"Встать с колен" устоявшееся выражение, закрепившее старую форму. Обычно в такой форме используется только в переносном смысле. Разумеется, при использовании в прямом смысле допустима (как минимум) форма "встать с коленей". Форма "встать с колен" ни одним общеупотребительным словарем не фиксируется как нормативная для всех случаев, только в закрепленных сочетаниях.