Молекулярно-филогенетические курьезы. 1.

[olnud]

Waeschenbach et al. 2012 “A molecular phylogeny of bryozoans” авторы приводят данные о загрязненных сиквенсах мшанок, которые попал в те или иные работы. Кажется, а прочитал об этом у the-self.livejournal.com - и забыл. А тут, готовясь клекциям, решил показать студентам, к чему могут привести подобные ляпы. Ниже приведено древо из работы Fuchs, J

Comments

[galeolaria]

указаны сиквенсы, которые были частично или полностью не-мшаночного происхождения

A kak eto izvestno stalo? BLAST?

[olnud]

Да - и это потрясение....

[_hellmaus_]

Waeschenbach заслуживает всяческого уважения за эту работу по поиску контаминантов. Там же не просто контаминация, а химерные последовательности. Для определения контаминации их, скорее всего пришлось резать и кидать в Бласт по частям.

Написать, что ли, программу, которая будет автоматически искать такие ошибки... У нас в лаборатории принято каждый новый сиквенс проверять Бластом, но видимо, не везде так делают.

[olnud]

Пишите!!! Это очень актуально. Девушка (Waeschenbach) в самом деле очень скрупулезная - немецкая школа....

[ext_1210184]

Пишите! Как напишите - с меня бутылка красного! ;) Но здесь могло обойтись без химерных ампликонов. Для такого дерева достаточно и "химерных" объединенных данных по нескольким генам, где универсальными праймерами амплифицировали "неправильные" таксоны, а локусы, амплифицированные более специфичными праймерами, принадлежали мшанкам. И всё свалили воедино и проанализировали

[ext_915268]

ну все решается очень просто - каждый полученный сиквенс надо проверять Бластом. Как вообще можно вот так вот, не глядя, все загонять в выравнивание - не представляю..

А у меня одногруппница год назад пыталась мшанок секвенировать, да еще и корковых. Тоже получались сплошные фукусы-аскофиллюмы. Но она же не загоняла сразу всю эту нечисть в дерево, а сверялась с ГенБанком. К тому же, понять, принадлежат ли анализируемые особи к одной группе или, наоборот, аж к разным типам - прекрасно можно хотя бы по выравниванию.

[sharov43]

Ну наконец то биоинформационная эйфория сменилась кропотливой работой.