про MIQE
Ну... поздравьте меня. Я знаю все о qPCR. И это все - неутешительно. В общем и целом, прав был тот гуманитарий, который как-то написал книжку о том, что вся наука - это вообще социальный конструкт. Я особенно согласна с этим в плане публикаций - принятие статей в журналы, отбор, ревью - это вообще очень субъективные вещи. Помню, в Нейчер был курс "как опубликоваться в Нейчер", так они там громогласно заявляли, что мол, единственное, что имеет значение - это качество вашей работы, и никакой субъективности у них нет. Ну так это фигня, конечно. Впрочем, это и так все знают.
А вот про qPCR это даже интересно на самом деле. Она, оказывается, тоже социальный конструкт. Технике почитай 30 лет, а как ее делают - это феерия. Протоколы передаются буквально из уст в уста, никакой стандартизации, никакого понимания того, что человек делает... вот был в лабе старший - он научил, а как он ушел, с ним пропал и его протокол, и все... все это шито живыми нитками и буквально имеет форму народного рецепта. Сейчас появились статьи типа зубров-стоявших-у-истоков, и они так свысока критикуют молодежь, что мол те не делают логарифмические кривые, валидацию праймеров, не используют правильные референс-значения... ну и для борьбы с этим даже выпустили Гайдлайн. Большую-большую статью со списком аж из 85 (восьмидесяти пяти!) факторов, которые надлежит тщательно проверять и рапортовать в статье, если у вас эксперимент с qPCR. То есть, эти зубры явно больные на голову и не держали пипетки в руках последние 20 лет. Потому что если заниматься 85-ю факторами, одну статью можно писать ГОДАМИ.
Т.е. у зубров начисто отрыв от реальности.
Правда, это вообще сейчас тенденция, я заметила. Ну, давление же сумасшеднее на лабы, что надо как можно больше публикаций, ну они и сообразили, что оказывается можно вместо работы публиковать оценку чужой работы. И давай штамповать статьи одна другой злобнее - а давайте введем вот такие критерии, а давайте введем вот сякие критерии! Как менеджеры прямо. Сами пипетку в руках сто лет не держали, зато сейчас быстро расскажут всем, как надо делать qPCR и как важны все эти 85 факторов.
С вестерн блотами же точно такая же хрень пошла. Вон, названия статей: "Необходимость и стратегии повышения уверенности в точности вестерн-блотов", "Соображения при количественном определении содержания белка иммуноблоттом", "Методология для надежной количественной оценки данных Western Blot".
То есть люди вместо работы занялись уже откровенной фигней. Лишь бы опубликоваться. Софты же начали писать, что самое интересное! "Подход к оценке вариативности референсных генов, основанный на математической модели". Звучит - убиться веником. А реальное значение этой работы - пшик. Эффективный менеджмент, мать их. Но зато так как этих зубров много, они каждый друг друга хвалят [перед непосвященными], кукушка хвалит петуха за то, что хвалит он кукушку - и грантоденьги от правительства получены. Красота!
Ну правильно. Зубры в лабу-то не заходят, и эти 85 факторов выполнять будут не они, а их студенты. На которых можно наорать. Которым можно пригрозить увольнением. Которых вообще можно всячески гонять и критиковать что они мол "ненастоящие ученые, плохо работают". А самим сесть в кабинете и распространяться про падение стандартов в науке и как необходим более жесткий контроль.
Причем, что самое главное, эти 85 факторов АБСОЛЮТНО НЕ НУЖНЫ. Ну то есть не все сразу не нужны, и не абсолютно, но среди них можно было бы выделить наиболее значимые, наименее значимые, определить по крайней мере коэффициент погрешности, который каждый из них производит, определить случаи, в которых требуется обращать внимание на тот или другой, вместо того чтобы задавать людям непосильную задачу выполнять все 85... но это же надо работать. Это же надо пойти взять пипетку, провести эксперимент, потом взять и все это посчитать. Неееее, зачем? Давайте просто сразу напишем, какие все недобросовестные ученые и как они плохо делают свои эксперименты, и на том закончим.
Хотя мое личное мнение (по секрету) - это что на самом деле просто qPCR крайне дурацкая техника, которой пользоваться надо в самом крайнем случае, и если пользоваться, то уж наверняка подтверждать другими, более надежными методами вроде вестерн-блотов, иммунофлуюресценции, нокаутов и т.д.
