Снежный Челмедведосвин
Несколько месяцев назад мне на рецензию прислали статью, которая называлась “Novel North American Hominins, Next Generation Sequencing of Three Whole Genomes and Associated Studies” или “Новые Северо-Американские Гоминиды, три полных генома, полученные с помощью методов чтения ДНК нового поколения”. Разумеется, речь пойдет о снежном человеке. Почему честь рецензировать данную работу досталась именно мне? Возможно потому, что я по специальности работаю с данными “чтения ДНК нового поколения”, а, возможно, потому, что я специалист по снежному человеку (когда-то выставленное мной видео по теме неожиданно набрало более 400,000 просмотров), а возможно потому, что больше никто не захотел рецензировать сей революционный труд.
Мне давно хотелось про это написать, но я был ограничен моими обязанностями рецензента: мне доверили читать неопубликованную статью. Авторы могли еще одуматься. Но теперь, когда эта статья опубликована я могу с чистой совестью сказать про нее пару слов.
В обсуждаемой статье приводятся последовательности ДНК, полученные из образцов, предположительно оставленных снежным человеком. Утверждается, что митохондриальная ДНК в этих образцах очень похожа на человеческую, а вот ядерная ДНК не очень похожа. В выводах говорится, что образцы, скорее всего, принадлежали гибриду, полученному от человеческой матери (т.к. митохондриальная ДНК целиком наследуется по материнской линии) и какого-то неизвестного существа, похожего на человека, но не человека.
В принципе, если бы криптозоологи спросили меня каким образом они могли бы доказать существование снежного человека, я бы предложил им сделать именно это: предоставить прочитанные последовательности ДНК Йети. Вообще современные методы чтения ДНК позволяют, если их использовать аккуратно, не только читать генетические последовательности даже очень древних образцов (например, найденных при раскопках Денисован, Неандертальцев, Мамонтов), но и отделять последовательности этих организмов от всевозможного мусора. В этом смысле идея работы правильная.
Но реализация подкачала. На самом деле, никаких полногеномных данных предоставлено не было. Были предоставлены не очень большие фрагменты ДНК, полученные путем объединения совсем маленьких фрагментов ДНК в последовательности, называемые «контигами». Что намного лучше, чем привычные размытые видеозаписи.
Первым делом я взял несколько таких контигов и пошел проверять то, на какие известные генетические последовательности больше всего похожи фрагменты, из которых они состоят. Дело это не сложное и легко осуществляется с помощью специальной программы, которая называется BLAST. Грубо говоря, эта программа сравнивает предложенные ей последовательности ДНК с последовательностями ДНК, хранящимися в выбранной базе данных, например, в базе данных прочитанных генетических последовательностей позвоночных. Сделал я это для десятков фрагментов из нескольких контигов.
Не вдаваясь в подробности, скажу лишь следующее. Я обнаружил, что “контиги”, выдаваемые за последовательности ядерной ДНК снежного человека, скорее всего, являются неверно соединенными вместе последовательностями из нескольких источников. ДНК из нескольких организмов оказалась в одном образце. Прибор, читающий ДНК, читает маленькие фрагменты и при этом не знает какая прочитанная последовательность принадлежит какому организму. Потом в компьютере прочитанные последовательности соединяются специальными алгоритмами сборки. При этом, если параметры подобранные не удачно (а иногда даже если они оптимальны), возможно соединение похожих участков из разных организмов в один “контиг” и получение химерных последовательностей ДНК. Фильтрация такого "мусора", как я уже говорил, возможна, но требует аккуратного анализа с привлечением специалистов и, по-видимому, этого сделано не было.
Некоторые последовательности внутри одного и того же “контига” были больше всего похожи не на последовательности гоминид и даже не на последовательности приматов, а на последовательности какого-то хищника (нет, не Хищника*, - только инопланетян нам не хватало, а представителя отряда млекопитающих “хищники”, скорее всего какого-то медведя, до которого еще не добрались методы чтения ДНК нового поколении). Другие фрагменты были вполне себе похожи на последовательности ДНК человека. Третьи вообще ни на что не похожи.
Таким образом, полученные данные объяснялись простым загрязнением образцов, оставленных “медведем”, человеческой ДНК. Или наоборот, загрязнения человеческих образцов “медведем”. Как угодно. Может не медведем, а кем-то похожим. Возможно, источников загрязнений было более одного.
Для сравнения, если взять генетические последовательности настоящего примата и закинуть их в BLAST, то, даже если не учитывать совпадения с самим организмом, из которого взяты анализируемые последовательности, все лучшие совпадения будут с другими приматами, а не с медведями и другими хищниками.
