Для удобства выкладываю опять пару ссылок
на статьи автора под ником gpuccio, который публикуется на uncommondescent.com
GPuccio говорит там, в частности, о том, что сложная функция в параметрическом пространстве кластеризована и чрезвычайно разрежена (чем выше информационная сложность, тем более разрежена функция). Имеются крайне относительно малые островки функции. Что касается белков, то на сегодня известны 2000 их типов (так наз. protein super-families). Каждый тип представляет собой кластер первичных последовательностей (полипептидов). Внутри кластеров есть сходство. Однако между кластерами сходства нет ни на уровне линейных последовательностей аминокислот (amino acid sequences), ни структурного [я так понимаю, что под структурным сходством он имеет в виду сходство вторичной и третичной структуры mns2012], ни функционального.
Автор ссылается на эту работу японских учёных, где корректно, по мнению gpuccio, моделируется эволюция фагов. Gpuccio рекомендует рис.5 этой работы в качестве хорошей иллюстрации того, как реально выглядят неровности фитнесс-ландшафта (инфективность фага = способность поражать бактерию) в пространстве возможных последовательностей аминокислот. Действие отбора моделируется в контексте эволюционного восстановления частично деградировавшей функции инфективности.
Фитнесс-ландшафт инфективности бактериофага. Источник: Yuuki Hayashi, Takuyo Aita, Hitoshi Toyota, Yuzuru Husimi, Itaru Urabe, Tetsuya Yomo: Experimental Rugged Fitness Landscape in Protein Sequence Space, plos.org
Выводы gpuccio из этой работы я нахожу достаточно важными, чтобы их здесь повторить:
Эта работа говорит о том, что:
Суммируем, предоставляя слово автору:
The ocean of the search space, according to the reasonings of neo-darwinists, should be overflowing with potential naturally selectable functions. This is not true, but let’s assume for a moment, for the sake of discussion, that it is.
But, as we have seen, simpler functions or solutions, when they exist, are much bigger functional islands than the extremely tiny functional islands corresponding to solutions with high functional complexity.
And yet, we have seen that there is absolutely no evidence that simpler solutuion, when they exist, are bridges, or ladder, to highly complex solutions. Indeed, there is good evidence of the contrary.
Given those premises, what would you expect if the neo-darwinian scenario were true? It’s rather simple: an universal proteome overflowing with simple functional solutions.
Instead, what do we observe? It’s rather simple: an universal proteome overflowing with highly functional, probably optimal, solutions.
IOWs, we find in the existing proteome almost exclusively highly complex solutions, and not simple solutions.
The obvious conclusion? The neo-darwinist scenario is false. The highly functional, optimal solutions that we observe can only be the result of intentional and intelligent design.
- Раз (статья посвящена опровержению утверждения, что ID - это частный случай так наз. ошибки "ворошиловского стрелка", когда мишень пририсовывается вокруг дырки от пули на стенде, то есть уже после выстрела);
- Два (вычисление количества функциональной информации на примере осмысленного текста на английском языке).
GPuccio говорит там, в частности, о том, что сложная функция в параметрическом пространстве кластеризована и чрезвычайно разрежена (чем выше информационная сложность, тем более разрежена функция). Имеются крайне относительно малые островки функции. Что касается белков, то на сегодня известны 2000 их типов (так наз. protein super-families). Каждый тип представляет собой кластер первичных последовательностей (полипептидов). Внутри кластеров есть сходство. Однако между кластерами сходства нет ни на уровне линейных последовательностей аминокислот (amino acid sequences), ни структурного [я так понимаю, что под структурным сходством он имеет в виду сходство вторичной и третичной структуры mns2012], ни функционального.
Автор ссылается на эту работу японских учёных, где корректно, по мнению gpuccio, моделируется эволюция фагов. Gpuccio рекомендует рис.5 этой работы в качестве хорошей иллюстрации того, как реально выглядят неровности фитнесс-ландшафта (инфективность фага = способность поражать бактерию) в пространстве возможных последовательностей аминокислот. Действие отбора моделируется в контексте эволюционного восстановления частично деградировавшей функции инфективности.
Фитнесс-ландшафт инфективности бактериофага. Источник: Yuuki Hayashi, Takuyo Aita, Hitoshi Toyota, Yuzuru Husimi, Itaru Urabe, Tetsuya Yomo: Experimental Rugged Fitness Landscape in Protein Sequence Space, plos.org
Выводы gpuccio из этой работы я нахожу достаточно важными, чтобы их здесь повторить:
Эта работа говорит о том, что:
- Функция, наблюдаемая в реальности (wildtype, не в лаборатории) соответствует чрезвычайно редкому пику (по-видимому, глобальный оптимум). Нахождение этого пика комбинацией random variation (RV) и natural selection (NS), по оценке авторов, потребует замены аминокислот в 35 позициях и задействует библиотеку размером в 1070 полипептидов.
- Существуют другие фитнесс-пики, соответствующие более или менее адекватному восстановлению разрушенной функции фага, достижимые механизмом RV + NS.
- Альтернативные пики фитнесс-функции не являются мостиками к глобальному оптимуму, наблюдаемому в естественной среде. Другими словами, никакой "лесенки", по которой, как считают дарвинисты, отбор мог бы поэтапно добраться до глобального пика, не существует, потому что по достижении локального пика отбор будет лишь препятствовать этому [для дальнейшего движения из точки стагнации нужны существенные изменения параметров среды, когда ландшафт значительно меняется - mns2012].
Суммируем, предоставляя слово автору:
The ocean of the search space, according to the reasonings of neo-darwinists, should be overflowing with potential naturally selectable functions. This is not true, but let’s assume for a moment, for the sake of discussion, that it is.
But, as we have seen, simpler functions or solutions, when they exist, are much bigger functional islands than the extremely tiny functional islands corresponding to solutions with high functional complexity.
And yet, we have seen that there is absolutely no evidence that simpler solutuion, when they exist, are bridges, or ladder, to highly complex solutions. Indeed, there is good evidence of the contrary.
Given those premises, what would you expect if the neo-darwinian scenario were true? It’s rather simple: an universal proteome overflowing with simple functional solutions.
Instead, what do we observe? It’s rather simple: an universal proteome overflowing with highly functional, probably optimal, solutions.
IOWs, we find in the existing proteome almost exclusively highly complex solutions, and not simple solutions.
The obvious conclusion? The neo-darwinist scenario is false. The highly functional, optimal solutions that we observe can only be the result of intentional and intelligent design.