Будни сумасшедшего изобретателя - 38
Сделал я модель из двух молекул, как и собирался...
Первый расчет для недеформированной связи запустил с функционалом плотности и большой моделью. Считалось полтора суток, спать пришлось под шум компьютера. И что в итоге? Одна из орбиталей уже на двух молекулах. А на что я рассчитывал? Солверу плевать, возможен ли надбарьерный переход между молекулами, он просто рисует орбиталь с соответствующей энергией. Если бы он рассчитывал кота Шредингера, нарисовал бы суперпозицию состояний "жив" и "умер", не глядя на то, что переход между ними практически невозможен.
Ну ничего, по крайней мере нарисовал изоповерхности электростатического потенциала. Потом - то же самое для молекул, сближенных на 0.5, 0.2 и 0.3 ангстрема. Ничего так, пожалуй, 0.3 ангстрема уже достаточно, чтобы электрон мог перепрыгнуть.
Но я вот о чем подумал: а чего это я всю молекулу двигаю? Ведь в водородных связях атомы водорода могут мигрировать между молекулами. Значит, водород может быть временным носителем лишнего электрона. И тогда все по-другому, не так, как я представлял. Но как? Если перскок происходит через ближайший к нитрогруппе водород, то там должна получиться чудовищная разность энергий, ведь взаимодействие с протоном сильнее дипольного. Но с этого водорода электрон может попасть только на азот из аминной группы, который и так перегружен отрицательным зарядом, да еще атомы кислорода тут рядом мешаются. Возможно миграция происходит через другие водородные связи, но тогда возникает вопрос: а не выдавливается ли при этом электрон поближе к этим связям? В общем, поднялся на новый уровень понимания, но на этом уровне все опять оказалось запутанно.
Первый расчет для недеформированной связи запустил с функционалом плотности и большой моделью. Считалось полтора суток, спать пришлось под шум компьютера. И что в итоге? Одна из орбиталей уже на двух молекулах. А на что я рассчитывал? Солверу плевать, возможен ли надбарьерный переход между молекулами, он просто рисует орбиталь с соответствующей энергией. Если бы он рассчитывал кота Шредингера, нарисовал бы суперпозицию состояний "жив" и "умер", не глядя на то, что переход между ними практически невозможен.
Ну ничего, по крайней мере нарисовал изоповерхности электростатического потенциала. Потом - то же самое для молекул, сближенных на 0.5, 0.2 и 0.3 ангстрема. Ничего так, пожалуй, 0.3 ангстрема уже достаточно, чтобы электрон мог перепрыгнуть.
Но я вот о чем подумал: а чего это я всю молекулу двигаю? Ведь в водородных связях атомы водорода могут мигрировать между молекулами. Значит, водород может быть временным носителем лишнего электрона. И тогда все по-другому, не так, как я представлял. Но как? Если перскок происходит через ближайший к нитрогруппе водород, то там должна получиться чудовищная разность энергий, ведь взаимодействие с протоном сильнее дипольного. Но с этого водорода электрон может попасть только на азот из аминной группы, который и так перегружен отрицательным зарядом, да еще атомы кислорода тут рядом мешаются. Возможно миграция происходит через другие водородные связи, но тогда возникает вопрос: а не выдавливается ли при этом электрон поближе к этим связям? В общем, поднялся на новый уровень понимания, но на этом уровне все опять оказалось запутанно.