Все это я подробно расписал и продемонстрировал в своей рецензии с множеством примеров генов “хищников” в представленных контигах. Редакция журнала завернула статью, но это не остановило ее авторов. Что сделать, когда ни один научный журнал не принимает статью, а все рецензенты такие придирчивые? Правильно. Купить себе журнал. Сделать в нем специальный выпуск. И выпустить в этом выпуске ровно одну статью. Свою.
В качестве приправы можно снабдить статью совершенно замечательным комментарием специалиста по экспериментальной онкологии (переведено с английского, в квадратных скобках мои комментарии):
“Я прошелся по статье Мельбы Кетчум по геномике Снежного человека. Мой рабочий компьютер испытывал проблемы при анализе консенсусных последовательностей с помощью BLAST [LOL]. Это помогло мне понять больше про проект. Совместная работа породила огромный проект, который мне сложно полностью охватить. Я вижу интересную гомологию в 99% с человеческими последовательности в митохондриях. Из моей краткой работы, мне кажется, что ядерный геном содержит человеческие и не человеческие последовательности [именно так, только это не ядерный геном!].
Мое мнение о существе заключается в том, что это гибрид от человеческой матери и неизвестного гоминида мужского пола [нет!!!], как и заявлено в статье. Со всех практических точек зрения к нему следует относиться, как к человеку и оно должно быть защищено законом [упал под стол].
Снежный человек настоящий, как доказывает генетический анализ [face palm]”
Нет, уважаемые мои. Это не снежный человек. Если кто и занимался сексом с гипотетической женщиной в Северной Америке, то это был огромный медведь. В худшем случае Челмедведосвин. Но скорее всего ничего такого не было, а кто-то сунул палец в образец, а потом просеквенировал результат. Можно даже представить, что медведь сожрал одного из любителей поискать в лесу снежного человека и на выходе получилась некая масса, в которой была ядерная ДНК человека и хищника. Мы можем только догадываться, но факт загрязнения, “механического” смешения ДНК из разных не родственных организмов, которое не удалось отфильтровать, на мой взгляд, достаточно нагляден. Если бы мы дали этим исследователям образец фрикаделек с троянской кониной из IKEA, они бы, скорее всего, тоже открыли удивительного гибрида коровы и лошади.
*Я специально подчеркиваю, что речь не идет о том, что найдена ДНК Хищника, как в фильме “Хищник” режиссера Джона Мактирнана. Аналогично, когда я говорю, что в образцах есть последовательности не человеческого происхождения я имею ввиду загрязнения, а не секс человека с медведем или еще каким-нибудь существом. Я оговариваюсь потому, что иначе кто-нибудь обязательно поймет неправильно.
Маленький бонус - интервью с главным автором о том, как все плохие журналы их отвергли, что никто им не верит и, что пришлось купить журнал.
Еще один маленький бонус для англоязычной публики - замечательное видео про криптозоологию от Penn и Teller.
Мне давно хотелось про это написать, но я был ограничен моими обязанностями рецензента: мне доверили читать неопубликованную статью. Авторы могли еще одуматься. Но теперь, когда эта статья опубликована я могу с чистой совестью сказать про нее пару слов.
В обсуждаемой статье приводятся последовательности ДНК, полученные из образцов, предположительно оставленных снежным человеком. Утверждается, что митохондриальная ДНК в этих образцах очень похожа на человеческую, а вот ядерная ДНК не очень похожа. В выводах говорится, что образцы, скорее всего, принадлежали гибриду, полученному от человеческой матери (т.к. митохондриальная ДНК целиком наследуется по материнской линии) и какого-то неизвестного существа, похожего на человека, но не человека.
В принципе, если бы криптозоологи спросили меня каким образом они могли бы доказать существование снежного человека, я бы предложил им сделать именно это: предоставить прочитанные последовательности ДНК Йети. Вообще современные методы чтения ДНК позволяют, если их использовать аккуратно, не только читать генетические последовательности даже очень древних образцов (например, найденных при раскопках Денисован, Неандертальцев, Мамонтов), но и отделять последовательности этих организмов от всевозможного мусора. В этом смысле идея работы правильная.
Но реализация подкачала. На самом деле, никаких полногеномных данных предоставлено не было. Были предоставлены не очень большие фрагменты ДНК, полученные путем объединения совсем маленьких фрагментов ДНК в последовательности, называемые «контигами». Что намного лучше, чем привычные размытые видеозаписи.
Первым делом я взял несколько таких контигов и пошел проверять то, на какие известные генетические последовательности больше всего похожи фрагменты, из которых они состоят. Дело это не сложное и легко осуществляется с помощью специальной программы, которая называется BLAST. Грубо говоря, эта программа сравнивает предложенные ей последовательности ДНК с последовательностями ДНК, хранящимися в выбранной базе данных, например, в базе данных прочитанных генетических последовательностей позвоночных. Сделал я это для десятков фрагментов из нескольких контигов.
