ну почему студенты думают...

[ymi_an_island]

ну почему студенты думают, что вырожденность генетического кода "нужна", чтобы многие мутации были синонимичными? Наверняка это где-нибудь написано. Это же как тот девайс, предотвращающий посадку корабля на мель - заполненная балластом цистерна, в которую в случае посадки на мель закачивается воздух. Снимает пароход только с такой мели, на которую

Comments

[adelaidastar]

Ой, позор какой - я тоже так, собственно, думаю. Вырожденность случилась, потому что нехватило 16 аминокислот. А потом пригодилась,
чтобы increase robustness of protein coding by buffering the point mutations in the third codon))
- за что мне опять двойка?

[ymi_an_island]

не, ну как ты себе это представляешь? buffering point mutations?

[ymi_an_island]

я готов поверить в "защитную функцию вырожденности" только в одной ситуации: есть мутаген, вызывающий значительную долю мутаций, причем его концентрация низка и лимитирует частоту мутаций. (И он тратится в процессе акта мутагенеза.) Тогда да, как бы полезно иметь рядом с каждыми двумя значимыми нуклеотидами один малозначимый, чтобы он оттягивал на себя треть мутаций. Хрен его знает, может для свободных радикалов это и так! Но от спонтанных мутаций, или мутаций, вызываемых нелимитирующими мутагенами (например UV) вырожденность никак не защищает.

[adelaidastar]

Вырожденность не защищает ДНК, я (и наверняка твои студенты) -не это имела в виду. Она защищает зверька или растеньице: чем больше вырожденность, тем больше процент мутаций, которые организму глубоко фиолетовы. Нейтральны, как вы выражаетесь.

[ymi_an_island]

так ведь и target больше за счет вырожденных нуклеотидов!!! Какая ж хрена разница??
Еще раз: это в точности как тот девайс, который снимает корабль с мели.. но только с той мели, на которую этот корабль без этого девайса и не сел бы!

[adelaidastar]

Таргет больше....тут я искренне не понимаю, что и с чем ты сравниваешь. Два организма, у каждого по 20 аминокислот и Аминоацил- тРНК-синтаз, но у зверя А - 61 осмысленный кодон, а у зверя Б - только чтоли 20??? А остальные - 44 возможных кодона у зверя Б - это что? Стоп-кодоны?

[ymi_an_island]

не, не так. давай для простоты считать, что аминокислот 16, а все третьи позиции полностью вырождены. У зверя А код двухбуквенный и вырожденность 0. У зверя Б код трехбуквенный и третья позиция вырожденная (как оно вначале видимо и было). И что, у зверя Б будет ниже частота мутаций в невырожденных позициях? С какого бодуна?

[adelaidastar]

Не 16, а 15. Тебе еще нужен стоп кодон. И вообще, почему не три аминокислоты, для простоты? Однобуквенный код - это так экономно!! Я не могу считать для простоты, что аминокислот 15- потому что их 20. Tак же, как я не могу для простоты представить себе зверя на колесиках и с двигателем внутреннего сгорания. Ты знаешь хоть кого-нибудь, кто обходится в своем метаболизме 15 ю аминокислотами? Вот, не зря жалуются на засилье креационизма у вас в Америке )))

[ymi_an_island]

хорошо, не нравится 16 аминокислот, давай рассмотрим такой пример. у одного стрелка стоят две мишени, у другого 3, но засчитываются ему только попадания в 2 из 3. Каждый из них с закрытыми глазами начинает палить по своим мишеням. Кто из них наберет больше очков?

Второй наберет меньше очков, только если его третья мишень частично закрывает первые две. А если они в ряд стоят, то наличие 3й мишени никак не сказывается на число попаданий в 2 другие.

[ymi_an_island]

Irrelevant. Это мысленный эксперимент для сравнения частоты мутаций в случай разной архитектуры кода. Причем тут возможность или невозможность жить с 15 аминокислотами? Ну а если уж на то пошло, то 1)я уверен, что массу белков можно сделать из 15 аминокислот, есть белки, в которых можно половину позиций заменить на аланин и с сохранением активности. 2)Некоторое время назад так оно и было - был код с 15 аминокислотами, а до того с 10 и так далее. И вообще, говорят, все начилось с 3: A,G и L.

[adelaidastar]

это вводный курс в элементарную комбинаторику.
Ящички и шарики, стрелки и мишени. Если студент отвечает неправильно на вопрос про стрелка и мишень -у него проблемы с простейшей математикой. А если ты предлагаешь студенту-биологу мысленный эксперимент, НЕ уточняя, что ты понимаешь под "разной архитектурой кода" разную длину кодона - он ответит так же, как я и будет прав. Разве не так?

Если уж на то пошло, я об этом ничего не знаю. Но я не могу себе представить, что тРНК, что рибосому с кодоном 2 нт, а также ферменты цикла кребса, построенные из 15 аминокислот. Или из трех.

[ymi_an_island]

я студентам никакого мысленного эксперимента не предлагал! Я их вообще не спрашивал чем хороша или плоха вырожденность, это была сплошная отсебятина.

[adelaidastar]

У тебя студент пытается мыслить. Это позитивно…у меня он только трясется (((

[ymi_an_island]

не, это не мыслить. у них conditioning, что все зачем-то, все имеет цель (причем неважно как эта телеология реализуется, всемогущим естественным отбором, или всемогущим интеллегентым дизайнером). И значит надо придумать каждому факту жизни какую-нибудь пользу

[adelaidastar]

Последнее время мне кажется, что онтологическую телеологию выметать поганой метлой - поздно.
Она уже везде рулит, незаметно прорастя из эпистемологической. Офф - я тебе письмо послала).