Вот и у меня дошли руки пощупать JIRA 6.1 Радует, что наконец-то создана версия Jira для администратора :) Удобно, есть приятные няшки :) Кто ругал дизайн? По мне так он удачнее 3 и 4. И он хотя бы есть, в отличает от линейки Rational.
С JIRA админом - как с врачом! Надо как на духу рассказывать что беспокоит и каким самолечением занимались. И доверять. Либо - искать другого. Такие дела :)