Не вдаваясь в подробности, скажу лишь следующее. Я обнаружил, что “контиги”, выдаваемые за последовательности ядерной ДНК снежного человека, скорее всего, являются неверно соединенными вместе последовательностями из нескольких источников. ДНК из нескольких организмов оказалась в одном образце. Прибор, читающий ДНК, читает маленькие фрагменты и при этом не знает какая прочитанная последовательность принадлежит какому организму. Потом в компьютере прочитанные последовательности соединяются специальными алгоритмами сборки. При этом, если параметры подобранные не удачно (а иногда даже если они оптимальны), возможно соединение похожих участков из разных организмов в один “контиг” и получение химерных последовательностей ДНК. Фильтрация такого "мусора", как я уже говорил, возможна, но требует аккуратного анализа с привлечением специалистов и, по-видимому, этого сделано не было.
Некоторые последовательности внутри одного и того же “контига” были больше всего похожи не на последовательности гоминид и даже не на последовательности приматов, а на последовательности какого-то хищника (нет, не Хищника*, - только инопланетян нам не хватало, а представителя отряда млекопитающих “хищники”, скорее всего какого-то медведя, до которого еще не добрались методы чтения ДНК нового поколении). Другие фрагменты были вполне себе похожи на последовательности ДНК человека. Третьи вообще ни на что не похожи.
Таким образом, полученные данные объяснялись простым загрязнением образцов, оставленных “медведем”, человеческой ДНК. Или наоборот, загрязнения человеческих образцов “медведем”. Как угодно. Может не медведем, а кем-то похожим. Возможно, источников загрязнений было более одного.
Для сравнения, если взять генетические последовательности настоящего примата и закинуть их в BLAST, то, даже если не учитывать совпадения с самим организмом, из которого взяты анализируемые последовательности, все лучшие совпадения будут с другими приматами, а не с медведями и другими хищниками.
Все это я подробно расписал и продемонстрировал в своей рецензии с множеством примеров генов “хищников” в представленных контигах. Редакция журнала завернула статью, но это не остановило ее авторов. Что сделать, когда ни один научный журнал не принимает статью, а все рецензенты такие придирчивые? Правильно. Купить себе журнал. Сделать в нем специальный выпуск. И выпустить в этом выпуске ровно одну статью. Свою.
В качестве приправы можно снабдить статью совершенно замечательным комментарием специалиста по экспериментальной онкологии (переведено с английского, в квадратных скобках мои комментарии):
“Я прошелся по статье Мельбы Кетчум по геномике Снежного человека. Мой рабочий компьютер испытывал проблемы при анализе консенсусных последовательностей с помощью BLAST [LOL]. Это помогло мне понять больше про проект. Совместная работа породила огромный проект, который мне сложно полностью охватить. Я вижу интересную гомологию в 99% с человеческими последовательности в митохондриях. Из моей краткой работы, мне кажется, что ядерный геном содержит человеческие и не человеческие последовательности [именно так, только это не ядерный геном!].
Мое мнение о существе заключается в том, что это гибрид от человеческой матери и неизвестного гоминида мужского пола [нет!!!], как и заявлено в статье. Со всех практических точек зрения к нему следует относиться, как к человеку и оно должно быть защищено законом [упал под стол].
Снежный человек настоящий, как доказывает генетический анализ [face palm]”
Нет, уважаемые мои. Это не снежный человек. Если кто и занимался сексом с гипотетической женщиной в Северной Америке, то это был огромный медведь. В худшем случае Челмедведосвин. Но скорее всего ничего такого не было, а кто-то сунул палец в образец, а потом просеквенировал результат. Можно даже представить, что медведь сожрал одного из любителей поискать в лесу снежного человека и на выходе получилась некая масса, в которой была ядерная ДНК человека и хищника. Мы можем только догадываться, но факт загрязнения, “механического” смешения ДНК из разных не родственных организмов, которое не удалось отфильтровать, на мой взгляд, достаточно нагляден. Если бы мы дали этим исследователям образец фрикаделек с троянской кониной из IKEA, они бы, скорее всего, тоже открыли удивительного гибрида коровы и лошади.
*Я специально подчеркиваю, что речь не идет о том, что найдена ДНК Хищника, как в фильме “Хищник” режиссера Джона Мактирнана. Аналогично, когда я говорю, что в образцах есть последовательности не человеческого происхождения я имею ввиду загрязнения, а не секс человека с медведем или еще каким-нибудь существом. Я оговариваюсь потому, что иначе кто-нибудь обязательно поймет неправильно.
Маленький бонус - интервью с главным автором о том, как все плохие журналы их отвергли, что никто им не верит и, что пришлось купить журнал.
Еще один маленький бонус для англоязычной публики - замечательное видео про криптозоологию от Penn и Teller.