обеспечить "чистую" работу в таких масштабах это на грани фантастики. Но построить огромный госпиталь за неделю тоже на грани фантастики...
Кстати ПЦР+ образцы легко верифицировать.
С ложноотрицательными совсем другое дело. Их частота в такого рода исследованиях верификации не поддаётся

[soshenkov]

Учитывая число протестированных (10 миллионов) и число обнаруженных (300) получаем, что ошибка первого рода (ложноположительный тест) должна быть много меньше 0,003%.

Этого не может быть.

Данным Китая ни по "остановке" эпидемии, ни по всему остальному доверять нельзя никак. Эти данные и статьи - пища для размышлений не учёных, а следователей прокуратуры.

[prof_afv]

Верить или не верить это Ваше дело.
ак же как и считать шведский опыт успешным (смертность 6710/100000), а китайский нет (смертность 30/100000).

[soshenkov]

Успешность шведского опыта доказана мною в таблице в одном моём комментарии к предыдущему Вашему блогу: смертность второй волны составляет лишь 0,15 от первой и на сегодня (прошло 4 дня) вторая волна остановлена. В отличие от всех других стран, где она в разгаре и этот коэффициент в несколько раз больше (в некоторых странах - в несколько десятков раз больше).

Кроме того, у Вас ошибка: в Швеции живёт 10 миллионов человек и всего умерло 6800 человек. Поэтому смертность 6710 на 100 тысяч там быть не может никак. На сегодня смертность (отношение числа умерших к числу жителей за опред. период) составляет 68 на 100 тысяч, что лишь в два с небольшим раза превышает китайский уровень, указанный Вами.

О достоверности китайских данных мы можем судить по истории т.н. приписок в СССР.

[314ton]

Интересно, а почему вы шведов с китаем сравниваете, а не с другими европейскими странами, которые обьявили шведов идиотами, играющими в русскую рулетку?)

[bioplant]

Только вот создатель метода ПЦР признал его негодным для диагностики коронавируса, так что масштаб этой аферы - действительно впечатляет.

[prof_afv]

Это он Вам с Небес сообщил?
Для справки: изобретатель ПЦР Kary Mullis умер в августе 2019г.

[bioplant]

По сути нечего сказать?

«Несмотря на распространенное заблуждение о том, что тесты на вирусную нагрузку действительно подсчитывают количество вирусов в крови, эти тесты не могут обнаружить свободные инфицирующие вирусы; они могут обнаружить только те белки, которые - как полагают в некоторых случаях ошибочно - являются уникальными для ВИЧ. Тесты могут определять генетические последовательности вирусов, но не сами вирусы. Метод ПЦР состоит в том, чтобы выбрать генетическую последовательность и затем в огромной степени усилить ее. Он может достичь эквивалента нахождения иголки в стоге сена; он может значительно увеличить эту иглу в стоге сена. Как усиливающая антенна ПЦР значительно усиливает сигнал»

[zwstl]

Вы уж поделитесь кто это сказал, когда и в каком контексте.
А то, что вы не поняли, что там написано, это уже и так понятно.