Нижняя церковь во имя святого Иоанна Дамаскина, расположена на первом этаже каменной церкви Владимирской иконы Божией Матери в Петербурге. Она более древняя чем верхняя. План церковного зала идентичен плану действующего ныне верхнего храма. Потолки храма невысокие, сводчатые.
За восточными пилонами начиналась солея и находились три (центральный и придельные) резных золоченых иконостаса с живописными иконами.
К сожалению, росписи нижней церкви, и её иконостас были погублены в середине XX столетия.
В настоящее время происходит постепенное создание иконостасов нижнего храма, в стиле «елизаветинского» барокко, в проекте которых использованы мотивы и обыграны детали иконостаса верхнего храма, выполненного по рисунку Ф. Б. Растрелли в середине XVIII века.
После возвращения верующим церкви Владимирской иконы Божией Матери в Петербурге поначалу богослужения проходили только в верхней церкви. С сентября 2018 года регулярные богослужения совершаются в открытом после капитального ремонта нижнем храме святого Иоанна Дамаскина.