Так что не ходите в qPCR. Там ничего хорошего нет. Будете мучиться, мучиться, материться, а в итоге получите данные, которые можно интерпретировать так, можно интерпретировать сяк, и никакой нафиг уверенности. И еще вам сверху на голову скажут, что вы недобросовестный ученый.
А вот про qPCR это даже интересно на самом деле. Она, оказывается, тоже социальный конструкт. Технике почитай 30 лет, а как ее делают - это феерия. Протоколы передаются буквально из уст в уста, никакой стандартизации, никакого понимания того, что человек делает... вот был в лабе старший - он научил, а как он ушел, с ним пропал и его протокол, и все... все это шито живыми нитками и буквально имеет форму народного рецепта. Сейчас появились статьи типа зубров-стоявших-у-истоков, и они так свысока критикуют молодежь, что мол те не делают логарифмические кривые, валидацию праймеров, не используют правильные референс-значения... ну и для борьбы с этим даже выпустили Гайдлайн. Большую-большую статью со списком аж из 85 (восьмидесяти пяти!) факторов, которые надлежит тщательно проверять и рапортовать в статье, если у вас эксперимент с qPCR. То есть, эти зубры явно больные на голову и не держали пипетки в руках последние 20 лет. Потому что если заниматься 85-ю факторами, одну статью можно писать ГОДАМИ.
Т.е. у зубров начисто отрыв от реальности.
Правда, это вообще сейчас тенденция, я заметила. Ну, давление же сумасшеднее на лабы, что надо как можно больше публикаций, ну они и сообразили, что оказывается можно вместо работы публиковать оценку чужой работы. И давай штамповать статьи одна другой злобнее - а давайте введем вот такие критерии, а давайте введем вот сякие критерии! Как менеджеры прямо. Сами пипетку в руках сто лет не держали, зато сейчас быстро расскажут всем, как надо делать qPCR и как важны все эти 85 факторов.
С вестерн блотами же точно такая же хрень пошла. Вон, названия статей: "Необходимость и стратегии повышения уверенности в точности вестерн-блотов", "Соображения при количественном определении содержания белка иммуноблоттом", "Методология для надежной количественной оценки данных Western Blot".
То есть люди вместо работы занялись уже откровенной фигней. Лишь бы опубликоваться. Софты же начали писать, что самое интересное! "Подход к оценке вариативности референсных генов, основанный на математической модели". Звучит - убиться веником. А реальное значение этой работы - пшик. Эффективный менеджмент, мать их. Но зато так как этих зубров много, они каждый друг друга хвалят [перед непосвященными], кукушка хвалит петуха за то, что хвалит он кукушку - и грантоденьги от правительства получены. Красота!
Ну правильно. Зубры в лабу-то не заходят, и эти 85 факторов выполнять будут не они, а их студенты. На которых можно наорать. Которым можно пригрозить увольнением. Которых вообще можно всячески гонять и критиковать что они мол "ненастоящие ученые, плохо работают". А самим сесть в кабинете и распространяться про падение стандартов в науке и как необходим более жесткий контроль.
Причем, что самое главное, эти 85 факторов АБСОЛЮТНО НЕ НУЖНЫ. Ну то есть не все сразу не нужны, и не абсолютно, но среди них можно было бы выделить наиболее значимые, наименее значимые, определить по крайней мере коэффициент погрешности, который каждый из них производит, определить случаи, в которых требуется обращать внимание на тот или другой, вместо того чтобы задавать людям непосильную задачу выполнять все 85... но это же надо работать. Это же надо пойти взять пипетку, провести эксперимент, потом взять и все это посчитать. Неееее, зачем? Давайте просто сразу напишем, какие все недобросовестные ученые и как они плохо делают свои эксперименты, и на том закончим.
Хотя мое личное мнение (по секрету) - это что на самом деле просто qPCR крайне дурацкая техника, которой пользоваться надо в самом крайнем случае, и если пользоваться, то уж наверняка подтверждать другими, более надежными методами вроде вестерн-блотов, иммунофлуюресценции, нокаутов и т.д.
Так что не ходите в qPCR. Там ничего хорошего нет. Будете мучиться, мучиться, материться, а в итоге получите данные, которые можно интерпретировать так, можно интерпретировать сяк, и никакой нафиг уверенности. И еще вам сверху на голову скажут, что вы недобросовестный ученый.