Начиная с января 1968 по май 1969 партизанское антиправительственное вооруженное сопротивление распространилось по всей стране (поочередно, почти каждый месяц, происходили восстания в разных регионах Камбоджи). Известный исследователь войны в Камбодже Верхотуров утверждает: «Тысячи крестьян влились в партизанские отряды, по всей видимости, созданные кхмерскими националистами», однако это, вероятнее всего, ошибка. Во первых, как уже было упомянуто раньше, компартия («революционная организация») на тот момент уже имела достаточный авторитет, к тому же она завоевывала авторитет крестьянства и в конце 1967 приняла решение об организации борьбы с правительством, из чего можно сделать вывод, что именно коммунисты организовали эти партизанские отряды. Ну и во вторых, сам Пол Пот говорил, что эти отряды организовывали именно коммунисты: «С января по май 1969 года наше партизанское движение распространилось по всей стране. Партизаны были в 17 из 19 провинций Кампучии. В ходе боев мы брали в руки оружие».
Против партизан правительство бросило военных, часть партизанских баз была разрушена, однако ожесточенное сопротивление партизан не прекращалось. Более того, кхмерские партизаны стали тесно сотрудничать с северовьетнамскими коммунистами, обслуживать «тропу Хо Ши Мина», помогать вьетнамским партизанам, а вьетнамцы, тем временем, снабжали кхмерских партизан оружием, обмундированием, помогали агитаторами. Факт тесного сотрудничества красных кхмеров и Северного Вьетнама, который и не скрывается даже буржуазными историками, уже опровергает миф об «антивьетнамском национализме» красных кхмеров и о якобы имевших место «этнических чистках» в Демократической Кампучии вследствие этого «национализма». В результате этого сотрудничества Камбоджа оказалась втянутой в войну во Вьетнаме.
Сиануковское правительство к 1969 поняло полный провал курса «буддистского социализма» и начало поворот в сторону США в результате чего 11 июня 1969 года было принято решение о восстановлении отношений с США. Соединенные Штаты еще с весны 1969 разработали план ковровых бомбардировок районов Камбоджи (известные как операция «Меню»), через которые проходила «тропа Хо Ши Мина», то есть лагеря и склады войск Северного Вьетнама, а также базы сотрудничавших с ними камбоджийских партизан. В рамках операции «меню», проводившейся до реакционного военного переворота, американцами было совершено 3630 боевых вылетов в результате которых на страну было сброшено 108 тысяч тонн бомб.
В это же время американские спецслужбы устанавливают тесные контакты и вербуют антикоммунистически и прозападно настроенных генералов камбоджийской армии.
18 марта 1970 во время зарубежной поездки Сианука в Камбодже происходит инспирированный ЦРУ военный переворот. Во главе страны встает радикальный антикоммунист, националист и марионетка США Лон Нол.