На сервере крутится Apache, который позволял просматривать файлы через web. Файлы на дисках хранятся в UTF-8, после установки Apache в стандартном конфиге исправил опции DefaultLanguage, LanguagePriority, AddDefaultCharset, однако Apache упорно выдавал листинг файлов в ISO.
Проблема решается выставлением соответствующих параметров:
IndexOptions FancyIndexing VersionSort NameWidth=* FoldersFirst Charset=UTF-8
Источник:
http://qrant.livejournal.com/960.html