предсказанные погоды

[leolion_1]

Ну, что, граждане, для окончательных итогов наблюдения за Израилем рановато, но предварительные сделать можно

Comments

[rusty_spur]

Офф, что думаете про гадание 3Д структуры белка на котиках?

[leolion_1]

Я как раз там у вас хотела отписаться по этому поводу. Думаю, что пока сыровато, но будет допилено. Всем и так было очевидно, что решение задачи упирается в правильный алгоритм ab initio, раз третичная структура это производное от первичной и вторичной. Вот дальше будет новый порог перколяции, на преодоление которого потребуется время, дождаться, пока ИИ началку окончит и в среднюю школу перейдет:)

[rusty_spur]

Они и пилят, вторая версия уже лучше первой. Что интересно, первое приближение, оно же сравнение - расчет расстояний между аминокислотами. И расстояния предсказывает нейронная сеть тренингованая на существующих белках.

Еще вопрос, насколько концепция твердого тела (сдвиг, поворот) без сжатия растяжения справедливо для ак.

[leolion_1]

Насчет концепции твердого тела не вполне поняла, это же простое описание взаимного пространственного положения с соответствующим потенциалом достигнутого состояния. Или вы что-то другое имеете в виду?

[rusty_spur]

модель предполагает что расстояния между амино и карбоксильными группами в одной аминокислоте постоянны и не зависят от окружения.

[leolion_1]

Это только вопрос точности расчета, в таком приближении можно для удобства принять эту модель стартовой, поскольку все незначительные изменения расстояний, которые за нее выпадают, в любом случае усреднятся по всей молекуле и не будут иметь решающего значения с точки зрения попадания в конформацию.

[rusty_spur]

Спасибо

[p_k]

Пока решается задача о минимизации свободной энергии, любая эвристика будет ко двору. Но с белками есть две проблемы. Во первых биологически правильная конформация это не всегда минимум F (chaperones!). А во вторых кроме первичной структуры есть еще гликаны, и куда их там пришили, без рентгеноструктурного анализа не предсказать.

[rusty_spur]

Ну минимизацию напрямую, как я помню, никто не решил.

Насколько помню, конформация всегда минимум, но не всегда глобальный. Сразу хвостики фагов вспоминаются.

[p_k]

Да, конечно - и судя по тому что рядом лежат всякие NP-полные задачи типа проблемы рюкзака, точная минимизация невозможна. Оттого и речь о эвристиках, их надо побольше и разных, все равно ничего другого не будет. Использование нейросеток в таком деле последние лет 5 горячая тема, и скорее всего не зря.

Локальный минимум свободной энергии конечно реализуется; тут как всегда вопрос со временем перехода в глобальный минимум. Это время может быть астрономическим.

[rusty_spur]

Мать-природа умеет быстро NP решать. Неплохо бы и нам научиться, а ИИ - тут имхо симулякт.

[p_k]

Так я не зря шапероны упомянул. Матери-природе пофиг на минимум свободной энергии, ей нужно чтобы кролики плодились и размножались. Если этого можно добиться с неравновесной (но воспроизводимой!) конформацией, то так и будет.

[leolion_1]

Метастабильные состояния в природе встречаются чаще равновесных, по крайней мере, в живой.

[termometr]

хвостики фагов
***
а что за хвостики?

[rusty_spur]

[termometr]

а там "взведенная пружина" или какая реакция запускается для срабатывания сего шприца?