Просто оно достаточно неочевидно, потому что даже если вы к Facebook в Skype не присоединены (но присоединились раньше) - личные сообщения из Facebook в Skype приходят как ни в чем не бывало, и это многих раздражает, потому что сообщения и дублируются, и отвечать на них из Skype часто невозможно, поэтому хочется это дело уже к чертям отключить.
Шаги следующие.
1. В Skype откройте домашнюю страницу (значок с изображение дома слева сверху), нажмите на зубчатое колесо справа и убедитесь в том, что там нет подключения к Facebook. Или отключите, если оно есть.
2. В Facebook - справа сверху нажать на стрелку, выбрать "Настройки", там слева "Приложения". Находим Skype и удаляем. (Кстати, там же имеет смысл поудалять тонны всякого ненужного барахла, которое туда обычно лезет.)
И все, больше сообщения из Facebook в Skype попадать не будут. Ура.
http://www.exler.ru/blog/item/15255/