Проблема координации: Температура как физическая величина

[evgeniirudnyi]

Теория физики содержит математические уравнения, связывающие физические величины. Например, уравнение состояния идеального газа задает связь между абсолютной температурой (T), давлением (p), объемом (V) и числом молей (n):

pV = nRT

R - универсальная газовая постоянная. Предполагается, что независимые измерения этих величин для газа в области малых

Comments

[termometr]

Lu K. et al. Intracellular heat transfer and thermal property revealed by kilohertz temperature imaging with a genetically encoded nanothermometer //Nano Letters. - 2022. - Т. 22. - №. 14. - С. 5698-5707.

[evgeniirudnyi]

Спасибо. Название выглядит очень заманчиво.

[termometr]

это как-то мне сегодня ближе, чем список выше.
Наиболее интересен вопрос о температуре и теплопередаче от митохондрий, от ферментов окислительно-восстановительных реакций, сжигающих кислород...
Там одни ребята шибко много намерили ИМХО.

[evgeniirudnyi]

В тех статьях были какие-то слова про биологические молекулы. Я пока просто пролистал.

Для обсуждения измерений требуется понимание теории, на которых они основаны.

[termometr]

вы правы, но кроме того: "Что измеряешь определяется тем, как измеряешь". Однако, глубоко лезть в теорию не у всех есть желание и время. Меня вот интересует вопрос почему дрожжи не растут выше Tmax~42 C ? Кто-то считает, что ферменты денатурируются, особенно митохондриальные. А кто-то намерил >60 C "динамической (неравновесной) температуры" в нормальном режиме роста дрожжей при 30 С. Чтобы понять глубоко их теорию нужно много-много времени, стоит ли овчинка выделки?

[evgeniirudnyi]

Вряд ли это поможет.

Можно только попробовать тренировать дрожжи выдерживать более высокие температуры, но это может привести к потере полезных свойств.

Тут в обсуждении с skogar про возможности изучения клеток я нашел статью еще похлеще, чем whole cell modeling, но крайне сомнительно, чтобы это заработало:

Stevens, Jan A., Fabian Grünewald, PA Marco van Tilburg, Melanie König, Benjamin R. Gilbert, Troy A. Brier, Zane R. Thornburg, Zaida Luthey-Schulten, and Siewert J. Marrink. "Molecular dynamics simulation of an entire cell." Frontiers in Chemistry 11 (2023): 1106495.

[termometr]

Можно только попробовать тренировать дрожжи выдерживать более высокие температуры, но это может привести к потере полезных свойств.
***
можно, даже с улучшением некоторых свойств:

Lip K. Y. F. et al. Selection and subsequent physiological characterization of industrial Saccharomyces cerevisiae strains during continuous growth at sub-and-supra optimal temperatures //Biotechnology Reports. - 2020. - Т. 26. - С. e00462.

Но всему есть предел:

Li G. et al. Bayesian genome scale modelling identifies thermal determinants of yeast metabolism //Nature communications. - 2021. - Т. 12. - №. 1. - С. 190.

Ссылку вашу посмотрю, спасибо.

[termometr]

но крайне сомнительно, чтобы это заработало:
***
The Martini ecosystem is currently being extended
around a central framework, named Vermouth.

Улыбнуло. "Еще 9 999 ведер стаканов и золотой ключик у них в кармане"

[evgeniirudnyi]

Да. Если учесть, что они рассчитывают тольку минимальную клетку, то есть, даже до нормальной бактерии еще крайне далеко. Не говоря про то, что, совершенно непонятно, какие будут результаты. При этом физическое время, которое может протянуть молекулярная динамика, крайне мало.

[termometr]

Jens Nielsen доказал, что капля камень точит.

[evgeniirudnyi]

Jens Nielsen - это кто?

[termometr]

https://en.wikipedia.org/wiki/Jens_Nielsen

[termometr]

Nielsen has pioneered the development of systems biology tools for industrial microorganisms. He has developed genome-scale metabolic models (GEMs) for many important industrial microorganisms, including yeast (Saccharomyces cerevisiae)

[termometr]

Förster J. et al. Genome-scale reconstruction of the Saccharomyces cerevisiae metabolic network //Genome research. - 2003. - Т. 13. - №. 2. - С. 244-253.

https://termometr.livejournal.com/257890.html?utm_source=embed_post#t7594850

[evgeniirudnyi]

Спасибо. Я посмотрел Вики. Я даже, по-моему, встречал его имя, когда искал, кто и что пишет про Хиншелвуда.

Видно, что Nielsen человек деятельный и ориентированный на результат. Это самое главное. Насколько я понимаю, уровень модели, который он выбрал, является самым перспективным.

[termometr]

ИМХО мозговой центр там был Bernhard Ø. Palsson
Nielsen прошел очень большой путь от неработающей модели 2003 года до весьма работоспособных сегодняшних версий.

Chen Y., Li F., Nielsen J. Genome-scale modeling of yeast metabolism: retrospectives and perspectives //FEMS Yeast Research. - 2022. - Т. 22. - №. 1. - С. foac003.