Вена: первая траектория
У меня сегодня наконец-то мой проект дошел до стадии, когда я сгенерировала графики для самой первой рассчитанной траектории молекулярной динамики в возбужденных состояниях и... честно говоря, график, несмотря на всю его красоту, сигнализирует о проблемах, потому что:
1) вся заселенность довольно быстро утекает в триплет, чего быть не должно
2) а энергии низшего синглета и многих других состояний со временем ползут наверх.
Это не самое плохое, что может случиться в ходе симуляции. Моя молекула, по-крайней мере, не разлетается на куски. Но надо думать, что может быть не так и как это можно вылечить. И пока я сегодня занималась различной диагностикой рассчитаных пробных 44 траекторий, что-то пошло не так и я удалила ввобще все содержимое папки! Это не страшно, к завтрашнему утру у меня будут другие результаты, чтобы можно было их рассматривать. Но важно именно принять решение, каким образом нужно работать дальше, чтобы получить результаты, достойные публикации.
С подачи Себастиана установила себе MobaXterm взамен Cydwin. Пришлось поковыряться с настройками и разобраться, как туда скопировать "клички" (сокращения для частых комманд) и ssh ключи. Но сейчас все работает, и что особенно хорошо, автоматически подгружается консоль для вывода результатов gnuplot или vmd на удаленных компьюетерах.
1) вся заселенность довольно быстро утекает в триплет, чего быть не должно
2) а энергии низшего синглета и многих других состояний со временем ползут наверх.
Это не самое плохое, что может случиться в ходе симуляции. Моя молекула, по-крайней мере, не разлетается на куски. Но надо думать, что может быть не так и как это можно вылечить. И пока я сегодня занималась различной диагностикой рассчитаных пробных 44 траекторий, что-то пошло не так и я удалила ввобще все содержимое папки! Это не страшно, к завтрашнему утру у меня будут другие результаты, чтобы можно было их рассматривать. Но важно именно принять решение, каким образом нужно работать дальше, чтобы получить результаты, достойные публикации.
С подачи Себастиана установила себе MobaXterm взамен Cydwin. Пришлось поковыряться с настройками и разобраться, как туда скопировать "клички" (сокращения для частых комманд) и ssh ключи. Но сейчас все работает, и что особенно хорошо, автоматически подгружается консоль для вывода результатов gnuplot или vmd на удаленных компьюетерах.