К OpenSource проектам часто выпускают патчи, но что-то я не сразу нашел простое руководство по использованию утилиты patch.
Как оказалось все достаточно просто.
Приминить к исходникам vsftpd несколько патчей у меня получилось так:
cat new-patch | patch -p0где new-patch - файл патча.
Почитать подробней можно
здесь