Геном актинии
Сегодня у меня, наконец, дошли руки внимательно прочитать статью про геном морского анемона (актинии), которую мне Володя Трифонов еще год назад. Авторы статьи начерно прочитали геном Nematostella vectensis и получили совершенно поразительные результаты.
Putnam et al., Sea anemone genome reveals ancestral eumetazoan gene repertoire and genomic ( Read more... )
Comments 5
Reply
Я только не понял, что значит "80% предсказанных генов"?
Кроме тоого, на русском надо писать не "...зоо", а "...зоа" (в словах типа "метазоа").
Кроме того, зверски режет слух словосочетание "черви, моллюски, муха, человек". Это звучит примерно как "женщины, индейцы и электромонтер".
А по существу интересно было бы знать, какого размера генетические различия ожидались между стрекающими и позвоночными ДО этого исследования, т.е. какая была нулевая гипотеза или ее не было вообще?
И еще. Осмысленно ли будет сказать, что гомологичные гены у стрекающих и позвоночных различаются на уровне аллелей?
Reply
Геном прочитали, обнаружили 18 тыс объектов, которые по всем параметрам могли бы быть генами. Но чтобы на 100% убедиться, чот это "гены", надо проверить, экспрессируются ли они. Поэтому говорят о "предсказанных" генах.
Нулевая гипотеза ждала бОльших отличий, чем между человеком и дрозофилой, поскольку на временной шкале расстояние больше. Но оказалось, что за счет бОльшей скорости эволюции, наши любимые модельные объекты убежали намного дальше.
Аллели - термин скорее из формальной генетики. Молекулярщики говорят "ортологи". При сравнении отдаленных геномов не всегда легко установить, какая пара генов являются истинными ортологами, поскольку многие гены имеют несколько гомологов внутри генома (это уже "паралоги"). Но во многих случаях задача решаемая.
Reply
Но на "зоо" тоже сразу резануло, и не один раз.
Reply
Reply
Leave a comment