В слове Στρουκουν возм. выделить
*s- преверб, восходящий, вероятно, к др.-ир. *uz- (*us-) вверх-, наверх- (в осет. is-, s-), что объясняет появление приставки на- в слав. варианте названия порога.
*-kun - малый (из др.-ир. *kavna-), вероятно, тж употреблялся в качестве уменьшительного суффикса, что объясняет отсуствие корня со значением "малый" в слав. варианте Ναπρεζη.
То есть уменьшительная форма образовывалась тж при помощи слав. уменьшительного суффикса -ик, в связи с чем и произошло преобразование prag- > pra(d)zik-. Окончание 'ъ', в связи с нарастающим процессом падения редуцированных у юж. славян в 10 в., отпало в конечной позиции, как в других случаях, что хорошо видно в -прах (оглушение конечного фрикативного 'г').
Таким образом Ναπρεζη, вероятнее всего является буквальной калькой более старого топонима Στρουκουν: *na-praz-ikъ - Напорожек, только при записи был утрачен 'к' уменьшительного суффикса. Объяснение этому, на наш взгляд, заключается в различии греч. и слав. фонетики: греч. k произносится более чётко "с нажимом", нежели слав. 'к', тем более оказавшийся (из-за падения редуцированного) в конечной позиции в нетипичном закрытом слоге. Значение *na-praz-ikъ - на-порожек, порожек, то есть то, что и переведено на греч., как
"малый порог".
Другие попытки объяснить "загадочный" Ναπρεζη (путём всевозможных искажений и домыслов) на наш взгляд избыточны.