SARS-CoV-2 в Барселоне в марте 2019 !?
В СМИ и социальных сетях появилась информация о якобы обнаружении коронавируса SARS-CoV-2 в образце канализационных вод, собранном в Барселоне 12 марта 2019г. Первоисточником этой информации является рукопись статьи, депонированная в MedRhiv 13 июня 2020г. (оригинал здесь: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.13.20129627v1). Статья посвящена мониторингу эпидемии COVID-19 в Барселоне путем количественного определения РНК SARS-CoV-2 в образцах вод из канализационных отстойников. Рукопись ещё не прошла научного рецензирования и пока неизвестно будет ли она опубликована, и если будет, то в каком журнале (в смысле его авторитетности в научном сообществе).
Однако, находка столь сенсационна, что стоит её рассмотреть с пристрастием не дожидаясь публикации. Что же и как обнаружено в образце от 12-3-2019г? И может ли эта находка трактоваться как доказательство присутствия SARS-CoV-2 в Барселоне задолго до его появления в Ухане?
По первому вопросу:
Этот образец дал положительный результат при исследовании только в одной из трёх использованных ПЦР тест-систем. Но даже в случае «положительного результата» показатель, по величине которого оценивается результат ПЦР, так называемый Ct (номер ПЦР цикла, когда начинает регистрироваться сигнал, существенно превышающий фоновый), был крайне низким - свыше 40. Для сведения: стандартный критерий для положительности ПЦР - Сt в районе 30, а чем ниже Ct, тем более «положителен» результат ПЦР. Иными, словами даже в той тест-системе, в которой авторы получили положительный результат, он был таковым «с натяжкой». Вот и все доказательства.
По второму вопросу:
При такой доказательной базе говорить о присутствии SARS-CoV-2 в образце научных оснований нет. Это не значит, что вопрос можно считать закрытым. Что же может быть неопровержимым доказательством? Выделение живого вируса из этого образца невозможно. Поэтому единственным надёжным доказательством присутствия в образце SARS-CoV-2 может быть реконструкция сиквенса полного или почти полного генома SARS-CoV-2 по перекрывающимся фрагментам, амплифицированным из этого образца. Технически это возможно (если конечно SARS-CoV-2 в образце есть), хотя и требует существенно более высокого уровня технологий, чем то, что было использовано в данной работе.
Лично мне кажется, что наиболее вероятная причина слабоположительного сигнала в одной из тест-систем это контаминация образца ампликонами (амплифицированными фрагментами). Это довольно частый артефакт ПЦР, от которого не застрахованы и самые именитые лаборатории. История с дефектными тест-системами CDC тому подтверждение (об этом можно прочитать здесь: https://prof-afv.livejournal.com/1684.html ). Ну а если геном SARS-CoV-2 будет действительно обнаружен (что, на мой взгляд, маловероятно), то нужно будет смотреть в какую ветвь филогенетического дерева SARS-CoV-2 он попадет. Это даст ориентировочную датировку изолята. Но так далеко заглядывать рано.