(Untitled)

[ok_]

DavidBaker enters chat
xxx: This guy is new. Who is it?
yyy: He's one of the guys who stands behind the whole thing
zzz: His IP address's changed. He's somewhere in Germany
yyy: Maybe he's showing off with our terrific folding skills
DavidBaker: That's exactly what I am doing
Если меня спросят, кто, по моему мнению, из ученых, работающих в

Comments

[che_burashkaa]

В Foldit я играл. А она привнесла в итоге что-нибудь в науку?

[ok_]

Дэвид Бейкер утверждает, что привнесла - показывал очень правильные структурки, свернутые руками энтузиастов. В общем, это даже имеет смысл, потому что бутылочное горлышко Розетты - время CPU на перебор вариантов. Хотя независимой экспертизы я не устраивала. Есть еще Rosetta@HOME - распределенные вычисления для той же цели.

[ok_]

Ну дык статьи именно про это)) Там не новые специфичности, а совершенно новая функция, реакция, в природе не встречающаяся. Proof of principle для rational protein design. Они сначала моделируют активный центр, а потом наращивают вокруг него белок. Потом синтезруют то, что получилось, и показывают активность.

Розетта не прорыв, но лучшая программа фолдинга/докинга. Насколько я понимаю, у них хорошее силовое поле, ну и сделано все аккуратно))

[ok_]

На protein rational design я в посте дала две ссылки (Nature и Science). А по Розетте я вот хороший обзор нашла. Могу статьи прислать тоже.

[gr_ushanka]

Да, Розетта - чудесна! А FoldIt сейчас изучим, спасибо за ссылки :)

[ok_]

Пожалуйста)) Если я правильно понимаю их хитрый замысел, FoldIt - игрушка, запущенная для promotion Rosetta@HOME, которая будет доставлять им драгоценное CPU)

[gr_ushanka]

Да, видимо Folding@home действительно популярней.

[ok_]

Да не - оно не популярней, а, хм, полезней, что ли.. Им просто аццки нужно CPU time, чтобы искать в конформационном пространстве, а FoldIt, как я понимаю, это такая завлекалочка с иногда неожиданным полезным выходом

[tea_with_milk]

Дэвид, конечно очччень крут, но все-таки как биофизик/выч. биолог. За что я его уважаю, так за то как быстро он поднялся. Я с ним болтал в 2002 на ИСБМ где он Овертона получал, так перспективный молодой ученый. Скромный такой, тихий, с небольшой лабой. И вот спустя 4 года- в 44 - член Академии наук, в тот же год HHMI феллов. Найс, как грится.

А насчет того кто выиграл КАСП, это смотря как посмотреть. У него (заметьте, у него а не у его автоматического сервака Робеты) первое место только в одной категории там. Другие достаточно хорошо держит Жанг из Ku (вернее уже из UMich AA) с Тейсером. А Розетте (она все-таки не де-ново, так как использует базу данных структурр для изначальных структур пептидов) еще до моделлирования близкого по точности к homology modeling - ох как далеко.

[ok_]

Мне, строго говоря, область de novo folding кажется все более академической, в смысле далекой от практики. Практически все глобулярные белки можно моделировать (homology modeling). Интересно предсказывать взаимодействия. Впрочем, Дэвид отлично чувствует, куда ветер дует и предсказывает. У него в руках мощнейший инструмент, из которого еще много можно выжать. Вообще, это занятно - проследить, насколько биоинформатика tool-driven. Мне кажется, что изрядно.

[tea_with_milk]

Да, фолдинг, безусловно, аладемическая часть выч. биологии... Я бы даже сказал - спортивная часть академической выч. биологии (недаром КАСП называют олимпиадой выч. биологов). Взаимодействия тоже в соревнование уже пошел (докинг/Капри), да и ситуацию у них очень схожаю с аб-инишио: до точностей совместимых с homology modeling еще далеко. Биоинформатика очень большой своей частью - tool-driven, вы совершенно правы. Однако, все больше и больше лаб становятся discovery-driven, что мне, лично, очень импанирует.

Кстати, простите за любопытство, - вы не в групе ли у R.R. случаем?

[ok_]

Однако, все больше и больше лаб становятся discovery-driven, что мне, лично, очень импанирует.

Ага, я согласна, хотя, как математик, и опасаюсь за свое место под солнцем :)

Кстати, простите за любопытство, - вы не в групе ли у R.R. случаем?

У него самого)