Как отличить опухолевую клетку от нормальной?
Российские учёные разработали алгоритм поиска мутантных белков, влияющих на развитие рака
Учёные из МФТИ, Института биомедицинской химии, Института энергетических проблем химической физики РАН и ФНКЦ физико-химической медицины создали алгоритм для обнаружения в клетках мутантных белков по данным масс-спектрометрического анализа, сообщается в поступившем в редакцию пресс-релизе. Точечные замены аминокислотных остатков в белках вследствие мутации ДНК могут приводить к изменению функций белков в клетках, а порой играть ключевую роль в развитии рака. Результаты исследования опубликованы в журнале Proteomics.
Масс-спектрометрия как основной метод протеомного анализа позволяет точно «взвесить» молекулы белков, пептидов и их фрагментов в образце. Данные протеомного эксперимента - это, как правило, набор масс-спектров, по виду которых ученому предстоит определить, к каким белкам они относятся. Сделать это исключительно по виду масс-спектра пока невозможно. Поэтому для исследования необходима база данных белковых последовательностей, которые могут встретиться в анализируемом образце. Вместо того чтобы «расшифровывать» неизвестную последовательность «с нуля», программа просто сверяет экспериментальные данные со «словарем» белковых последовательностей.
Правда, этот подход не вполне годится для поиска белков, аминокислотная последовательность которых отличается от того, что прописано в «эталонном» геноме.
Идентифицировать в раковых клетках белки с мутациями невозможно, если база данных не содержит такую форму белка.
В этом случае необходимо задействовать протеогеномику - область на стыке протеомики и геномики. Вместо универсальной белковой базы данных в протеогеномных исследованиях используются базы, уникальные для исследуемых клеток, включающие информацию о возможных прочтениях генома и его «перевод» в аминокислотную последовательность.
Далее о поиске мутантных белков читайте здесь