Видео года: 100нс симуляция, лиганд связывается с протеином, расчет association rate
Новости с конференции в Бостоне (CHI: Stucture Based Drug Design). Ни для кого не секрет, что лекарства, в основном, представляют собой малые молекулы, связывающиеся с протеинами. В реальной жизни происходят два процесса: лиганд (молекула лекарства) связывается с белком из раствора, а потом покидает его. Процент "заингибированных" белков определяется балансом скорости ассоциации и скорости диссоциации (чем больше первая чем вторая, тем лучше связывание).
До недавних пор все эти слова были просто сказкой из учебника по статфизике. С появлением суперкомпьютеров с видеокартами стало возможно симулировать процесс связывания на компюьтере. Для малых молекул может хватить 100нс для связывания, иногда можно увидеть и диссоциации, предсказав, таким образом, силу связывания.
Лучшие молекулы в Квантуме диссоциируются за часы, связываются за доли микросекунд. И то и другое пока больше, чем то, что можно рутинно визуализовывать, но ведь будущее рядом, скоро можно будет считать и не такое!