Thank you for reading so carefully! The cross-validation procedure you propose seems to make perfect sense but would be outright prohibitive computationally (as you point out, it has to be repeated many times, with many=100, in the very least). The number of parameters is large but less so when compared to the number of data points (edges): 82896.
Legends - yes, swapped...stupid
The ms is 'under consideration' in Nature for 2 weeks - I believe this means editorial consideration, not under review (yet?)
Я как раз хотел спросить: а сколько времени у вас обсчитывается один фит? Я с sequential least squares никогда дела не имел, поэтому мне трудно оценить. Cross-validation нужно, конечно, минимум раз сто повторять, это правда.
Unfortunately, with the amount of data we used, it took several weeks of CPU time. The problem is that this is not trivially parallelized, and we have no immediate access to anything like supercomputer.
Я выпустил первую довольно наивную (без биоинформатики) попытку найти общий вектор эволюции автофагии от бактерий до экосистем - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23615436
Изначально я писал эту статью для вашего Biology Direct, но журнал Autophagy перехватил. Статья во многом написана под впечатлением от ваших работ. Например, автофагия выглядит логичным эволюционным механизмом защиты от премитохондрий, продолжая ваше предположение в "Note added in proof" в статье - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=11965492 - помимо молекулярного оружия, бактерии-симбионты можно нейтрализовать, обволакивая их мембраной - прототип автофагии.
Было бы интересно получить вашу критику на счет этой статьи - так как данная тема все еще меня увлекает, и я собираюсь ее продолжать. Кроме того, я был бы рад сотрудничеству с вами.
Comments 11
Reply
The cross-validation procedure you propose seems to make perfect sense but would be outright prohibitive computationally (as you point out, it has to be repeated many times, with many=100, in the very least).
The number of parameters is large but less so when compared to the number of data points (edges): 82896.
Legends - yes, swapped...stupid
The ms is 'under consideration' in Nature for 2 weeks - I believe this means editorial consideration, not under review (yet?)
Thanks again
Reply
Reply
The problem is that this is not trivially parallelized, and we have no immediate access to
anything like supercomputer.
Reply
Скажите, а вы не занимались эволюционным происхождением принципа автофагии?
Reply
Reply
Изначально я писал эту статью для вашего Biology Direct, но журнал Autophagy перехватил. Статья во многом написана под впечатлением от ваших работ. Например, автофагия выглядит логичным эволюционным механизмом защиты от премитохондрий, продолжая ваше предположение в "Note added in proof" в статье - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=11965492 - помимо молекулярного оружия, бактерии-симбионты можно нейтрализовать, обволакивая их мембраной - прототип автофагии.
Было бы интересно получить вашу критику на счет этой статьи - так как данная тема все еще меня увлекает, и я собираюсь ее продолжать. Кроме того, я был бы рад сотрудничеству с вами.
Reply
Leave a comment