Принято к печати
Многострадальная статья с большим количеством статистики, о которой шла речь здесь: http://trombicula.livejournal.com/77593.html, и здесь: http://trombicula.livejournal.com/78397.html, принята к печати в Systematic Parasitology. Переделка статьи после рецензирования длилась год; за это время у нее появился соавтор - Павел Климов, акаролог из Мичиганского университета и большой знаток статистики. При его участии работа была доведена до немыслимого совершенства. Новая рецензия, которую я получил сегодня, была просто панегирической: "Отличная статья, с применением нового подхода к дискриминации видов… Выбор статистических методик и последовательность, в которой они применялись, имеют намного более широкое значение, чем результат, полученный для данной группы - они представляют собой замечательный пример того, как должны использоваться морфометрические методы… Я могу только поздравить авторов с этим превосходным результатом." (перевод мой)
В частности, MDS было заменено на PCA, а вместо логистической регрессии мы сделали CVA, зато сразу для трех групп. Изюминкой всей работы было, конечно, применение size-correction по Мозиманну, с использованием написанной Климовым программы, которая для каждой возможной комбинации переменных (в нашем случае, для 17 переменных, их было 131071, т.е. 2 в 17-й степени минус 1) делает size-correction (делит каждую переменную на геометрическое среднее переменных в наборе), а потом производит CVA с кросс-проверкой. Минус этой методики, на настоящий момент, в том, что эта программа (http://insects.ummz.lsa.umich.edu/acari/Tools/Best_Subset/Best_Subset_SPSS.htm) работает только под SPSS или PASW Statistics, а это довольно дорогие пакеты и, к тому же, использование скриптов там может быть затруднено. Я поставил себе пробную версию PASW 18, но программа под ней не захотела работать - не хватило памяти (и это при новом мощном компе с 2-ядерным процессором!). Надо, надо переходить на 'R', но я понял, что сам не смогу переписать этот скрипт - это надо все бросить и заняться программированием. Лет 10 назад я бы это сделал, а сейчас...
Да, и UPGMA осталась, как и была. Наша, фенетическая методика! А Invertebrate Systematics, со своими претензиями, теперь может идти на. Cladism suxx!
В частности, MDS было заменено на PCA, а вместо логистической регрессии мы сделали CVA, зато сразу для трех групп. Изюминкой всей работы было, конечно, применение size-correction по Мозиманну, с использованием написанной Климовым программы, которая для каждой возможной комбинации переменных (в нашем случае, для 17 переменных, их было 131071, т.е. 2 в 17-й степени минус 1) делает size-correction (делит каждую переменную на геометрическое среднее переменных в наборе), а потом производит CVA с кросс-проверкой. Минус этой методики, на настоящий момент, в том, что эта программа (http://insects.ummz.lsa.umich.edu/acari/Tools/Best_Subset/Best_Subset_SPSS.htm) работает только под SPSS или PASW Statistics, а это довольно дорогие пакеты и, к тому же, использование скриптов там может быть затруднено. Я поставил себе пробную версию PASW 18, но программа под ней не захотела работать - не хватило памяти (и это при новом мощном компе с 2-ядерным процессором!). Надо, надо переходить на 'R', но я понял, что сам не смогу переписать этот скрипт - это надо все бросить и заняться программированием. Лет 10 назад я бы это сделал, а сейчас...
Да, и UPGMA осталась, как и была. Наша, фенетическая методика! А Invertebrate Systematics, со своими претензиями, теперь может идти на. Cladism suxx!